15 agosto 2010

Jesucristo cura pero sólo gripes, no septicemias

¿La Biblia como fuente de información paleopatológica? ¿O tal vez una oportunidad de publicar ahorrándose el trabajo que supone hacer un artículo normal? Esto fue lo que intentaron Kam L.E. Hon (con un correo de hotmail) Pak C. Ng y Ting F. Leung (estos de la Chinese University of Hong Kong), autores de Influenza or not influenza: Analysis of a case of high fever that happened 2000 years ago in Biblical time. Traduzco parte del resumen:
La Biblia describe el caso de una mujer con fiebre alta que fue curada por nuestro Señor Jesucristo. Basándonos en la información provista por los evangelios de Marcos, Mateo y Lucas, discutimos el diagnóstico de la afección febril. [...] la mujer con fiebre en la Biblia es una de las más tempranas descripciones de la gripe humana.
Verán que las descripciones en las que se basan Honel y colegas para aventurar un diagnóstico son un prodigio de exactitud y de detalles; según su artículo, su análisis se basa en las siguientes líneas:
Mateo 8 14 Vino Jesús a casa de Pedro, y vio a la suegra de éste postrada en cama, con fiebre. 15 Y tocó su mano, y la fiebre la dejó; y ella se levantó,y les servía.
Marcos 1 30 La suegra de Simón estaba con fiebre, y se lo dijeron.31 Jesús se acercó, la cogió de la mano y la levantó. Se le pasó la fiebre y se puso a servirles.
Lucas 4 38 Cuando Jesús salió de la sinagoga, se fue a casa de Simón, cuya suegra estaba enferma con una fiebre muy alta. Le pidieron a Jesús que la ayudara 39 así que se inclinó sobre ella y reprendió a la fiebre, la cual se le quitó. Ella se levantó en seguida y se puso a servirles.
El artículo es muy breve (dos páginas) pero aún así podemos disfrutar de comentarios memorables como estos:
Lucas no cuantifica la fiebre ya que la escala Fahrenheit de temperaturas no fue inventada hasta 1724.
La Biblia describe que cuando Jesús tocó a la mujer la fiebre desapareció instatáneamente lo que probablemente supone que la enfermedad no era una infección bacteriana aguda severa (como una septicemia) o una endocarditis subaguda ya que estas no pueden ser curadas instantáneamente.
Otra consideración que podríamos tener es que la enfermedad fuera causada por un demonio o diablo. [...] En nuestro caso la influencia demoníaca no ha sido establecida y la mujer no tenía convulsiones aparentes o sintomatología residual [que la sugiera].
Esta basura fue publicada en la revista Virology Journal en junio de este año y retirada hace un par de días tras sufrir una oleada de quejas y sarcasmos. La retirada del artículo era previsible pero su publicación no ya que pasó los filtros que supuestamente están ahí, precisamente, para evitar que aparezcan tonterías en revistas serias. Los editores deberían, en mi opinión, acompañar la rectificación con los comentarios de los revisores para que nos pudiéramos hacer una idea de las razones de la publicación y, ya de paso, meterlo en la lista negra de gente incapacitada para revisar más artículos.

13 agosto 2010

[Fotografía] Macrofotografía de alta calidad a muy bajo precio

Lo de "alta calidad" es aún una presunción pero parece justificado. Leí en la página de Manuel Portillo un post sobre la enorme calidad de los antiguos objetivos Hexanon de Konica (1960-1980). Comenta Manuel:
Los objetivos Hexanon de Konica están reconocidos por su extraordinaria calidad óptica, definición, reproducción del color y contraste. El problema de estos objetivos es que su registro montura-plano focal es el menor de los sistemas reflex y por tanto son inutilizables en el resto de cámaras de otros fabricantes [...].
¿Inutilizables en el resto? Depende de para qué queramos usarlos. En cámaras de otras monturas y registros mayores se convierten en unos objetivos perfectos para las distancias próximas, o para macro si se usan con aros de extensión.
Entre estos objetivos destaca el Hexanon AR 1.7/50mm, uno de los mejores y más nítidos 50 mm fabricados [...]. Se encuentran en el mercado de ocasión por un precio irrisorio y son una alternativa casi gratuita y de calidad a un objetivo macro.
Fiel a mi línea de probarlo todo y no profundizar en nada me puse a pensar ¿habrá forma de montar un Hexanon de estos en mi Nikon digital? La tentación era fuerte porque las fotos que Manuel muestra son espectaculares y no acuden a trucos de difícil gestión práctica como los objetivos invertidos. Una búsqueda por ebay mostró que, en efecto, los objetivos Hexanon están a la venta por precios mínimos si es que su calidad es tan buena como dicen. Finalmente, decidí probar y compré uno usado y vapuleado por 16 euros. Se trata de un Konica Hexanon AR 50 mm f1,7.

Los problemas
Mientras me llegaba el objetivo estuve buscando instrucciones de bricolaje por internet. Sólo encontré un par de páginas bastante alarmantes porque se referían a cámaras en formato 4/3 y además exigían el uso de métodos algo destructivos (por ejemplo).
Mi caso era diferente no solo por el formato de la cámara sino por otro detalle que yo desconocía: la distancia entre la montura del objetivo y el sensor en una Nikon es de 46,5 mm mientras que el Hexanon fue diseñado para 40,5 mm (datos localizados buscando por flange distance, FD). La diferencia práctica es que si un objetivo se monta en una cámara diseñada para un FD mayor no se podrá enfocar a infinito sino solamente a distancias cortas. Lo contrario, objetivos con FD mayor que la cámara, sí funciona bien separando el objetivo mediante un adaptador de dimensiones adecuadas.
¿Causa perdida? Pues no porque, aunque no podamos hacer paisajes, un Hexanon montado en una Nikon es un magnífico objetivo para macrofotografía.


El montaje
Hoy he recogido el objetivo del correo: su aspecto es el de abajo.

Konica Hexanon AR 50 mm f1.7
Lo vemos por la parte de la montura pero verán también que tiene un golpe en la parte delantera que ha deformado la rosca donde irían los filtros. El vendedor aseguró que ese golpe no afectaba al funcionamiento y por suerte tenía razón.
El sistema de montaje original del Hexanon era el llamado "bayoneta F", hoy incompatible con cualquier cámara.
Dispuesto a cualquier cosa, con limas y minidestornilladores en la mesa me puse a buscar una solución aunque esta pasara por el desmontaje, corte y destrucción de algunos elementos.
Lo primero (y verán que lo último) que probé fueron unos anillos de extensión de marca desconocida (china) que se suponía valían para separar un objetivo Nikon auténtico del cuerpo de la cámara. La sorpresa fue que podían ser utilizados para adaptar el Hexanon poniéndolos al revés: la parte de la cámara en el objetivo y viceversa. El kit de anillos está formado por cinco piezas: un adaptador a la montura de la Nikon con una rosca en la parte exterior, los tres anillos propiamente dichos y un adaptador previsto para el objetivo. Los tres anillos son prescindibles en esta operación pero necesitamos los dos adaptadores. Les pongo el montaje a continuación.

Adaptador diseñado para ir en la cámara pero que debe ponerse en el objetivo. Hay dos posiciones posibles y hay que usar la que rosca hacia la derecha (más firme). Aunque la sujeción parece buena no hay retención por ningún mecanismo por lo que el objetivo podría aflojarse. Una vez comprobado que el sistema funciona, fijé el anillo con tres pequeñas gotas de pegamento.
Objetivo y primer adaptador unidos y fijados.
El segundo adaptador es el que debería ir al objetivo pero vamos a usarlo contra la cámara. Se fija al primero mediante una rosca sencilla que debe apretarse bien (o pegarse).
Objetivo con los dos adaptadores, listo para ser montado en la cámara.
Objetivo montado sobre una Nikon analógica (la digital era para hacer la foto). La sujeción es buena pero no existe mecanismo de retención por lo que, caso de mover el diafragma, debe hacerse procurando no girar el objetivo. La distancia de enfoque es de aproximadamente 12 cm.
¿Cuáles son las ventajas e inconvenientes de este montaje? La ventaja más clara es la relación calidad/precio ya que todo el sistema sale por menos de 40 euros si nos conformamos con objetivos usados pero en buen estado (hay que evitar los que tengan hongos, claro). La segunda ventaja es que el montaje es muy simple y se hace en un par de minutos. Los principales problemas son que el objetivo debe dedicarse sólo a macrofotografía y que los automatismos (enfoque y medida de la luz) no funcionan pero ¿qué problema es este con una cámara digital?
Les pongo abajo la primera prueba hecha sobre la marcha. He fotografiado un sello desde unos 12 cm de distancia y es aparente que la superficie estaba curvada y la iluminación improvisada. Los valores fueron 1 s de exposición con f11 de diafragma. La anchura de la toma es de 52 mm. La imagen de abajo está muy reducida, para ver la original (1.1 Mb) y verificar su supuesta calidad hay que pinchar encima. Lógicamente no se ha aplicado ningún filtro de enfoque ni de realce de bordes. Si alguien quiere el original (NEF) que me lo pida.

El ancho capturado es de 52 mm, pulsar encima para ver a la resolución original (aunque en jpg)

05 agosto 2010

Arquitectura tradicional: hórreos y paneras

En mi estancia estival en Asturias me dediqué un día a dar una vuelta por un par de pueblos conocidos por sus hórreos. Los de aquí ya lo sabrán pero para el resto comentaré que el hórreo es una construcción de madera típica del Norte de España y Portugal, cambiante de formas y de nombres según la zona donde esté.
El hórreo es una construcción de planta cuadrada, hecha de madera y levantada del suelo por pegoyos (pilares) de madera o piedra. Su función fue la de servir de granero, aunque cabía en ellos desde el maíz (colgando antes de ganchos o gabitos en el exterior) hasta los productos de la matanza del cerdo, pasando por las patatas, habas (fabes) o cualquier otra cosa que tuviera que mantenerse fresca y fuera del alcance de ratones y demás gente de mal vivir. Abajo les pongo una foto ilustrativa.

Hórreo en Sietes (Villaviciosa), pinchar encima para ampliar.
Arriba pueden ver bastante claramente la forma de construcción: cuatro pegoyos, en este caso de madera, sobre los que se ponen lajas de piedra (muelas), cuadradas o circulares, que impiden que suban los ratones. Fíjense que al ser estos pegoyos de madera no se apoyan sobre la tierra sino sobre grandes piedras llamadas pilpayos que los aislan de la humedad y dificultan que la madera se pudra.
Sobre elas muelas se acomodan cuatro grandes vigas o trabes formando el cuadro. En este caso concreto, existe una viga intermedia llamada sobigañu sostenida por un quinto pegoyu central.
Por encima de esta estructura aparece la llamada colondra o cuerpo del hórreo, cuya planta cuadrada está cerrada por paredes hechas de anchas tablas llamadas cureñes. Las piezas de las esquinas tienen nombe propio, engüelgo, y en los hórreos antiguos están talladas en L en una sola pieza.
El suelo se construye con gruesas tablas llamadas pontes o sollas.que se apoyan en el sobigañu.
Cerrando la parte superior se contruye otro cuadro formado por linios, una réplica de los trabes aunque suelen ser algo más delgados ya que tienen que soportar menos peso. Los linios tienen una ranura en su parte inferior donde encajan cureñes y engüelgos, repartiendo el peso por toda la estructura.
El tejado se construye mediante viguetas en cruz sobre las que se asientan les tiyeres, a modo de vigas inclinadas para dar caída al tejado de cuatro aguas. La cubierta puede ser de teja, como aquí, o de pizarra en la zona occidental y en este caso los aleros se sostienen con ayuda de unos puntales llamados tentemozos.
En el lado más visible hay una puerta pero la escalera o subidoria ha desaparecido. Se hacía de piedra y nunca llegaba al hórreo sino que se dejaba un amplio hueco para dificultar la subida de los bichos. La tabla que se ve sujeta por unas L de madera (gavitu) se llama talamera y está ahí para facilitar la subida y la bajada desde la escalera.

Escalera de piedra en una panera de Espinaredo (Piloña). Las dos puertas indican que la propiedad era compartida. El interior está tabicado con varas de avellano trenzadas.
Puerta tallada en un hórreo de Espinaredo

Los hórreos mostrados aquí son antiguos y sencillos. Los hay con corredores (ver abajo) dando la vuelta completa, a veces cerrados en un lateral mediante tablas (mandil) para proteger de la lluvia. Los hay decorados y pintados aunque casi siempre el tiempo ha hecho estragos en las maderas originales. Hay paneras, variantes con seis. ocho o más pegoyos y que pueden alcanzar dimensiones bastante respetables.

Corredor en un hórreo de Sietes
La ventilación se facilitaba con orificios en les colondres, muchas veces en formas decorativas


Lamentablemente, la conservación de estas construcciones es precaria incluso en pueblos donde se han hecho restauraciones en las últimas décadas. El deterioro y el abandono son muchas veces evidentes, así como la falta de interés al convertir el espacio inferior en zonas de desguace. Desconozco las actuaciones de la administración al respecto pero es claro que hace falta mucho más esfuerzo por parte de todos.

31 julio 2010

Blogs y divulgación, un caso de estudio.

Se ha abierto un tema interesante en Amazings titulado La verdadera divulgación ¿aún lejos? donde ha y opiniones diversas sobre el papel de los científicos como divulgadores o, incluso, sobre el deber ético de divulgar además de realizar el resto de su trabajo. A la sombra de ese debate escribo este post para dejar clara mi opinión sobre el enorme valor de los blogs como vehículo de la divulgación cientifica y técnica.
Ilustraré el asunto con un ejemplo: en mayo del 2004 publicamos unos colegas y yo un artículo en de cierto interés (hoy tiene 118 citas). Aunque sea una revista bastante leída (o al menos consultada) era evidente que el tema no llegaría a conocerse ni a entenderse entre la gente ajena al gremio al estar escrita en inglés, en una revista de pago y, además, con un texto enormemente condensado por exigencias editoriales.
La posibilidad de la divulgación apareció pronto ya que en julio de ese mismo año recibimos un correo electrónico de Investigación y Ciencia pidiéndonos una versión del artículo para publicar en esa revista. No les voy a negar que nos hizo cierta ilusión ya que podríamos explicarlo en español, con despliegue gráfico en color y dirigido a un público diferente. Pasé mis vacaciones en el mes de agosto redactando el trabajo y a mediados de septiembre lo enviamos al editor de I&C.
La respuesta fue el silencio. Dejamos pasar un mes y preguntamos sobre el proceso editorial. Nada. Dejamos pasar dos meses y volvimos a preguntar. Nada. Finalmente pase todo el artículo a la carpeta de "olvidados".
Al cabo de un tiempo abrí este blog por pura curiosidad (en el 2004 no había oido hablar de ellos siquiera) y en febrero del año 2007 consideré que era el medio idóneo para quitarme la espina y publiqué 5 posts explicando el trabajo paso a paso y dando a conocer sus problemas y su trastienda (que todos los artículos la tienen). Si hay alguien nuevo por aquí puede buscar A los musgos se los lleva el viento y le saldrá la serie entre los resultados más antiguos. Llevó su tiempo redactarlos, por supuesto, pero ahí están en unas condiciones idóneas para la divulgación: accesibles a todo el mundo, con figuras en color y libertad editorial.
Aprendida la lección, repetí la jugada con otro trabajo y a lo largo de agosto de 2008 saqué otra serie de 4 posts titulada Las pardelas tienen GPS pero no le hacen caso. En este caso fui mucho más diligente ya que la publicación científica fue el 13 de agosto y los posts se escribieron entre el 3 y el 20 del mismo mes, comenzando antes de que el artículo fuera accesible (aunque ya sabíamos que había sido aceptado).

El viento es uno de los protagonistas de los artículos; lo de arriba un fragmento de mapa donde la velocidad se traduce a colores (azul: calma; rojo: hasta 30 m/s) y para el sentido se usan flechas.

No sé cuanta gente habrá leido los mencionados posts pero sí estoy seguro de que los blogs son la vía más flexible, rápida y aconómica de hacer divulgación. Si se nos demanda alguna vez que hagamos versiones amables de nuestro trabajo no hay necesidad de grandes iniciativas ni innovaciones ya que la herramienta existe. Sería bueno que las universidades se lo tomaran un poco en serio e hicieran portales específicos para sus científicos bajo el formato que sea (blog o wiki) pero mientras las universidades despiertan, si quieren buscar novedades científicas vayan a los blogs porque ahí encontrarán ejemplos magníficos de divulgación ágil (agilísima) y de gran nivel. 
¿Cómo acabó el asunto de I&C? Pues sorprendentemente recibimos un correo hace tres o cuatro meses con las galeradas del artículo. Han entendido bien: casi seis años después d enviarles el trabajo recibimos las pruebas de imprenta sin una sola explicación de la demora o de los silencios. Pasó, además, algo que no ocurre en los blogs: el texto había sido editado y modificado para adaptarlo al estilo de la revista, algo que no me gustó nada, no sólo porque el nuevo estilo no es el mío sino porque tomé muchas molestias en hacer una buena redacción. Tras un tira y afloja logré que volvieran a meter la introducción (la habían borrado) y algunos detalles similares. El artículo salió este mes de julio (escribo esto a "mes pasado" para que nadie lo considere propaganda). ¿Más diferencias? El copyrigth es de la revista, hay que pagar por ella y pasará al olvido en las bibliotecas mientras que los blogs, por el momento, tienen vocación de eternidad.

25 julio 2010

Domingo de verano

Escribo esto escuchando Summertime en varias versiones (esta canción tiene docenas). Me recuerda cuando jugaba yo de niño por los prados de Asturias en verano. Me refleja la atmósfera de un cuadro que tengo, donde una casa se levanta en un paisaje de campos amarillos. Me sugiere esa placidez intemporal de las horas de calor en Castilla, mirando las tierras agostadas desde la casa de adobe.
Luego viene la jodida realidad a sacarte la poesía de la cabeza:

Temperatura en mi casa hoy, domingo 25 de julio. Arriba la exterior (a la sombra), en el centro la de la cocina y abajo la hora del evento.
Pero bueno, no perdamos el ánimo y dejémonos llevar:

Summertime,
And the livin' is easy
Fish are jumpin'
And the cotton is high

Your daddy's rich
And your mamma's good lookin'
So hush little baby
Don't you cry

One of these mornings
You're going to rise up singing
Then you'll spread your wings
And you'll take to the sky

But till that morning
There's a'nothing can harm you
With daddy and mamma standing by.


23 julio 2010

¿Efecto contagio en la violencia machista?

Publican en LaProvincia.es un artículo titulado Publicar noticias sobre violencia provoca un efecto mimético con un subtítulo "El 88 % de los casos de violencia machista se producen en los cuatro días que siguen a un suceso similar" con la cabecera siguiente:
El psicólogo Pedro Alonso Cabrera recomienda en el estudio Aprendizaje vicario, efecto mimético y violencia de género que los medios de comunicación no publiquen noticias sobre asesinatos machistas para evitar que otros agresores imiten estos comportamientos. El especialista ha concluido que el 88,89 % de los casos se producen en un periodo que se extiende no más allá de cuatro días de que se haya producido un suceso de similares características. Sólo un 11,11 % se dan de manera aislada.
La noticia sobre este informe ha merecido comentarios de todo tipo en el propio periódico y en algunos blogs. Algunos la reproducen sin más pero Víctor R. Ruiz cuestiona la significación estadística del resultado en su Cuaderno de Bitácora:
No soy experto en estadística, pero si las muertes se distribuyeran durante el año de forma aleatoria, la media de días entre muertes se obtendría diviendo 365 entre el anterior total. De hecho, 365/79 = 4,6 días por muerte. Habrá ocasiones en los que sucedan en cortos espacios de tiempo, y otras veces, más largo. Por tanto, la afirmación «el 88,89 % de los casos se producen en un periodo que se extiende no más allá de cuatro días» entra dentro de lo razonable. Si esto es así, a partir de eventos distribuidos aleatorialmente no podemos concluir de ninguna forma que las noticias produzcan un efecto mimético
¿Quién tiene razón? Me puse a revisar un poco los datos y les expongo a continuación los resultados, a ver si están de acuerdo conmigo. Aunque el estudio original es ilocalizable en estos momentos, en LaProvincia.es nos pone un gráfico de donde pueden extraerse todos los datos necesarios. Lo copio a continuación por si desaparece con el tiempo (pulsar encima para ampliar):

Cronograma de muertes de mujeres por violencia machista en el año 2008
En el gráfico están marcados con un punto los días en los que se han producido las muertes y se encierran en un rectángulo las "series" de muertes, entendiendo como tales aquellos grupos donde se han producido muertes en los cuatro días siguientes a otra cualquiera. Por ejemplo, el día 3 de enero hay una muerte que es seguida por otra el día 5 y otra más el día 7. Dado que entre el 3 y el 7 han pasado cuatro días, las tres muertes suponen una "serie".
Según este procedimiento, seguido aparentemente por el autor del trabajo, el 89% (72 de 81 casos) de las muertes forman parte de series lo cual demuestra el efecto contagio. 
Lo malo (o lo bueno, según se mire) es que eso no es cierto.
En mi opinión, en el recuento se comete un error grave: la primera muerte de cada serie se incluye en el recuento se "muertes por contagio" cuando es evidente que no debe hacerse si la muerte anterior se produjo hace más de 4 días.  En el caso comentado, la muerte del 3 de enero no puede añadirse al recuento, tampoco la del 17 o la del 31 de enero. En cambio, sí puede incluirse la del 22 de enero porque la anterior se produjo el 18. Por extensión, cuando se producen dos muertes el mismo primer día, como en el caso del día 22 de junio, es dudoso que la segunda deba añadirse al recuento porque la noticia no se conoce inmediatamente y es probable que el efecto contagio no haya podido producirse. En estos casos, sería necesario saber la diferencia en horas entre las muertes y cuando se publicó, algo que no sabemos ni tengo tiempo de buscar por lo que haré los cálculos con ambas opciones.

Con esta consideración, el porcentaje de "muertes dentro de los cuatro días siguientes" baja del 89% al 58% o al 64% (47 o 52 casos) y, como es lógico, el 11% que se produce de forma aislada según el autor, sube al 42% o al 36% según se consideren las segundas muertes el primer día de cada serie.
La siguiente pregunta es ¿cuál sería el porcentaje esperado si los eventos fueran aleatorios?
Como mi capacidad estadística es muy limitada, acudí a Excel para hacer algunas simulaciones de series y estimar dichos porcentajes empíricamente.  Para ello basta con hacer lo siguiente:
  • se generan números aleatorios entre 1 y 365 en 81 celdas; cada número supone una muerte. Lógicamente pueden producirse una o más muertes en cualquier día del año.
  • se ordena la serie de menor a mayor (cronológicamente)
  • se cuentan los casos que distan 1, 2, 3 o 4 días del caso anterior.
  • se divide el recuento entre el total (81) y ya tenemos una estimación de la cantidad de casos que cabe esperar en ese intervalo de 4 días de forma aleatoria.
Los resultados son que en una serie aleatoria cabe esperar que un 56% de los casos esté dentro de una ventana temporal de 4 días de un caso anterior. Este porcentaje no difiere gran cosa del 58% y 64% que arrojan los datos reales pero ¿son significativas las diferencias?
Aquí acudimos a una página donde podemos hacer el test online y la respuesta es que no hay diferencias significativas entre los porcentajes (ni al 95% ni al 90% de nivel de confianza). La conclusión es que los datos aportados no apoyan la hipótesis de que el contagio exista en las circunstancias que el autor parece manejar (cuatro días de margen temporal). Tal vez haya entendido algo mal ya que no tengo acceso al informe original pero, mientras aparece, la recomendación de no publicar las noticias de las muertes no tiene fundamento en los datos aportados. Sería bueno poder analizar una serie más larga (la mencionada es del año 2008) pero desconozco donde localizar los datos.
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