El jardín de CaixaForum

Las ciudades son espacios complejos y con una dinámica espacial que oscila entre la organización y el caos. La evolución urbana genera huecos entre las casas, calles que no encajan, espacios sin uso. Son los espacios intersticiales. El destino de estos espacios se reparte frecuentemente entre la basura y la maleza. Paseando por las ciudades no es difícil reparar en que estos espacios intersticiales no son sólo horizontales: medianeras de casas, estructuras abandonadas que nadie se preocupa de demoler y limpiar, amplios muros de hormigón o ladrillo residuos de épocas distintas. Una solución que a veces (sólo a veces) funciona bien es cubrirlo con un mural. Otra la tuvo un tipo llamado Patrick Blanc y creo que merece una reseña.

La sede de Caixaforum en Madrid está en el Paseo del Prado, en un lateral del Jardín Botánico y muy cerca de Atocha. Es un gran edificio de ladrillo, antes sede de la Central Eléctrica del Mediodía, que se comenzó a restaurar en el año 2001. Su entrada tiene una plaza de unos 2500 m² antes ocupada, creo, por una gasolinera. A esa plaza da la medianera de una de las casas vecinas, una gran pared que planteaba un reto de integración en el espacio público de la plaza.

La solución fue construir un "jardín vertical" de 460 m² donde intervienen unas 250 especies de plantas, incluyendo musgos y helechos, en un conjunto complejo que mezcla texturas y colores.

El "jardín" está soportado por una estructura metálica de 24 m de altura formada por seis columnas y perfiles transversales. Esta estructura sostiene una capa de poliestireno expandido que sirve de aislamiento e impermeabilización para la casa vecina y a la que se fijan dos láminas de fieltro de poliamida imputrescible y de gran capilaridad. Las plantas extienden sus raíces entre estas láminas.

La irrigación se realiza por gravedad y en el muro de Caixaforum pueden verse tres tuberías horizontales de riego a diferentes alturas. No existe tierra por lo que se trata de una variante de cultivo hidropónico donde los nutrientes se han diluido en el agua de riego aunque supongo que con el tiempo se irá acumulando materia orgánica en el peculiar sustrato. Las plantas que se utilizan deben adaptarse a este medio y muchas son epífitas o rupícolas.

El mantenimiento es constante y, aunque dicen que reducido, sospecho que la reposición tendrá que ser continua si se desea mantener el aspecto estructurado y colorista.

Una vista cercana

El responsable y diseñador de esta historia, Patrick Blanc, es botánico y trabaja en el Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), en el Laboratorio de ecología tropical de Brunoy. Sus líneas de investigación son, sin duda, el origen de esta peculiar variedad de jardinería: estrategias adaptativas de las plantas del sotobosque tropical, ecofisionomía y ecomorfología, permanencia (perennidad) vegetativa, colonización de soportes, cohabitación...

En una gota de agua

Mi hija Ruth, de 8 años, quería algo para iniciarse en la ciencia (o lo que ella cree que es eso). El caso es que los juguetes científicos, aparte de escasos, eran una basura por lo que decidí comprarle algún instrumento de verdad. La sorpresa surgió cuando encontré que Lidl, el supermercado, vendía, entre latas de sardinas y paquetes de garbanzos, un microscopio y un telescopio.

El microscopio permite entre 40 y 1600 aumentos, tiene una óptica elemental pero razonable y, lo más interesante, te presenta la imagen en una pequeña pantalla LCD de 3.5". Ya con eso me convencí de comprarlo pese al peculiar lugar de venta, que siempre mosquea. Pero había más. Admite tarjetas de memoria (viene con 128 Mb de base) porque puede hacer instantáneas y grabar video y estos pueden volcarse a un ordenador mediante un cable USB. Aparte de esto, una serie de portas y cubreobjetos, lanceta, pinzas... filtros de luz, iluminación incidente y transmitida...

Apenas hemos tenido tiempo para experimentar pero les pongo una imagen y un par de videos de cosas contenidas en una gota de agua de una maceta.

¡Ah! Se me olvidaba: el precio del microscopio es 49 euros y es de la marca Bresser.

De los males de una dieta exótica (II)

Comentábamos hace unos días que a Stanley Ben Prusiner no se le ocurrió otra cosa que proponer que el agente infeccioso de la encefalopatía espongiforme bovina era una proteína y no un virus o cualquier otra cosa conocida. Le llovió encima tanto que comenta que un accidente que le retiró unas semanas de circulación fue una bendición ante tanta agresividad.

El prión sale a escena

Justo en esos meses, el hipotético prión fue localizado en el laboratorio y en los meses siguientes un joven Leroy Hood consiguió desentrañar parte de la secuencia de aminoácidos. A partir de ese momento los estudios se multiplicaron y en los primeros años de los 90 la evidencia de que el prión existía fue generalmente aceptada (hoy se publican entre 10 y 12 mil trabajos al año sobre el tema).

Al estudiar las propiedades del prión se vió que era bastante resistente a las proteasas, a las radiaciones ionizantes, al calor... y se mantenía estable en una amplia variedad de medios agresivos, entre ellos aquellos con valores de pH entre 2 y 10. Justo lo que menos falta hacía.

En esos años que siguieron al aislamiento de la proteína sospechosa se descubrieron muchas cosas. Tal vez la más importante fue desvelar que el prión tenía la misma secuencia de aminoácidos que otra proteína que existía de forma natural en el organismo, sólo que esta no provocaba la enfermedad. Se llamó a la forma normal PrPc y a la patógena PrPsc (sc de scrapie).

La PrPc es un constituyente normal de las membrana de algunos tipos de células, entre ellas las nerviosas, aunque se desconoce su función. Es una proteína de unos 250 aminoácidos (nada especial para estas grandes moléculas) donde, como suele ocurrir en este mundo, la pura secuencia no es lo único importante.

Martin Stumpe nos muestra la estructura del prion

Plegamientos

A la secuencia simple de aminoácidos se le llama estructura primaria de la proteína. Estas cadenas tienden a plegarse en patrones simples, como en acordeón (hojas o láminas beta) o en espiral (hélices alfa), lo que se llama estructura secundaria. Luego aparece un plegamiento espacial más complejo o estructura terciaria. Incluso puede existir una estructura cuaternaria cuando la molécula está formada por dos o más cadenas enlazadas.

Lo importante es que una proteína en condiciones normales adopta siempre la misma estructura y, más importante aún, esa forma exacta es necesaria para que la proteína funcione. Las altas temperaturas o valores de pH extremos hacen que pierdan la estructura (las desnaturalizan) con lo que pierden también su función biológica original. Esa es la causa de los límites térmicos para la vida (lean 1 y 2 sobre casos notables) y de que la clara de un huevo cocido sea blanca y sólida.

La diferencia entre la forma normal PrPc y la infecciosa PrPsc está, precisamente, en que se pliegan de forma distinta. Se ha determinado que en la PrPc predomina las alfa hélices mientras que la forma patógena lo hace predominantemente como láminas beta. Lógicamente, este cambio induce un plegamiento terciario diferente.

La estructura de la PrPsc no sólo la inhabilita para su función (sea esta cual sea) sino que, más importante, le confiere una resistencia notable a las proteasas, las enzimas encargadas de "desmontar" las proteínas. La consecuencia es que la forma PrPc está dentro del ciclo metabólico normal mientras que la PrPsc no se destruye.

Hasta aquí puede quedar más o menos explicada la persistencia de la forma PrPsc ya que es casi inmune a la acción de las proteasas. Sin embargo, aún quedan varias preguntas: ¿cuál es la acción? ¿cómo se replica?

Como hacer papilla las neuronas

Hace apenas seis años se confirmó un hecho que empieza a explicar el devastador efecto de la forma patógena del prión. Resultó que la forma normal se sintetiza en el interior de la célula, en el retículo endoplasmático, y se transfiere a la membrana exterior donde puede volverse a introducir en la célula. Cuando la forma PrPc es transportada al interior del citoplasma no ocurre nada especial ya que encaja en las reacciones metabólicas normales. Sin embargo, se demostró experimentalmente que la forma PrPsc formaba agregados permanentes en el interior de las neuronas, concretamente en los lisosomas. Es decir, en la forma normal (predominantemente alfa-hélices) no se forman agregados pero en la forma modificada (láminas beta) las moléculas priónicas tienden a unirse entre sí. Los agregados son letales para las células ya que al aumentar de tamaño dentro de los lisosomas, donde serían eliminados si fueran formas normales, acaban por romperlos. La ruptura vierte al citoplasma las proteasas antes confinadas lo que produce la muerte celular. El proceso continua en las células vecinas y acaba por producir la clásica estructura espongiforme llena de huecos.

Reacción en cadena

El gen que codifica la forma normal PrPc está en el cromosoma humano 20 (el 2 en los ratones) y se ha encontrado en bastantes otros mamíferos. Se consiguieron ratones carentes de ese gen, llamado PRPN y carentes, en consecuencia de la forma normal PrPc. Resultó que al inocular a estos ratones con el prión patógeno se mostraron inmunes a la enfermedad: no hubo replicación del PrPsc. Este experimento acabó por demostrar algo que ya se suponía: para desarrollar la enfermedad es necesaria la presencia de la proteína normal PrPc.

Aunque no se conoce bien el mecanismo está ya claro que la proteína infecciosa es capaz de cambiar la forma de plegamiento de la proteína normal. Es decir, la PrPsc no se multiplica consiguiendo nuevas copias de sí misma mediante algún proceso de biosíntesis sino que "contagia" su forma a la PrPc mediante alguna forma de interacción. La transformación de la forma normal PrPc a la isoforma PrPsc es exponencial: muy lenta al principio pero tremendamente rápida al final. De aquí los grandes periodos de incubación. Se trata de una reacción en cadena que acaba destruyendo las neuronas hasta provocar una degradación irreversible del tejido nervioso. Los ratones carentes del gen que codifica la forma normal PrPc no pueden, por tanto, desarrollar la enfermedad ya que no tienen moléculas que puedan ser convertidas a la forma patógena. El contagio PrPc-PrPsc ha sido comprobado en medios libres de células.

Polémica

La idea de que una proteína pueda ser un agente infeccioso autónomo aún no ha sida aceptada de forma general aunque sí mayoritaria. El mayor hueco en que queda aún por rellenar es el mecanismo exacto del "contagio" que consigue que la PrPc se pliegue de forma distinta para convertirse en la PrPsc. De todas formas, la hipótesis de que debe existir un virus aún no localizado cada vez se hace más débil ya que nunca se ha encontrado ese virus ni material genético que pudiera pertenecerle. Otras hipótesis son mucho más pintorescas.

El blues de las vacas locas

En noviembre de 1986 se detectó que el ganado vacuno del condado de Kent, en Inglaterra, estaba sufriendo una enfermedad que acabó llamándose encefalopatía espongiforme bovina (EEB) o, popularmente, "mal de las vacas locas". Los síntomas y las lesiones en el tejido nervioso eran similares a los de la tembladera en la ovejas, el famoso scrapie que dió nombre al prión infeccioso. La enfermedad apareció en granjas de toda Inglaterra, afectando menos a Escocia e Irlanda.

Posteriormente se hizo público que las vacas eran alimentadas desde hacía décadas con piensos procedentes de moler restos de otras vacas, cabras y ovejas, incluidas afectadas por el scrapie. En los años anteriores no había habido transmisión entre ovejas y vacas debido a las altas temperaturas que suponía el tratamiento industrial de los piensos. Sin embargo, a mediados de los 70 el proceso se modificó bajando la temperatura de procesamiento. Con este cambio la temperatura no llegaba a desnaturalizar el prión con lo que la transmisión de especie a especie se produjo. Cuando se detuvo la exportación de vacas a finales de los 80 se habían comercializado más de 400000. Entre noviembre de 1986 y noviembre de 2002 se confirmaron 181400 casos de EEB en Gran Bretaña.

En 1996 (aunque se supo después) comenzaron a detectarse casos de una variante de la enfermedad de Creutzfeldt-Jacob, una encefalopatía humana ya conocida. Esta variante, vCJD, afectaba a personas mucho más jóvenes (unos 30 años en vez de 65) ya que la incubación era de unos seis años. La muerte tardaba algo más, unos 14 meses en vez de 4-5 en la CJD clásica. Se dieron 12 casos en los primeros dos años. En noviembre de 2002 había ya 120 en GB y seis en Francia, más alguno aislado en otros países. Como la CJD, la vCJD era mortal y se confirmó que se debía al prión que producía la EEB. La evidencia de trasmisión de le EEB a los humanos provocó, al menos en España, un debate científico-político extremadamente confuso durante meses. Aunque hubo unos cientos de casos de EEB en los pasados años, sólo he encontrado referencias a un caso de vCJD en España, el de una chica de 26 años que murió en julio de 2005. Este caso no es reconocido oficialmente en las estadísticas del Ministerior de Salud y Consumo (1993-2002) mientras que los casos de la CJD clásica suben a más de 460.

Otras enfermedades producidas por priones

Se conocen seis enfermedades humanas atribuidas a priones, algunas extremadamente raras: el mal de Creutzfeldt-Jacob, la variante procedente de las vacas locas, el mal de Gerstmann-Straussler, el síndrome de Alpers, el kuru y el insomnio familiar fatal (IFL). Todas son mortales y sin tratamiento conocido. El IFL cuenta en España con una treintena de casos.

Algunas fuentes: una exhaustiva bibliografía científica en NCBI, una página específica de Prion Diseases en en CDC,

De los males de una dieta exótica

A mediados del siglo XX los miembros de la tribu Fore, habitantes de las tierras altas de Nueva Guinea, enfermaban y morían de una enfermedad extraña. Los primeros síntomas eran descoordinación en el andar, temblores en manos y ojos, escalofríos y afección del habla (disartria). Pronto el enfermo ya no podía andar sin ayuda, la descoordinación muscular se generalizaba y comenzaban síntomas psicológicos como ataques de risa y depresión. Finalmente, venía la postración y, con el agravamiento de los síntomas previos, la muerte.

Daniel Carleton Gajdusek, inmigrante en EE.UU. y doctor en Medicina por Harvard, apareció por allí a mediados de los 50 buscando temas de investigación relacionados con la epidemiología en zonas aisladas. No era nuevo en el tema ya que venía de pasar unos años en Afganistán trabajando sobre infecciones por arbovirus (fiebre amarilla, dengue, virus del Nilo Occidental, meningoencefalitis...) y otros problemas locales como el escorbuto y la rabia.

Acertó de pleno, sin duda, porque se encontró ante una enfermedad desconcertante. Era mortal en menos de un año desde la aparición de los primeros síntomas y parecía genética ya que se producía más dentro de algunas familias y en grupos consanguíneos. La descripción formal de la enfermedad, llamada kuru por los locales se hizo en 1957, En los siguientes 10 años murieron de kuru unas 1100 personas de la tribu Fore.

Según los ancianos, esa enfermedad no existía más que desde hacía un par de décadas pero estaba diezmando los poblados desde entonces afectando mayoritariamente a las mujeres y niños.

Enfermos de kuru (foto de Gajdusek)

En las autopsias, Gajdusek se dió cuenta de que el tejido nervioso de los fallecidos presentaba abundantes huecos lo que le daba un aspecto esponjoso. Al cabo de un tiempo consiguieron provocar la enfermedad en chimpancés inoculándoles tejido nervioso enfermo por vía intracerebral (realmente suena siniestro). Quedaba probado, por tanto, que la enfermedad era transmisible por vía no genética aunque tardaba mucho en aparecer, frecuentemente entre dos y tres años.

Probado esto ¿cuál era el agente infeccioso? Aparentemente era un "virus de acción lenta" pero no se manifestaban síntomas clásicos de las infecciones y, sobre todo, no aparecía ninguna reacción inmunitaria. Y, además ¿cómo se transmitía dicha enfermedad?

La realidad era sorprendente por dos motivos: la forma de transmisión y el agente infeccioso.

La primera se descubrió antes y tenía bastante que ver con los rituales funerarios (absténganse sensibles de leer este párrafo). A la muerte de una persona, las mujeres enparentadas eran las encargadas de preparar el cuerpo. Esa "preparación" consistía en el completo desmembramiento del cadáver y la extracción de los órganos internos incluyendo el cerebro. Una parte de estos era comido por las oficiantes y los niños. Estos rituales necrófagos eran la forma en la que la enfermedad se transmitía siguiendo los vínculos familiares y dando la apariencia de problema genético.

Hoy día el kuru casi ha desaparecido porque el canibalismo ritual no se practica desde hace décadas. Aún así aparecen algunos casos (11 entre 1996 y 2004) debido al enorme periodo de incubación, que está, en estos últimos enfermos entre 30 y 40 años aunque lo normal era algo menos.

Quedaba el difícil asunto del agente infeccioso ¿qué era eso de un "virus lento"? En su descubrimiento contribuyó que algunos se dieron cuenta de la similitud entre el kuru y algunas otras enfermedades más frecuentes en animales, como la tembladera ovina, la encefalopatía espongiforme bovina y la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob. En todas ellas, el agente infeccioso era inmune los métodos comunes de esterilización, nunca se consiguió aislar virus alguno ni se encontró información genética (ADN o ARN).

Y en ese momento entró en escena Stanley B. Prusiner. Apenas dos meses después de comenzar su trabajo en el Departamento de Neurología de la UCSF se encontró con una enferma que agonizaba a causa del "virus lento" de la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob. Prusiner comenta hoy que el problema le fascinó y que comenzó a trabajar en busca de la estructura del esquivo patógeno. Tras analizar toda la bibliografía de las patologías debidas a "virus lentos" se centró en el estudio del agente de la tembladera bovina o scrapie, trasmisible a los manejables ratones de laboratorio. No fue fácil ya que los experimentos eran tediosos, lentos y caros (miles de ratones y hamsters) y estuvo a punto de quedar sin financiación en repetidas ocasiones.

Stanley Ben Prusiner

La respuesta estaba allí pero hacía falta un "momento ajá" para verla. Prusiner obtuvo repetidas veces preparaciones purificadas que mantenía la capacidad infecciosa. En ellas sólo aparecía una proteína y ningún ácido nucleico. Poco a poco llegó a la conclusión de que sus resultados no eran erróneos y en abril de 1982 publicó un denso artículo con 119 referencias en Science:

Prusiner, Stanley B., 1982, Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie, Science, 216(4542): 136-144.

donde planteó que el agente infeccioso no era una bacteria ni un virus ni un plásmido sino algo nuevo: una pequeña proteína. Por ser diferente a todo lo antes conocido, propuso llamarla prión, neologismo derivado de proteinaceous infectious particle. Al día de hoy, dicho artículo ha sido citado 1779 veces pero en su momento levantó una auténtica tempestad y Prusiner tuvo que soportar críticas extremadamente duras que sobrepasaron frecuentemente la frontera de lo científico.

La propuesta de una proteína infecciosa era muy arriesgada no sólo porque rompía con lo conocido hasta el momento sino porque también planteaba nuevos problemas: ¿cómo se replicaba esa proteína si no había ADN o ARN por el medio? ¿cómo funcionaba realmente para provocar el tremendo deterioro neurológico? ¿Tenía razón Prusiner en algo de lo que decía?

Seguimos en el siguiente post.

Daniel Carleton Gajdusek recibió el premio Nobel de Medicina en 1976 y Stanley Ben Prusiner en 1997.

¿Cerca de crear vida artificial?

Hace unas semanas fueron varios los titulares y reseñas en los diarios similares a esta:

Investigadores estadounidenses del Instituto Venter han creado el primer genoma sintético de una bacteria, penúltima etapa considerada crucial para la creación de un organismo vivo artificial, según un estudio publicado en el último número de la revista ‘Science’. Se trata de la mayor estructura de ADN -estructura base de la vida- jamás fabricada por el hombre.

Sin ser experto en genética (en nada, ahora que lo pienso) creo que merece la pena llamar la atención sobre algunos detalles (no técnicos, que a eso no llego) del trabajo que reducen un poco sus pretensiones de revolución científica. Luego, como sé que hay genetistas que se dejan caer de vez en cuando por aquí, que me corrijan en lo que haga falta.

Lo primero es dar la referencia correcta del trabajo:

Daniel G. Gibson, Gwynedd A. Benders, Cynthia Andrews-Pfannkoch, Evgeniya A. Denisova, Holly Baden-Tillson, Jayshree Zaveri, Timothy B. Stockwell, Anushka Brownley, David W. Thomas, Mikkel A. Algire, Chuck Merryman, Lei Young, Vladimir N. Noskov, John I. Glass, J. Craig Venter, Clyde A. Hutchison, III, and Hamilton O. Smith

Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome

Science Express, 24 january 2008.

Es decir, Craig Venter, el biólogo más mediático después de Ana Obregón (no se pierdan esto: miren con precaución hacia la derecha de la página, bajo la O), aparece en todos los medios como protagonista cuando en realidad es el antepenúltimo autor de un total de 17, lugar que suele reservarse a los gestores que no intervienen directamente en la investigación. No es que esto tenga especial importancia pero muestra como se usan los nombres famosos como anzuelo. Es como si la noticia ganara espectacularidad sacando a Craig Venter en sustitución de un "desconocido" Daniel Gibson, primer firmante. Todos los investigadores son del J. Craig Venter Institute una institución creada en octubre de 2006 de la que Venter es presidente.

Un rápido repaso

Recordemos el ADN está formado por una larga cadena de nucleótidos cuya secuencia codifica instrucciones. Los nucleótidos tienen siempre la misma estructura: un grupo fostato y un azúcar (desoxirribosa) junto a una de las cuatro bases siguientes: adenina (A), timina (T), guanina (G) o citosina (C).

Las bases forman secuencias (por ejemplo, AATGCCTGGCA) que representan instrucciones para la célula: un gen es una secuencia de bases que contiene instrucciones para construir una proteína. La cantidad de bases necesarias para formar un gen es muy variable y en nuestra especie está entre unas mil y un millón. Se estima que en nuestro genoma existen unos 20000-25000 genes y un total de 3 mil millones de bases.

En nuestro caso, el ADN está dividido entre 23 pares de cromosomas, estructuras formadas por el propio ADN superenrollado sobre unas proteínas llamadas histonas. Aunque el dato sea tan rutinario que ya no nos sorprenda hay que destacar que cada una de nuestras células contiene nuestro genoma completo y que el ADN de una célula completamente desenrollado mediría más de 1 m.

La información contenida en el ADN es "leida" por un conjunto de enzimas llamadas ARN polimerasas que la transcriben a una molécula de estructura similar llamada ARN mensajero (mRNA en guiri). Finalmente, el "mensaje" transportado por el mRNA es utilizado por la maquinaria celular para ensamblar aminoácidos (los componentes básicos de las proteínas) en un orden preciso, construyendo así la proteína codificada en el gen original.

El trabajo de Gibson y colegas

¿Que han hecho Gibson y colegas? Según la mayoría de las noticias, "crear un cromosoma artificial". A lo cual se añaden subtítulos como "La posibilidad de crear una vida partiendo de elementos inertes está un paso más cerca".

Daría la impresión, visto lo que he comentado antes, de que han ensamblado nucleótidos hasta formar un cromosoma de nueva factura que contendría la información necesaria para que un nuevo ser vivo, antes inexistente, se formara siguiendo las instrucciones contenidas en ese ADN.

Bueno, pues no. Lo que ha hecho el equipo de Gibson es ensamblar, aparentemente sin errores, una secuencia de 582970 bases que es una réplica de parte del genoma de Mycoplasma genitalium. Esta pequeña bacteria contiene un único cromosoma circular que ostenta (o casi) el record de genoma mínimo entre los organismos autónomos (eliminando virus y parásitos obligados). La diferencia entre el genoma original y el generado es la eliminación de un gen concreto lo que evita la patogenicidad de la bacteria.

Los nucleótidos son de origen sintético, es decir, sintetizados por medios químicos externos a células vivas.

El proceso comenzó secuenciando el ADN de M. genitalium, para obtener la secuencia correcta de bases. A partir de aquí se sintetizaron 101 secuencias de 5000 a 7000 bases (5-7 kb). El logro mayor del trabajo fue conseguir la unión de estos fragmentos en otros progresivamente mayores: 24 kb, 72 kb y 144 kb (1/4 del genoma).

Los fragmentos unidos (recombinados) en ambiente extracelular (in vitro) pero clonados para aumentar su cantidad en el interior de la bacteria Escherichia coli. Fueron luego secuenciados y conservados sólo los que estaban "bien formados", con la secuencia correcta de acuerdo con el paso primero del proceso. El último paso, de ensamblaje de los fragmentos de 1/4 de genoma, tuvo que realizarse in vivo dentro del hongo Saccharomyces cerevisiae. Los clones completos fueron secuenciados y se localizaron con la secuencia correcta, sin errores.

La recombinación "in vitro" se mostró más inestable según crecían los fragmentos. El uso de Saccharomyces para la última etapa de recombinación (in vivo, por tanto) se hizo necesaria ante el fracaso de la técnicas previas.

En resumen

Se ha conseguido hacer una copia del genoma natural de Mycoplasma genitalium partiendo de nucleótidos sintéticos, no un genoma original. La copia se realiza por recombinación in vitro de fragmentos progresivamente más largos. Los fragmentos son clonados aprovechando la maquinaria celular de seres vivos. La última etapa tuvo que hacerse in vivo por la labilidad de los "cuartos" de genoma de 144 kb. La viabilidad del cromosoma "sintético" no ha podido demostrarse.

¿Qué sería realmente "vida artificial"?

Si no he cometido errores graves en la lectura del trabajo y en esta exposición (ruego tolerancia por parte de los especialistas, que yo hace mucho que no leo nada de genética), los logros del equipo de Gibson son importantes al haber logrado ensamblar un número muy elevado de bases pero tienen poco que ver con "vida artificial" u "organismos de síntesis".

¿Qué sería "vida artificial"? Desde luego no sería mezclar genomas de organismos diferentes para generar un cóctel genético, aunque este sea viable. Ahí estaríamos solamente jugando al ensayo y error con piezas ya existentes.

Algo más ajustado a la expresión sería, por ejemplo, crear una bacteria para degradar cierto tipo de hidrocarburos y luego morirse sin dejar rastro. Para ello deberíamos planificar qué nuevas rutas metabólicas serían necesarias (no existirían en la naturaleza), qué nuevas enzimas deberían ser sintetizadas (no existirían en la naturaleza) y cómo programar el reloj biológico que garantizara la desaparición de los organismos sin efectos secundarios en el ecosistema. Todo esto debería ser trascrito a código genético (en una especie de ingeniería inversa) y esos genes serían sintetizados a partir de los nucleótidos básicos junto con todos los necesarios para la funcionalidad de la célula. A partir de ahí tal vez sería posible hablar de "organismo de síntesis artificial" aunque seguramente sería necesario acudir a células ya existentes para aprovechar su complejidad, fruto, a fin de cuentas, de unos pocos miles de millones de años de evolución.

Sin duda que esa meta se alcanzará pero aún nos queda un poco lejos.

Sólo para fetichistas

Hace un tiempo escribí un post sobre tesis doctorales breves. Entre ellas estaba la de John Nash Jr. (el de "Una mente maravillosa" con Russell Crowe de protagonista). Nash, nacido en 1928 e ingeniero químico, defendió su tesis doctoral en matemáticas en mayo de 1950 y recibió el Premio Nobel en Economía en 1994. Su tesis doctoral tenía 27 páginas y no conseguía encontrarla.

Es sólo un placer vagamente fetichista pero aquí tienen la tesis original escaneada: Non-cooperative Games, localizada gracias a un comentario de pobrecito hablador en Barrapunto (gracias).

Aunque no entiendan nada (como yo) no se pierdan el placer de hojearla: escrita con máquina de escribir mecánica, fórmulas y símbolos a mano... y, al final, lo mejor.

¿Saben cuántas referencias bibliográficas tiene esta tesis? Dos (2). La primera es de un libro de Von Neumann de 1944. La segunda no sólo es un artículo del propio Nash, publicado en los Proceedings of National Academy of Sciences en 1950 sino que apenas tiene una página de texto: Equilibrium Points in N-person Games.