11 abril 2007

Trágame tierra, o 10 frases para olvidar

El seguro de sí mismo:
Toda esa palabrería acerca de los viajes espaciales es en realidad una rematada basura.
Richard Woolley, undécimo Astrónomo Real británico en 1956, cinco años antes de que Yuri Gagarin realizara su vuelo orbital.

El augur:
Quienquiera que espere una fuente de potencia de la transformación del átomo está soñando con la Luna.
Ernest Rutherford, físico, premio Nobel en 1908.

El listillo:
La luz viaja en el agua más rápìdamente que en el espacio vacío.
Isaac Newton, físico, matemático, alquimista, filósofo.

El iniciado:
Debemos admitir con toda seguridad que el espacio y el tiempo son inmutables: no están ni siquiera a disposición de los matemáticos.
Oliver Joseph Lodge, diez años después de que Einstein publicara su teoría de la relatividad especial.

El observador:
El tratamiento antirrábico de Pasteur es inútil, peligroso y desprovisto de valor científico. Pasteur no está curando la rabia sino inoculándola en realidad. Se debería cerrar su laboratorio.
Professeur Peter de la Academia Francesa de Medicina, tras comunicarse la noticia de la recuperación del niño Joseph Meister, mordido por un perro rabioso.

El visionario:
No creo que las ondas inalámbricas que he descubierto tengan ninguna aplicación práctica.
Heinrich Rudolf Hertz, físico, descubridor de la radiación electromagnética.

El idealista:
La guerra es una reliquia bárbara destinada probablemente a volverse tan obsoleta como el batirse en duelo.
William Thomson (Lord Kelvin), aunque también dijo: "Los rayos X han demostrado ser una patraña".

El guarro:
La antisepsia de Lister es absurda en teoría e imposible en la práctica.
El sádico:
Imaginar que el dolor pueda ser abolido en cirugía es hacerse ilusiones y sería un absurdo intentar conseguirlo.
Alfred Armand Louis Marie Velpeau, cirujano, hablando en 1839.

El experto:
Esta es la mayor tontería que hemos hecho nunca, La bomba no estallará jamás, y hablo como experto en explosivos.
William Daniel Leahy, almirante estadounidense dirigiéndose al presidente Truman respecto a la bomba atómica estadounidense.

Las frases se citan en Youngson, R., 2003, ¡Fiasco! Aprendiendo de los errores de la ciencia.
Ediciones Robinbook, Barcelona.
El título original era bastante más minimalista: Scientific blunders.

Ley Orgánica de Universidades v.3.x

Pues eso, hace unos pocos días han aprobado en el Congreso de los Diputados las reformas a la Ley Orgánica 6/2001 de Universidades.
La verdad, sólo encuentro interesante el cambio en las pruebas de acceso al funcionariado (Profesor Titular y Catedrático) que se desarrolla en los artículos 57 y siguientes.
Este cambio es un reconocimiento del fiasco que supuso el método anterior, que metió a tribunales y aspirantes en una dinámica absurda que era, a todas luces, insostenible tanto por motivos económicos como personales. La nueva fórmula es mucho más ligera en su primera parte ya que la acreditación se consigue a través del curriculum vitae. Falta saber si los méritos necesarios se establecerán con claridad o se seguirá el método oscurantista de las actuales acreditaciones para las diversas categorías de profesor contratado.
La segunda parte, un concurso de acceso en cada universidad que oferte una plaza, es una vuelta a los métodos de Juan Palomo (yo me lo guiso, yo me lo como) de la antigua LRU ya que la forma del concurso queda en manos de cada universidad lo que no es precisamente una garantía de igualdad de oportunidades. Realmente, para este viaje no hacían falta estas alforjas.
El resto no es más, en una lectura rápida, que un conjunto de retoques intranscendentes para un cambio en profundidad que no parece interesar a nadie. Mientras la cosa empieza a debatirse aquí tienen el texto con las modificaciones.

09 abril 2007

No más flores por favor

Hay flores grandes, pequeñas, olorosas, discretas en su color, llamativas en su forma...
Esta que ven aquí abajo lo tiene todo: grande, olorosa, colorista. Se llama Rafflesia arnoldii y no se les ocurra regalar un ramo de una docena a esa chica tan simpática que les trae de cabeza.

Rafflesia en Lost World Arts, © Karl Lehmann

Primero, tendría que contratar a una empresa de mudanzas porque la flor de Rafflesia pesa entre 7 y 10 kg. Luego tendría que cambiar algún mueble de sitio porque mide casi 1 m de diámetro.
Las Rafflesiáceas son una familia de plantas de los bosques del Sudeste asiático de lo más ahorrativa: no tienen hojas, no tienen raíces, no tienen tallo, no hacen fotosíntesis. Son parásitos que viven como filamentos inmersos en sus hospedadores (unas lianas muy sufridas) y sólo emergen a la superficie para que sus grandes flores se desarrollen.
Su posición taxonómica no se conoce nada bien y aparecen, por si fuera poco, incongruencias que sugieren que parte del genoma del parásito es transferido a las lianas que parasitan, detalle, como ya saben, que me mola un montón (DOI:10.1126/science.1100671). Como puede suponerse su estudio no es fácil debido que la planta (o a lo que se ha reducido) está dentro del hospedador y no es accesible. Pueden hacerse secciones, claro, pero sólo observaremos individuos muertos.
¡Ah! Se me olvidaba la tercera razón para no regalar un ramo: huele, pero no como las rosas. Las flores emanan olor para atraer insectos que sirvan de polinizadores y la Rafflesia ha elegido desprender un intenso olor a carne en putrefacción. Y por lo visto, eso de "intenso" describe bien la realidad. Los polinizadores son varios pero la candidata con más papel en esta pieza es una mosca aficionada a la carroña llamada Chrysomyia megacephala (un asco de bicho).
Como no podía ser de otra forma, Rafflesia fue utilizada como afrodisíaco (¡) en esta zona del Sureste de Asia.
Aunque la primera descripción la hizo P. C. E. Deschamps en 1797, el género fue bautizado en 1822 en un homenaje a Sir Stamford Raffles, gobernador británico que creó el jardín botánico de Buitenzorg en Java en 1811, mientras el nombre específico lo fue para recuerdo del botánico Joseph Arnold.

03 abril 2007

¿Transgénicos no? ¿O depende?

La malaria mata al menos 1 millón de personas cada año, la mayoría niños. ¿Por qué se resiste tanto esta enfermedad a una vacuna o un tratamiento eficaz?
El motivo es que la malaria no la provoca una bacteria sino un protozoo, en concreto cuatro especies del género Plasmodium. Los Plasmodium son parásitos de vertebrados pero para cerrar su complejo ciclo de vida necesitan pasar también por mosquitos del género Anopheles (sólo hembras) que actúan como vector de la enfermedad infectándose al picar a los enfermos e inoculando el parásito con sus picaduras a los sanos.
La magnitud del problema puede estimarse sabiendo que en zonas tropicales donde los mosquitos son comunes una persona desprotegida puede recibir cientos de picaduras en una noche.
Los protozoos no pueden combatirse mediante antibióticos convencionales y los tratamientos existentes suelen ser tóxicos por la similitud entre su estructura celular y la nuestra. La enfermedad de Chagas (15-20 millones de personas afectadas), la leishmaniosis (12 millones), la enfermedad del sueño o tripanosomiasis... son ejemplos actuales de graves enfermedades causadas por protozoos.
En el caso de la malaria se pueden utilizar métodos preventivos como usar mosquiteras impregnadas de insecticida a la hora de dormir. A este respecto se está debatiendo la conveniencia de volver a usar DDT, prohibido en los años 70, como impregnante de las mosquiteras y para el rociado de las casas no sólo por su bajo coste sino por su alta persistencia. Aún así, apenas el 2% de la población bajo riesgo en África usa mosquiteras, tanto por motivos económicos como de costumbres.
La segunda vía sería conseguir una vacuna, buscada desde hace bastantes años, pero cuyos resultados aún no son concluyentes. Como el tema es complejo sólo mencionaré dos casos que nos caen próximos. El primero es el de Pedro Alonso, español en el Hospital Clínico de Barcelona, cuyo equipo consiguió en un primer ensayo en Mozambique reducciones globales del 31% y de hasta el 48% para la malaria severa (aunque me han llamado la atención los grandes intervalos de confianza, del 12.3 al 71.0 en este último caso, ver resumen aqui). También es pertinente recordar al pionero en esta tarea, Manuel Elkin Patarroyo, científico colombiano, creador de una primera vacuna cuyos ensayos han tenido resultados muy controvertidos que no han desembocado por el momento en nada definitivo.
Pero hay un tercer camino que es actuar directamente sobre el vector.
Como introducción a esta estrategia, recordemos se pudo erradicar la enfermedad del sueño de la isla de Zanzíbar en los años 90 mediante la suelta de millones de moscas macho estériles. La esterilidad se consiguió irradiando las moscas y el método funcionó porque la mosca tse-tsé, Glossina, el vector en este caso, sólo copula una vez. Al soltar repetidamente millones de machos estériles la fecundidad de las poblaciones cae en picado y puede acabar en la extinción como ocurrió en Zanzíbar.
En el caso que tratamos hoy aqui el camino empezó con la publicación en el año 2000 de un artículo que abría una posibilidad nueva: manipular genéticamente los mosquitos para que sean ellos los inmunes al protozoo o, más exactamente, para que no pueda completar su ciclo de vida en el interior del insecto. Catteruccia y colegas desarrollaron métodos para hacer realidad la trasferencia de genes a los Anopheles algo que aún no había sido conseguido (aunque sí a en la famosa mosca de la fruta Drosophila melanogaster, a quien tanto debemos). Un poco más tarde, en el 2002, Ito y col. "crearon" los mosquitos transgénicos y encontraron que todo parecía funcionar bien en el laboratorio: eran más resistentes al plasmodio y en caso de infección, la cantidad de parásitos en su saliva era mucho menor.
Desde entonces han pasado muchas cosas, desde la secuenciación completa del genoma del Anopheles gambiae (un trabajo con un centenar de firmantes) hasta el descubrimiento de poblaciones de mosquitos que han desarrollado resistencia al plasmodio de forma natural.
El último episodio es reciente y ha sido ya contado en algunos blogs pero creo que merece la pena amplificar el eco porque Mauro Marrelli y colegas han conseguido un mosquito transgénico que además parece más competitivo que el resto. Es decir: en una mezcla de ambos tipos de mosquitos, gracias a una mayor fecundidad y a una vida más larga, los transgénicos van desplazando a los otros hasta ser mayoritarios en la población. Este aspecto es esencial porque es necesario que en la naturaleza acaben erradicando o al menos reduciendo drásticamente al mosquito no resistente.
Pero no todo está hecho porque el experimento se realizó con ratones (Plasmodium berghei) y en el ambiente controlado del laboratorio por lo que aún hay que dar el salto a la malaria humana y a las complejas condiciones naturales. Por cierto, que los mosquitos transgénicos lucen unos bonitos ojos verdes porque, ya de paso, se les insertó otro gen que codifica una proteína fluorescente de ese color para que fuera fácil reconocerlos.
En estos momentos hay al menos media docena de grupos norteamericanos y europeos trabajando sobre mosquitos transgénicos abarcando entre otros al Aedes aegypti, que propaga el dengue y la fiebre amarilla (virus en ambos casos) y al Anopheles stephensi, responsable de la malaria en India.
Aunque hay personas que apoyan el ensayo inmediato de la técnica en condiciones reales supongo que tampoco faltarán detractores aunque no he localizado aún una oposición bien argumentada a la posible aplicación práctica. Por eso he traido este caso aquí, porque creo que puede ser un buen ejemplo donde la manipulación genética ofrece esperanzas para solucionar un enorme problema. La idea que se está gestando es hacer un proyecto piloto en un área aislada, barajándose como adecuada la isla de Santo Tomé, en el golfo de Guinea donde además ha aparecido malaria resistente a la cloroquina.
La pregunta que surge a partir de este ejemplo es evidente ¿debemos evitar los transgénicos sin matices?

Para leer más: Malaria Journal es una revista de acceso abierto.

31 marzo 2007

Redescubriendo la sopa de ajo

M. M. Tai, del St. Luke's-Roosevelt Hospital Center de Nueva York publica en Diabetes Care (17, 2: 152-154, 1994) un trabajo titulado A mathematical model for the determination of total area under glucose tolerance and other metabolic curves.
El objetivo del trabajo es "desarrollar un modelo matemático para la determinación del área total bajo las curvas de diferentes estudios metabólicos". Es decir, en la figura de abajo, se trata de determinar, por ejemplo, el área en azul delimitada por el eje de abscisas, la curva y los valores a y b sobre el mismo eje.
El autor desarrolla y propone un método (traduzco y resumo): "el área bajo la curva se calcula dividiéndola en pequeños rectángulos y triángulos cuyas áreas se calculan con exactitud mediante sus respectivas fórmulas geométricas". Luego se suman y ya tenemos el área total. Es decir, dividimos la zona azul en rectángulos "verticales" estrechitos que van desde el eje de abscisas hasta la curva. La suma de las áreas individuales es una aproximación al área total que es el problema a solucionar.

Algunos se preguntarán de qué va esto. Pues se lo digo: M.M. Tai ha logrado publicar en una revista con un factor de impacto de nada menos que 7.84 un método de integración propuesto desde más de 150 años y llamado, entre otras formas, sumas de Riemann (matemático alemán que vivió entre 1826 y 1866). El concepto es incluso anterior a Riemann aunque lleva su nombre porque fue quien definió formalmente las condiciones para la integración.
La publicación ha sido, además, un éxito porque ha recibido 75 citas en unos años.

¿Qué puede haber pasado para que un concepto perfectamente conocido sea publicado en un revista importante y además sea reconocido mediante docenas de citas por otros colegas? Fliptomato fue el que levantó la liebre en su blog An American Physics Student in England y dice que la razón puede deberse al escaso diálogo entre áreas.
Yo estoy de acuerdo en que esa incomunicación ha sido una de las causas de esta publicación pero creo que ha habido otra que, para no ser hiriente, podríamos llamar "excesiva especialización". Y es que el concepto entra dentro de la cultura general básica de cualquier científico, independientemente de su campo de actuación. El "redescubrimiento" del Sr. Tai, la aceptación del artículo por la revista y las citas de sus colegas sólo se explican por la manía de compartimentar el conocimiento en cajas demasiado estrechas.
Aparte de lo anterior, voy a aceptar que M. M. Tai fue honrado y redescubrió la sopa de ajo con independencia. Pero lo que ya me escuece un poco es que decida alcanzar la inmortalidad llamando a su método "the Tai model". Ahí le ha podido la soberbia.

Y ya puestos, les comentaré una estrategia semifraudulenta para publicar que se usa con demasiada frecuencia: X hace una estancia en Y donde se entera de una técnica Z. Sea Z, por ejemplo, un análisis estadístico conocido y usado en su campo pero no en otros. X ve la luz: vamos a poner en marcha la churrera y hacer una serie de trabajos más o menos banales donde todo gravita alrededor de Z. Eso sí, los vamos a publicar en revistas de áreas menos numéricas donde las ecuaciones diferenciales impresionan mucho. Se sorprenderían de ver como una parte no despreciable de los artículos científicos se deben y se alimentan de esta "transferencia horizontal".

Actualización:
Buscando donde está actualmente M. M. Tai, encuentro que hubo algunas reacciones a su "descubrimiento" en la propia revista. He localizado las referencias de los comentarios y las réplicas pero la revista no está digitalizada en esta parte por lo que habría que buscar las páginas en alguna biblioteca ¿alguien tiene acceso y se anima? Todo está en solo número y en tres páginas. Pongo las referencias a continuación:

Bender, R., 1994, Determination of the area under a curve. Diabetes Care, 17 (10): 1223.
Wolewer, T.M.S., 1994, Comments on Tai mathematical model - reply. Diabetes Care, 17 (10): 1223-1224.
Monaco, J.H., Anderson, R.L., 1994, Tai formula is the trapeziodal-rule - reply. Diabetes Care, 17 (10): 1224-1225.

Respuestas:
Tai, M.M., 1994, Determination of the area under a curve - reply. Diabetes Care, 17 (10): 1225-1226.
Tai, M.M. 1994, Comments on Tai mathematical model - reply. Diabetes Care, 17 (10): 1226.
Tai, M.M., 1994, Tai formula is the trapeziodal-rule - reply. Diabetes Care, 17 (10): 1226.


Propuesta (ya puestos...):
The Golem's rule (c) pa integrar en 5 sencillos pasos; material necesario: lápiz, papel, regla, tijeras (o sierra de calar, ver abajo), báscula de baño, acceso a internet (para la wikipedia) y calculadora científica (para la regla de tres). Pasos a seguir:
  1. Dibujar la curva en cuestión sobre un papel.
  2. Dibujar sobre los restos del papel un cuadrado equivalente a la unidad de superficie.
  3. Recortar ambas formas.
  4. Pesar ambas formas.
  5. Buscar "regla de tres" en la wikipedia y aplicar.
Problemas conocidos:
  • la báscula de baño no es suficientemente precisa; solución: en vez de recortar las superficies en papel hágase sobre un tablón de 5 cm de grueso.
  • el punto 5 es crítico, asegúrese de poner los términos en su sitio.

25 marzo 2007

El viaje del Nautilus

Todo el mundo sabe que Robert Edwin Peary y sus acompañantes fueron los primeros en alcanzar el Polo Norte, allá por abril de 1909. El Polo Sur le correspondió a Roald Amundsen en diciembre de 1911, mientras que Robert Falcon Scott y su equipo lo alcanzaron apenas un mes después muriendo en la vuelta.
Pero poca gente sabe que William R. Anderson capitaneó el primer equipo que alcanzó el Polo Norte por debajo de la capa de hielo que cubre el Océano Ártico.
Y es que el Nautilus existió. Fue un submarino de propulsión nuclear estadounidense con nombre USS Nautilus SSN 571. Fue botado el 21 de enero de 1954 y detuvo sus máquinas definitivamente 25 años después, en marzo de 1980. Nunca entró en combate.
La aventura comenzó el 22 de julio de 1958 en la famosa base Pearl Harbor en Hawai cuando zarpó rumbo Norte con una tripulación de 116 hombres en cumplimiento de una misión secreta llamada Sunshine. No era la primera vez: el año anterior lo habían intentado pero los hielos les cerraron el paso en las aguas poco profundas del Mar de Chukchi, al Norte del estrecho de Bering. En cierto momento pasaron entre el fondo marino y un enorme témpano flotante con apenas un par de metros de holgura lo cual fue suficiente para que Anderson ordenara dar media vuelta y esperar tiempos mejores. Estos llegaron al verano siguiente. Después de intentar meterse bajo la banquisa por el mismo lugar que el año anterior lograron llegar al mar Barrow que hoy podemos ver en directo a través de una webcam. Allí encontraron aguas profundas y avanzaron hacia su objetivo.

Batimetría del Océano Ártico, desconocida en los años del viaje. Los azules más oscuros señalan mayor profundidad (hasta 4500 m aprox.)

Finalmente, el 3 de agosto de 1958, el Nautilus llegó al Polo Norte geográfico. Un lugar sin características especiales, en medio de la nada, donde la temperatura del agua era exactamente 0 ºC y la profundidad 4089 m. La travesía en inmersión continua fue de 1830 millas, casi 3400 km, y se realizó en 96 horas. Anderson envió más adelante (las transmisiones eran imposibles sumergidos) un mensaje al jefe de Operaciones Navales en un buen ejercicio de síntesis: “Nautilus 90º Norte”.
Derrota aproximada del Nautilus en su viaje bajo la banquisa ártica

¿Por qué hubo que esperar a la propulsión nuclear para el fantasmal viaje bajo la banquisa boreal? Básicamente porque en los submarinos convencionales es necesario salir a la superficie periódicamente (o al menos sacar un snorkel) para recargar los acumuladores mediante sus motores diesel que, además, necesitan oxígeno para funcionar. Un viaje en inmersión tan largo era imposible. Los submarinos atómicos no tienen esa necesidad y además son más rápidos, algo conveniente para recorrer 3400 km sumergido. También fue necesario perfeccionar los girocompases y sistemas inerciales de navegación, avances que luego serían muy útiles en usos civiles.

En algún sitio, hace años, encontré la lista de nombres que formaban la tripulación del Nautilus. Nemo no estaba pero sí anoté a un tal Stepherd M. Jenks, oficial de derrota, que tuvo la difícil pero crítica tarea de saber dónde diablos había que ir ya que a latitudes altas la brújula no funciona y los giróscopos necesitan atención constante para no caer en lo que se llama la “ruleta de las longitudes”, una desorientación de los instrumentos que puede acabar haciendo que el submarino de continuas vueltas al Polo sin poder definir el rumbo ni la posición.

El USS Nautilus navegando en superficie

22 marzo 2007

El silencio como respuesta

En los últimos años algunas universidades británicas de reciente creación ofertan BSc (bachelor of science) en "medicinas alternativas" lo que incluye un amplio batiburrillo que va desde aromaterapia hasta Qi-gong. En la revista Nature se preguntan la razón porque, añaden, sería esperable que un BSc tuviera algo de Sc.
Por tanto, han escrito a las universidades
británicas de Westminster, Central Lancashire y Salford pidiendo una respuesta oficial sobre los motivos para considerar estas prácticas como objeto de un BSc. Todas han declinado contestar (doi:10.1038/446352a).
David Colquhoun (Departamento of Farmacología de la University College London) se pregunta la razón en un amplio comentario (doi:10.1038/446373a). Él también preguntó al rector de Westminster sin recibir respuesta. La razón que Colquhoun encuentra es clara: si los diarios y revistas ganan dinero con las columnas de astrología ¿por qué no van a ganarlo las universidades con cualquier curso que tienen demanda social? Los aspectos éticos quedan al margen debido a la presión económica que las universidades sufren en un régimen de alta competencia.

Las respuestas no llegarán nunca, de la misma forma que la Generalitat no contestará nunca a las alegaciones que se le hicieron ante "El Decreto". Detrás sólo puede haber dos cosas: sacar tajada de un negocio que mueve miles de millones y ganar votos con una política de fin de semana donde todo se mueve a golpe de encuesta callejera.
Mientras tanto, y no sé porqué me ha venido a la cabeza, recordemos que mi universidad sigue ofertando asignaturas de libre elección como Cristología,
El Dios de la Revelación Cristiana, Teología de la Revelación y Fe, Moral Fundamental... que imparte un presunto "Instituto Superior de Ciencias Religiosas". ¿He dicho ciencias? Glups...

Una duda para terminar ¿puede un licenciado en Teología Dogmática o un licenciado en Biblia (sic) impartir clases en una universidad pública española así, sin más? No lo digo con ánimo de molestar, por supuesto, sino por el pequeño detalle de que esos títulos no tienen validez académica en nuestro país.

16 marzo 2007

Una chica precoz y un resultado claro

El "toque terapéutico" o "terapia de toque", TT, es una pseudoterapia adaptada del Qi gong chino. Sí, ese mismo que la Generalitat acaba de aceptar como terapia médica "alternativa" (lean al respecto una síntesis en Estado de indefensión).
La base del TT es que el "sanador" pasa las manos sobre el cuerpo del paciente sin tocarlo pero equilibrando misteriosamente su campo energético, sea lo que sea tal cosa. No se sabe de qué va ese campo energético porque no hay aparatos para medirlo pero se supone que el practicante no sólo lo nota, detectando además sus desequilibrios, sino que es capaz de manejarlo cambiándolo hasta llegar a un estado armónico (pongan comillas a voluntad en las frases anteriores).
La historia que les cuento se menciona brevemente en "Ciencia o vudú" y me he entretenido en documentar los detalles.

En 1998, el Journal of the American Medical Association publicó un artículo titulado A Close Look at Therapeutic Touch, firmado por cuatro autores, entre ellos una tal Emily Rosa.
Les traduzco no muy atentamente (es muy tarde) los puntos clave del resumen:
  • Contexto: el toque terapéutico (Therapeutic Touch, TT) es una práctica clínica ampliamente utilizada basada en el misticismo pero para la cual se alega la existencia de una base científica. Los practicantes del TT defienden su utilidad médica usando sus manos para manejar un "campo de energía humano" perceptible sobre la piel del paciente.
  • Objetivo: Investigar si los practicantes del TT pueden realmente percibir el "campo energético"
  • Diseño: 21 practicantes del TT con experiencia entre 1 y 27 años han sido probados bajo condiciones de prueba ciega para determinar si pueden ident¡ficar correctamente bajo cual de sus manos está la del investigador. La posición de la mano del investigador se determina tirando al aire una moneda. 14 investigadores fueron sometidos a la prueba 10 veces y otros 7, 20 veces cada uno.
  • Medidas: se les preguntó a los practicantes del TT si la mano del investigador estaba bajo su mano izquierda o derecha. Por azar, los aciertos deberían ser del 50% aproximadamente. Si la TT era cierta, los aciertos deberían ser del 100%.
  • Resultados: los practicantes del TT identificaron correctamente la posición de la mano en 123 de los 280 ensayos (un 44%), lo cual está próximo a lo esperado por azar. No se encontró correlación significativa entre los aciertos y la experiencia (r=0.23).
  • Conclusiones: los 21 exprimentados prácticos del TT fueron incapaces de detectar el "campo energético" del investigador. Este fallo en la confirmación de la base esencial del TT es una evidencia no refutada de que las afirmaciones del TT no tienen fundamento y que su uso profesional no está justificado.
La responsable del estudio fue la mencionada Emily Rosa que, cuando lo hizo, era estudiante en Loveland, Colorado y tenía 9 años.

Como dijo Groucho: "Incluso un niño de cinco años podría entenderlo. ¡Que me traigan un niño de cinco años!."
Porque parece que algunos adultos no acaban de entenderlo.

Referencia:
Linda Rosa, Emily Rosa, Larry Sarner, Stephen Barrett, 1998, A Close Look at Therapeutic Touch, Journal of the American Medical Association, 279: 1005-1010.

15 marzo 2007

Pescando genomas

Nos aguardan muchas sorpresas. Un barco de vela de apenas 30 m de eslora y 6 personas de tripulación, el Sorcerer II, se da un paseo por la costa Este de Norteamérica, cruza el canal de Panamá, y llega a las islas Galápagos. Por el camino, cada 200 millas (320 km) toma muestras de microorganismos marinos. Los resultados se han publicado en varias revistas como, por ejemplo, PloS Biology, de acceso abierto (DOI:10.1371/journal.pbio.0050077) donde firman 40 autores de 12 instituciones diferentes. El titular del resumen de prensa dice ya lo suficiente:
Más de 6 millones de nuevos genes, cientos de nuevas familias de proteínas y una increíble diversidad microbiana descubiertas en la primera fase de la expedición oceánica del Sorcerer II.
La iniciativa es de J. Craig Venter, uno de los pioneros en la secuenciación del genoma humano cuando fundó Celera Genomics Group. Después creó el J. Craig Venter Institute, una institución sin ánimo de lucro que se dedica a la investigación genómica.

En una primera expedición en el mar de los Sargazos (Science, DOI: 10.1126/science.1093857) se secuenció un millón de genes y se determinaron unas 1800 especies de bacterias planctónicas de las cuales unas 150 eran nuevas para la ciencia. Actualmente se planea una expedición alrededor del mundo con el objetivo final de elaborar un “catálogo genómico” de la inmensa diversidad de microorganismos marinos. Los datos de la expedición de los Sargazos pueden descargarse libremente (uns cientos de Mb) en la página de la expedición del Sorcerer II.

Lógicamente, este trabajo no está libre de críticas y en muchos lugares se ha acusado a Venter de biopiratería o cosas peores. Estas posturas están alimentadas por las claras implicaciones éticas de algunos proyectos pasados y tal vez presentes como el de crear vida artificial mediante la construcción de un genoma mínimo, suficiente para codificar una forma de vida. ¿Cuántos genes hacen falta para eso? No muchos: Mycoplasma genitalium, una bacteria que vive en nuestro tracto urinario se arregla con sólo 517 genes, codificados con 580070 nucleótidos. No son muchos y tal vez no todos son imprescindibles. En el próximo post ampliaremos información.

Mycoplasma genitalium, su libro de instrucciones apenas tiene un par de cientos de páginas

13 marzo 2007

[Breves] Investigando para la convivencia

Como ya pasó con otra entrada, la de ayer, Investigando para la convivencia, no ha salido en su sitio en Hispaciencia. Buscaré la razón para que no se repita el problema. Accedan mediante el enlace de arriba a las líneas de investigación más prometedoras de los últimos tiempos (es un decir).

11 marzo 2007

Investigando para la convivencia

No nos engañemos, para investigar hace falta dinero y para conseguirlo hay que trabajar en temas que se consideran de interés en cada momento. Lo contrario puede hacerse porque nadie lo prohibe, pero desde la indigencia. Les comunico la buena noticia: acabo de encontrar una fuente de inspiración. Para que me orienten sobre mi futuro investigador próximo (admito sugerencias) les resumiré lo básico de media docena de líneas que supongo prometedoras visto su origen.
Viene de la DSO, Defense Sciences Office, que está en la DARPA, Defense Advanced Research Projects Agency, agencia del DoD, US Department of Defense de los EE.UU. de América, glups... Los proyectos en los que dicen que trabajan son, como mínimo, sugerentes.
  • Exosqueletons for Human Performance Augmentation, o desarrollo de exoesqueletos "plenamente integrados" para aumentar la velocidad, fuerza y resistencia de los soldados en combate.
  • Intestinal Fortitude, o programa de "fortaleza intestinal", donde se busca reducir los problemas debidos a las diarreas y otras afecciones similares en el campo de batalla.
  • PSP, Peak Soldier Performance, programa que persigue mantener a los soldados en un estado de alta eficiencia física y cognitiva en el campo de batalla. Incluye estudios sobre la fatiga muscular, tolerancia al frío y calor extremos, y alimentación especializada en situaciones de estrés extremo.
  • PSD, Preventing Sleep Deprivation, destinado al desarrollo de métodos para combatir la privación del sueño y prevenir la pérdida de eficacia asociada. Se estudian entre otras cosas fármacos y dispositivos para la "estimulación magnética transcraneal".
  • SSC, Soldier Self Care, o como un soldado herido puede tratarse a sí mismo en ausencia de personal sanitario con dos líneas de trabajo: a) eliminación del dolor sin afectar a funciones cerebrales como la conciencia o la capacidad de atención y b) sistemas de autodosificación automática de medicamentos ante heridas graves.
  • SBL, Surviving Blood Loss, donde se busca como aumentar el tiempo de supervivencia de un soldado con pérdida de sangre severa. Dos estrategias son: a) reducción de la tasa metabólica mediante administración de SH2 y b) administración de hormonas para reducir la respuesta inflamatoria.
Ya ven el panorama, si todos los programas salen adelante tendremos un soldado encerrado en una armadura tipo Puente mental, capaz de beber cualquier cosa sin tener diarrea (interesante para largas temporadas enlatado) y de tomar decisiones ajustadas en situaciones críticas incluso en bajo el calor del Kalahari o el frío de la Antártida, con un estimulador cerebral por si se cae de sueño y un amplio abanico de fármacos para el estrés. Una delicia.

10 marzo 2007

Cenizas, lava y computación en paralelo

Cuncta iacent flammis et tristi mersa favilla: nec superi vellent hoc licuisse sibi (Epigramas, libro IV, XLIV, Marco Valerio Marcial).

Según nuestro calendario actual, el 24 de agosto del año 79 se produjo la erupción explosiva del volcán Vesubio, que lanzó al aire toneladas de materiales e hizo que bajara por sus laderas un flujo piroclástico mortal. Arrasó Pompeya, Herculano, Stabia y otros pueblos menores. Entre las víctimas estuvo Cayo Plinio Segundo, llamado el Viejo, el autor de la Historia Natural. Plinio el Viejo, movido por su curiosidad sin límites, se acercó al lugar para observar el fenómeno, lo que le costó la vida.

Imagen del Vesubio y la bahía de Nápoles tomada el 15 de abril de 1994 con el radar de apertura sintética SIR-C/X-SAR desde el transbordador espacial Endeavour (página de la NASA aquí).

La historia de estas ciudades y de su final es conocida pero la tragedia sigue ejerciendo un extraña atracción. Películas, novelas... El último capítulo está escrito por Augusto Neri y colegas, que acaban de publicar en Geophysical Research Letters un trabajo titulado "4D simulation of explosive eruption dynamics at Vesuvius".
En él, modelan la erupción del Vesubio y el resultado no puede ser más sugestivo y espectacular.
GRL permite el acceso al trabajo y a los videos a través del enlace anterior. Dicen Neri et al. (1):
We applied a new simulation model, based on multiphase transport laws, to describe the 4D (3D spatial coordinates plus time) dynamics of explosive eruptions. Numerical experiments, carried out on a parallel supercomputer, describe the collapse of the volcanic eruption column and the propagation of pyroclastic density currents (PDCs), for selected medium scale (sub-Plinian) eruptive scenarios at Vesuvius, Italy.
Para las simulaciones han utilizado el supercomputador IBM p5-575 del consorcio CINECA formado por 28 universidades italianas. El aparato tiene 512 procesadores y 1.2 Tb de RAM lo que le permite alcanzar 3.89 Tflops (flops es el acrónimo de floating point operations per second, es decir, operaciones con números reales). Todo esto era probablemente necesario dado que los autores comentan que fueron necesarias 14 h de proceso para cada segundo de animación.
Los videos son grandes; caso de elegir yo les recomiendo este, de algo más de 11 Mb, en formato mpg y que dura 24 segundos. Les pongo abajo una instantánea del mismo para que vayan poniéndose en situación.


Las erupciones del Vesubio se han repetido en numerosas ocasiones. La última fue en 1944, en plena Guerra Mundial. Suele decirse que dicha erupción dañó gravemente a un escuadrón de bombarderos norteamericanos B-25 pero sin dejar claro que no estaban en vuelo sino en tierra ya que habían ocupado la zona en septiembre del año anterior. Los daños fueron provocados por a acumulación de cenizas y lapilli sobre ellos.

Bombardero cubierto de lapilli en la erupción de 1944 (tomada de aquí)

Que el volcán siga activo y que vivir a su lado sea un riesgo evidente no ha sido obstáculo para que Nápoles, con casi un millón de habitantes haya crecido a pocos km de su cráter. Una de tantas demostraciones del sinsentido de nuestras conductas.
A pesar de su fama, el Vesubio ha producido por el momento muchas menos víctimas que el tsunami del 26 de diciembre de 2004 en el Océano Índico. En Teaching Geoscience with Visualizations tienen varias animaciones e imágenes que reconstruyen esta reciente tragedia.

(1)
Neri, A.
, T. Esposti Ongaro, G. Menconi, M. De'Michieli Vitturi, C. Cavazzoni, G. Erbacci, and P. J. Baxter
(2007), 4D simulation of explosive eruption dynamics at Vesuvius, Geophys. Res. Lett., 34, L04309, DOI:10.1029/2006GL028597.

09 marzo 2007

Redes en la Red

El programa Redes de Eduard Punset debe ser bueno porque lo ponen por La 2 a la 1:30 de la madrugada, no sea que alguien lo vea. Buscando por la red he encontrado un lugar donde es posible descargar los programas con eMule o cualquier otro cliente ed2k: Redes Eduard Punset TV2.
Ya puestos, recuerdo que tiene un blog donde no se prodiga demasiado y donde, sólo en mi opinión, tiende a caer en la elucubración pero que debe seguirse porque es una invitación a la reflexión sobre temas difíciles.
Y, aunque sea repetirme, recordemos los podcasts de otros dos programas de divulgación científica, en este caso de Radio Nacional de España: El sueño de Arquímedes (RNE1, domingos de 15 a 16 h) y Vanguardia de la Ciencia (Radio Exterior de España).

08 marzo 2007

[Breves] Un problema de fechas

Cuando los científicos emulan la conducta de Fox Mulder. Esta entrada titulada Necesito creer ha aparecido con la fecha cambiada (cosas del Blogger) y se pierde irremisiblemente en el infierno de los feeds olvidados. Pongo aquí su referencia para traerla de nuevo al tiempo presente pidiendo disculpas por las posibles duplicaciones.

06 marzo 2007

Necesito creer

A casi todos les sonará el texto del poster del despacho de Fox Mulder, el agente de Expediente X, y que se ha hecho popular desde entonces en las discusiones entre los capuleto y los montesco de los ovnis, paraciencias y psicocosas en general...

Lo que me lleva hoy a mencionar este cartel es que la actitud de Mulder también aparece en los ámbitos cientificos. El ejemplo que tenía en la fresquera está, además, en el ámbito de la "ciencia dura" por antonomasia: la física.
¿Se acuerdan de la fusión fría? La historia está relatada en muchos sitios pero para reducirles la tarea les hago un relato muy breve y con algo de información alternativa:
El 23 de marzo de 1989 se convocó una conferencia de prensa en la Universidad de Utah. Se anuncia que Martin Fleischmann y Stanley Pons, ambos químicos, habían logrado poner en marcha un proceso que se llamó después "fusión fría" y que generaría energía de forma ilimitada y sin apenas coste.
La noticia, lógicamente, fue acogida por la prensa con rapidez. Por ejemplo, The Wall Street Journal la publicó al día siguiente bajo el título ¿Domesticando las bombas H?:
Taming H-Bombs? Two Scientists Claim Breakthrough in Quest For Fusion Energy.
Ni Pons ni Fleischmann era unos indocumentados o unos iluminados detrás del móvil perpetuo sino que acumulaban una excelente trayectoria investigadora. Ambos habían publicado en los años anteriores a razón de una docena de artículos por año (o más en el caso de Fleischmann). Aunque sus últimos trabajos se publicaron en 1994, Pons acumuló más de cien artículos con más de 3000 citas en conjunto y Fleischmann más de 200 con 9000 citas. gente, por tanto, a la que había que prestar atención.
El trabajo principal, de apenas 7 páginas, fue publicado poco después, el 10 de abril de 1989, en el Journal of Electroanalytical Chemistry con el título "Electrochemically induced nuclear-fusion of deuterium" y ha acumulado 694 citas hasta ahora. Como dato anecdótico, en el texto no aparece la expresión "cold fusion".
En los meses siguientes se desató un comprensible entusiasmo por el hallazgo: en una cubeta con agua pesada y un par de electrodos, uno de ellos de paladio, era posible replicar la fusión nuclear de la que ya hemos hablado en este blog (1 y 2), con una "pequeña" diferencia: funcionaba a temperatura y presión normales (en vez de unos 100-150 millones de grados).
Lógicamente, muchos grupos intentaron replicar los resultados. Tras un tiempo de dudas y resultados contradictorios o ambiguos no pudo establecerse la existencia de la fusión fría.
Estábamos en un caso donde se afirmaban resultados extraordinarios: la prueba debía ser igualmente clara. Y no pudo ser.

La evolución del número de artículos sobre fusión fría en las revistas científicas fue a imagen y semejanza de los artículos en el The Wall Street Journal, el diario que abanderó la causa desde el principio: en el 89 este periódico publicó 54 artículos sobre el tema, 22 en el 90, 7 en el 91, 13 en el 92, 5 en el 93, 4 en el 94, 3 en el 95, 2 en el 96... y se acabó. El tema estaba muerto.

Y aquí surgió el síndrome "I_want_to_believe" y, a pesar del descrédito sufrido, un grupo de gente ha seguido adicto al tema y ha organizado lo que se parece mucho a una secta dentro de la ciencia: publican sus trabajos en revistas propias y organizan congresos específicos como la serie de International Conferences on Condensed Matter Nuclear Science.

Siempre desde el burladero y consciente de que no soy físico y de que mi comprensión de todo esto es muy superficial, no puedo dejar de pensar en las similitudes entre este panorama y algunas variantes de las pseudociencias. De la necesidad de creer en algo que, tras dos décadas de trabajos, no ha avanzado en nada sustancial. Del poder del autoconvencimiento que hace que uno de los más recientes adeptos diga:
"No puedo creer que los extraordinarios hallazgos de cientos de investigadores sean producto de su imaginación o fraude" (Ludwik Kowalski).
La ilusión es, en efecto, persistente y de vez en cuando reaparece con fuerza. En el año 2002, Rusi Taleyarkhan, físico en el Oak Ridge National Laboratory, y 5 coautores publicaron un artículo en Science titulado "Evidence for Nuclear Emissions During Acoustic Cavitation" (DOI: 10.1126/science.1067589). El editor resumía:
Taleyarkhan et al. (Research Articles, 8 March 2002, p. 1868), reporting results of cavitation experiments with deuterated acetone, presented evidence of nuclear emissions that they held were consistent with deuterium-deuterium (D-D) fusion reactions.
Las críticas surgieron y fueron duras (1) pero a pesar de la controversia, Taleyarkhan publicó otros dos artículos en revistas de alto impacto dando más detalles sobre el proceso. Incluso, como en los episodios de Expediente X, intervino una exótica pero real agencia gubernamental: la U.S. Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) financió un programa llamado Sonofusion para intentar replicar los experimentos de Taleyarkhan. En los años siguientes volvió a producirse un intenso debate que, lamentablemente, acabó como el primero: no hay evidencia de fusión fría y algunos efectos observados por Taleyarkhan se explican por mecanismos físicos conocidos.

Pero como I_want_to_believe, el nuevo fracaso no será impedimento para que del 25 de junio al 1 de julio de este año se celebre el ICCF13 en Dagomys (Rusia) donde se presentarán, una vez más, los últimos hallazgos y avances sobre el tema.
Esos hallazgos no encontrarán salida en las revistas cientificas. Acordes con el síndrome, los autores no aceptarán que la causa del rechazo sea que no hay evidencia sino la existencia de una conspiración para reducirles al silencio. A pesar del ejemplo de Science y Taleyarkhan.

(1) "The experimental evidence cited by Taleyarkhan et al. for D-D fusion rests on three basic observations: excess tritium, excess neutrons, and coincidences between neutrons and sonoluminescence light. As we have detailed here, however, the study presented significant internal inconsistencies in the measurements of neutron singles and neutron/SL coincidences, as well as a very large quantitative mismatch between the tritium and neutron data. These inconsistencies cast serious doubt on the claimed evidence for D-D fusion in these experiments."

P.D.: el comentario de Athanasius me recordó que Donald Kennedy explicó en un editorial las razones de haber accedido a publicar el trabajo de Taleyarkan y colegas, dando detalles sobre el debate que se desató y que normalmente no trasciende al público que lee la revista. He puesto ese sabroso editorial aquí.

04 marzo 2007

¿Demoliendo "papers"?

"Este libro nos enseña que todo es posible si está suficientemente demostrado en un paper científico". De la reseña de la Editorial Siglo XXI.

Pues no. Pero empecemos por el principio. He conocido una colección nueva de libros titulada "Ciencia que ladra..." editada por Siglo Veintiuno en Argentina. Son libros pequeños, de 100 a 150 páginas que tratan temas diversos. El que aquí nos ocupa se titula "Demoliendo papers. La trastienda de las publicaciones científicas".
Su estructura es más simple que sus intenciones: una breve introducción del compilador, Diego Golombek (Dr. en Biología), un prólogo titulado "Sobre el nacimiento, el desarrollo y la demolición de los papers" de Pablo Kremer (sociólogo) y 16 "artículos científicos" deliberadamente delirantes con títulos como "Criterio válido para la clasificación de los sándwiches de miga" o "El ADN se autorreplica, gracias a Dios".

A pesar de la reseña de la editorial que menciono arriba, la verdad es que no sé bien qué se pretende (de)mostrar en el libro. De la contraportada, introducción y prólogo se deducen ideas no muy coherentes. Por un lado, de la introducción supondríamos que sólo se pretende que los científicos se rían de sí mismos poniendo en forma de "paper" supuestos experimentos absurdos. Hasta ahí sin problema, los trabajos son divertidos aunque puesto a elegir me quedo con el insuperable The Teleplastic Inquirer. Hay, sin embargo, una afirmación con la que no estoy de acuerdo:
"El paper, casi por definicion, está escrito en difícil, una curiosa jerga técnica de acceso a unos pocos iniciados".
Ya que él generaliza, lo haré yo también para disentir: en el paper, casi por definición, se usa una gramática simple y un vocabulario sobrio, lo que hace que el texto sea normalmente muy fácil de seguir. Esto es aplicable a las ciencias experimentales sin excepciones significativas. Otra cosa es que los conceptos sean avanzados o especializados, lo que exige una formación previa, pero de ahí a hablar de "curiosa jerga" e "iniciados" hay un abismo. Por poner un ejemplo, les copio el resumen de un trabajo pillado al azar y titulado "Halwaxiids and the Early Evolution of the Lophotrochozoans" (casi ná):
"Halkieriids and wiwaxiids are cosmopolitan sclerite-bearing metazoans from the Lower and Middle Cambrian. Although they have similar scleritomes, their phylogenetic position is contested. A new scleritomous fossil from the Burgess Shale has the prominent anterior shell of the halkieriids but also bears wiwaxiid-like sclerites. This new fossil defines the monophyletic halwaxiids and indicates that they have a key place in early lophotrochozoan history"
La mayoría de ustedes entenderán más o menos lo mismo que yo de la esencia del trabajo. Pero de ahí no se deduce que los que lo entiendan deban ser "iniciados" o que esté escrito "en dificil". Al contrario, el resumen es un magnífico ejercicio de concisión y precisión, la sintaxis es minimalista y las formas verbales se limitan al presente. Y si no entendemos qué es un "scleritome" (1) es porque nuestra formación es otra pero me resisto a equiparar "científico" a "iniciado" porque la formación científica está al alcance de todos y no hay nada oculto en el camino para alcanzarla salvo trabajo.
Disiento también de un texto en la contraportada, que creo es conceptualmente erróneo:
"En 'Demoliendo papers' un grupo de estudiantes y científicos demuestran las más disparatadas hipótesis cumpliendo con los preceptos fundamentales de las publicaciones científicas".
Lo cual no es cierto: los trabajos del libro, divertidos y chiflados, no demuestran nada porque sólo cumplen con los "preceptos" formalmente y de forma muy banal (la estructura del paper) pero incumplen flagrantemente la lógica y caen el errores básicos de método.
Más grave por sus implicaciones es la frase en la reseña mencionada arriba:
"Este libro nos enseña que todo es posible si está suficientemente demostrado en un paper científico".
Esta frase es aparentemente una carga de profundidad pero la considero absurda en su propia concepción: precisamente la necesidad de demostración de los hechos nos llevan a concluir que no todo es posible, que hay leyes y regularidades en el comportamiento de las cosas. Los papers contribuyen precisamente a acotar los terrenos de lo real y de lo imaginario.

Por su parte, el prólogo de Kreimer no aclara nada y consiste en una secuencia de ideas de las que no he conseguido sacar gran cosa en limpio. Parece que intenta convencernos de que el paper no es el conocimiento ni la ciencia porque "oculta muchas más cosas de las que muestra". Lo cual a mí me parece obvio porque los artículos son sólo una de las formas de comunicar métodos y resultados, de hacer ciencia. Pero pasemos a comentar las cosas que según Kreimer se ocultan (lo cual parece ser un problema):
  • "Un paper muestra el éxito y esconde el fracaso: cuando se redacta el artículo ningún científico describe todos los procesos que tuvo que desarrollar para llegar a la redacción final."
Com.: Lo contrario sería confundir un paper con "mi querido diario". Para una exposición exhaustiva de los procesos están las libretas de laboratorio que, en ocasiones, han sido utilizadas incluso como prueba en juicios. Los papers son documentos sintéticos de métodos y resultados de investigaciones.
  • "Un paper oculta todo [el] "conocimiento tácito", es decir, un montón de aspectos que tienen que ver con la práctica de la investigación: la destreza del experimentador, la cultura y el lenguaje propios del grupo de investigación, los lugares donde se hizo, los procesos de aprendizaje..."
Com.: Bueno, si hubiera que poner todo eso cada paper se convertiría en un culebrón de media tarde y habría que publicarlo en fascículos. Ya en serio, los artículos incluirán los aspectos que son relevantes para entender y replicar el trabajo, no los accesorios. La idea es que los lugares donde ese hizo el trabajo estarán citados si aportan información relevante y no lo estarán si no la aportan. Lo mismo es aplicable al resto de aspectos: no es razonable convertir un artículo en una especie de recreación del contexto personal, científico y sociológico del grupo de investigación (aunque no perderé de vista usar Second Life para construir un escenario de metadatos :-)
  • "Un paper también oculta el papel que los autores desempeñan en un campo científico de relaciones sociales."
Com.: ¿Y qué? Los artículos se leen por su contenido, no para preparar guiones de programas rosa. Incluso si quieres saber más de los autores (profesionalmente hablando) hay herramientas eficacísimas y más pertinentes que contar tu vida y milagros en el artículo.
  • "Finalmente, un paper oculta el interés de los autores por legitimarse, por contar en su curriculum con una publicación más que pueda hacer valer ante sus pares..."
Com.: Hacer caso de este "problema" supondría convertir, de nuevo, los artículos en un diario o en algo peor ("me acuso, padre, de querer publicar para obtener prestigio...", "no te preocupes, hijo, es sólo un pecado de soberbia..."). Esencialmente, todos publicamos por los mismos motivos y no es esperable sorpresa alguna en ese proceso. ¿Hay que contarlo en los trabajos? No creo.

Al final, no entiendo bien a dónde quiere llegar don Pablo con estos supuestos problemas a no ser que su profesión de sociólogo le lleve a no conocer la naturaleza y objetivos de los artículos en ciencias experimentales. Aún así los trabajos que vienen después son divertidos y pueden leerse a ratos perdidos.
Eso sí, no esperen más del libro: ni es demoledor, ni rompe nada de lo establecido, ni propone alternativas a los vicios y defectos del sistema actual, ni nos enseña la trastienda de las publicaciones. Otra vez será.


(1) Incidentalmente: he buscado el origen del término scleritome y parece haber sido propuesto por primera vez por Stefan Bengtson (Taxonomy of Disarticulated Fossils, Journal of Paleontology, 59 : 1350-1358, 1985) y hace referencia al conjunto de placas de revestimiento de los artrópodos.

28 febrero 2007

El "efecto dibu"

O cuando se unen poder y miseria

¿Se acuerdan de la película "¿Quién engañó a Roger Rabbit"? Argumento aparte, en ella se muestra que los "dibus" tienen un punto flaco. Esa debilidad está a punto de costarle la vida al conejo protagonista en el bar donde el detective Eddie Valiant intenta ocultarlo para que el juez Doom y sus comadrejas no lo capturen. Los dibus salen a bailar cuando suena la música, no pueden evitarlo, es superior a sus fuerzas.
Lamentablemente, el "efecto dibu" no se limita al mundo imaginario de Roger y Jessica Rabbit sino que hay versiones más humanas y bastante más siniestras. El "efecto dibu" afecta a una serie de personajes a los que, de repente, se les regala una dosis de poder. A veces un poder efímero, que sólo dura unas horas, pero que les permite decidir sobre el presente y el futuro de las personas que tienen a su alcance. Los más sensibles son personajes acomplejados y miserables, lo que permite que se desate el maleficio del "efecto dibu": la sensación de poder es demasiado fuerte, hay que salir a bailar.


Así se da que auténticos indocumentados científicos que han llegado a los tribunales por motivos incomprensibles, con currículos ridículos, abusan de su efímero poder subidos a su pedestal de barro.
Así se da que profesores a los que todos ignoran se resarcen convirtiendo sus asignaturas en una hermética carrera de obstáculos cuyo efecto es romper voluntades y crear desesperación en aquellos que no esperaban encontrarse eso en una universidad.

A veces el tiempo pone a cada cual en su sitio pero no siempre. Ni siquiera frecuentemente.
Pero bueno, aquí tienen una excepción relativa a una universidad y aquí otra en el ámbito del CSIC. En este último caso está disponible toda la documentación, desde el texto del recurso hasta la resolución escaneada página a página (p1, p2, p3, p4, p5, p6, p7).
El poder es como el Golem, que acaba destruyendo al que abusa de su fuerza. Sólo que muchas veces deja otras víctimas en las cunetas del camino.
Vamos, sal a bailar, que todos te miran. Ya volverás luego a la miseria que es tu vida.

26 febrero 2007

Nunca te acostarás sin saber una cosa más

O tres por el precio de una. Las cursivas son mías.
  • Donde me entero por fin de por qué la teoría de la evolución no es científicamente válida.
La teoría de la evolución defiende que la vida apareció en la Tierra como resultado de la casualidad, y que surgió por sí misma a partir de condiciones naturales. Esta teoría no es una ley científica ni un hecho demostrado. Debajo de su fachada científica, es una visión materialista del mundo que los darvinistas intentan imponer a la sociedad. Las bases de esta teoría, que han sido refutadas por la ciencia en todos sus campos, son sugestiones y métodos de propaganda que consisten en engaños, falsedad, contradicciones, trampas y trucos.
La teoría de la evolución se presentó como una hipótesis imaginaria en el contexto del entendimiento científico primitivo del siglo XIX, y hasta el día de hoy no ha habido ningún descubrimiento o experimento científico que la respalde. Al contrario: todos los métodos empleados para confirmar la teoría no han hecho más que demostrar su invalidez.
De "El colapso de la teoría de la evolución en 20 preguntas"

  • Donde me entero por fin de qué tienen en común los dictadores sanguinarios.
El siglo XX, que recién dejamos atrás, fue un siglo de guerras y conflictos que condujeron a sufrimientos, desastres, violaciones, pobreza y enormes destrucciones. Millones de personas fueron asesinadas, masacradas, abandonadas al hambre y a la muerte, desprovistas de viviendas, refugios, protección o apoyo. Y todo ello para nada, pues fue hecho en el nombre de ideologías descarriadas. Millones de personas quedaron expuestas a un trato inhumano que ni siquiera es admisible en los animales. Prácticamente, en todas las ocasiones esos sufrimientos y desastres llevaron las firmas de los déspotas y asesinos involucrados: Stalin, Lenin, Trotsky, Mao, Pol Pot, Hitler, Mussolini, Franco… [...]
[...] A primera vista esa fuente [de donde se han nutrido los anteriores] ha pasado siempre desapercibida, entre bastidores, y siempre ha exhibido el rostro de "inocente". Esa fuente es la filosofía materialista y el DARWINISMO, expresión de dicha filosofía en el campo de la naturaleza.
De "Los desastres producidos por el darwinismo a la humanidad".

  • Donde me entero por fin de que la ciencia desaprueba el materialismo y apoya el creacionismo.
Como una cuestión de hecho, las ideas materialistas de todo tipo, siendo las de Marx las principales, han colapsado totalmente debido a que la teoría de la evolución --que en realidad es un dogma del siglo XIX sobre el que se apoya el materialismo--, ha quedado absolutamente invalidada por medio de los descubrimientos de la ciencia moderna, la cual ha desaprobado y continúa desaprobando las hipótesis materialistas que no reconocen más que la materia, en tanto que demuestra que todo lo existente es el producto de lo creado por un ser superior.
De "El engaño del evolucionismo"

Y es que Harun Yahya, sea quien sea, nos trasmite su sabiduría y su prodigiosa capacidad de argumentación y raciocinio libro tras libro [ironía off]. Los anteriores son descargables en su página web aunque me sigue pareciendo mucho mejor "Una noche en la ópera".
Este personaje es el que firma el "Atlas de la Creación" glosado en Evolutionibus, Proyecto Darwin, Magonia, Paleofreak, Evolucionarios... como una joya de la manipulación, aunque leídos los fragmentos que les he puesto arriba convendrán conmigo que el público de don Harun no va a estar entre los que tienen algo de formación científica o histórica.
¿Por qué comentar a este personaje después de todo lo escrito en los blogs? Pues sólo para hacer público que hace un tiempo que tomé una decisión: no se someten a debate ciertos temas.
Un ejemplo ¿se pondrían ustedes a discutir sobre si la Tierra está o no sujeta por una columna de tortugas encima de un elefante? Yo no.
Por idéntico motivo me niego a hablar de media docena de cosas porque ya no está uno para hacer tonterías y el tiempo escasea. A saber:
  • la teoría de la evolución
  • la planeidad de la Tierra
  • la eficacia de la homeopatía
  • la existencia del Monstruo Spaghetti Volador
  • el sex-appeal de Lauren Bacall
  • el móvil perpetuo de segunda especie
¿Fundamentalismo científico? Vale. Viviré con ese baldón.

25 febrero 2007

De especies en extinción y artesanos de la biología

Se conocen aproximadamente 1.4 millones de especies de organismos vivos (obviaremos aquí el debate sobre qué significa “especie”). Se estima que esta cifra representa el 15% del número real y algunas otras estimaciones lo sitúan en apenas un 2%. Peter H. Raven y Edward O. Wilson comentaron hace ya 15 años algunos datos al respecto [DOI: 10.1126/science.258.5085.1099]; los comentarios entre paréntesis son míos:
  • En la década de los 80 fueron descubiertas tres nuevas familias de plantas con flores en Centroamérica.
  • El filum animal más reciente (Loricifera) fue descrito en 1983 (recordemos que filum representa un nivel taxonómico muy alto, como los Cordados, Artrópodos o Moluscos y que se basa en diseños anatómicos exclusivos).
  • La gran mayoría de los insectos del dosel arbóreo tropical, probablemente más del 90% en algunos grupos, aún es desconocido.
  • Se han descrito unas 69000 especies de hongos pero se estima que hay un mínimo de 1.5 millones.
  • Los microbiólogos reconocen unas 4000 especies de bacterias pero se supone que son sólo una ínfima parte de la realidad. Un gramo de suelo en un bosque puede contener 4000-5000 especies pero cuyas condiciones de cultivo se desconocen; lo mismo ocurre en un gramo de sedimento marino, sólo que las especies son diferentes.

Pliciloricus enigmatus, una de las especies del nuevo filum Loricifera

Estos datos están desfasados por la fecha de publicación. Por ejemplo, desde entonces se han descubierto dos nuevos filum: Cycliophora y Micrognathozoa. La situación general, sin embargo, no ha cambiado: el progreso hacia el conocimiento de la prodigiosa biodiversidad de la Tierra ha sido y es muy lento. En ese artículo Raven y Wilson urgían a reforzar el inventario de especies, el 80% de las cuales está en los trópicos, las zonas más afectadas hoy por la destrucción de habitats.

Podríamos suponer que no es mal momento para ello. “Biodiversidad” es la palabra de moda (en dura competición con eso del “desarrollo sostenible”) y cabría esperar recursos e iniciativas para su estudio. Pero no es exactamente así. La biodiversidad se ha convertido en un concepto propagandístico que sólo se financia cuando es titular de la prensa. Pero bueno, ya me voy por las ramas, volvamos al tema.

Las especies se descubren cuando un especialista las encuentra, analiza, compara con lo ya conocido… y las describe siguiendo un protocolo bien establecido. Deben guardarse varios ejemplares incluyendo aquel en el que se ha basado la descripción y que se denomina holotipo. Esos ejemplares residen físicamente en colecciones de esas que parecen decimonónicas: cajones y archivadores llenos de carcasas de insectos, pliegos de herbario con plantas secas entre sus hojas… Estas colecciones atesoran millones de especímenes (por ejemplo, un millón en el RJB, 6 millones en el MOBOT) que pueden ser pedidos, prestados y estudiados por especialistas de todo el mundo. En algún lugar hay pliegos con especies ya extintas, o variedades de plantas antes cultivadas y ahora ya olvidadas. Un tesoro de diversidad genética y de información de primera mano.

Holotipo de Carduus modestii Tamamsch recolectado en Ulan-Bator, Mongolia, en 1927, actualmente depositado en el Missouri Botanical Garden (pinche aquí para verlo en alta resolución, 1.8 Mb).

Etiquetas del ejemplar anterior, obsérvese la llamada de atención: Typus!

Pero esa es la parte menos popular de la taxonomia y, curiosamente, los fondos no van a ampliar las colecciones. Scott Miller comenta:

“It is ironic that, just as the U.S. National Science Foundation increases funding for biodiversity research, many states are threatening to discontinue support for their collections”

En Challenges and opportunities in understanding and utilisation of African insect diversity (Miller, S.E, and and Rogo, L.M., 2001, Cimbebasia, 17:197-218) da alguna razón práctica para ello:

“Yet, there is urgent need for basic information on insect diversity for pest management related to plant, livestock and human health, as well as conservation and environmental management.”

¿Qué pasa? ¿Dónde está realmente el estudio de la biodiversidad?
Peter Raven y Edward Wilson vuelven a la carga años después y, con Quentin D. Wheeler, dicen que los fondos que nominalmente están destinados a la taxonomía se dedican de forma mayoritaria a análisis de ADN y a la construcción de filogenias moleculares. Mientras tanto, insisten, cientos de especies están amenazadas de extinción. Y su conocimiento se detiene, añado yo.

En mi opinión de no-especialista en nada, es un problema de sexy-science: hoy molan las filogenias moleculares pero no el trabajo de campo. Las primeras forman parte de la “gran ciencia”, se trabaja a cubierto, los aparatos generan miles de resultados baratos que son fácilmente publicables. La taxonomía de campo es, en cambio, enormemente trabajosa, cara, necesita un largo aprendizaje y no se publica en revistas de alto impacto sino en tediosas monografías, revisiones, floras y faunas. ¿Quién eligiría la segunda vía?

Las puertas del ADN se abrieron y surgió una ola que dejó a los taxónomos sin fondos y sin espectativas. Como en tantas otras cosas, lo nuevo barrió lo clásico cuando, en realidad, el auténtico conocimiento, la comprensión de la realidad está aún en el campo. Rematan Wheeler y compañía:

“The need for this research has been masked, because molecular researchers could draw on centuries of banked morphology knowledge. That knowledge, however, is limited to a fraction of Earth’s species and will very soon be exhausted. Fashionable DNA bar-coding methods are a breakthrough for identification, but they will not supplant the need to formulate and rigorously test species hypotheses.”

Una noticia relacionada se reseña en el blog de Evolutionibus: una iniciativa que diseña “códigos de barras” genéticos para diferenciar las especies entre sí. Aparte de la idea, interesante, los tests para comprobar la bondad de la identificación de especies están basados, cómo no, en las especies descritas previa y convencionalmente. La presentación del proyecto, llamado The Barcode of Life Data System puede encontrarse en este PDF. Se trata, por tanto, de un proyecto de diagnóstico pero no de descubrimiento o de comprensión, entre otras cosas porque se basa sólo en la secuencia de unos cientos de nucleótidos de un único gen de ADN ribosómico. Por cierto que usan la taxonomía como comodín de una forma curiosa: si su test es conforme a las especies definidas con los métodos estándar es que funciona. Y si no funciona echan la culpa a la taxonomía convencional que no ha conseguido separar esas “especies ocultas”. Así cualquiera.

Para finalizar: ¿saldrá el especialista en ADN a las selvas de Bolivia a buscar nuevas especies o a entender mejor las relaciones a nivel de comunidad? No porque no es su papel pero tampoco deberíamos perder de vista que el taxónomo se convierte en una variedad en peligro de extinción y la pérdida de especies avanza a pasos de gigante.



P.S. Pueden ver un buen post sobre los nuevos filum en Diario de un copépodo

22 febrero 2007

Cómo se hizo "A los musgos se los lleva el viento" (y, por fin, 5)

La técnica definitiva para obtener resultados completamente independientes de los anteriores fue una combinación de escalamiento multidimensional (MDS, multidimensional scaling en guiri) y análisis de Procrustes (la Wikipedia nunca dejará de sorprenderme).
En una explicación casera pero comprensible, el MDS toma una matriz de distancias (o similitudes) y construye un mapa en un espacio n-dimensional de forma que a cada objeto en la matriz se le asigna una localización que respete al máximo el conjunto de distancias originales.
Un ejemplo simple: abajo tienen las distancias entre cinco ciudades españolas. El MDS les asigna las coordenadas de la derecha que, en este caso, permiten representarlas en un plano.

Que el espacio de representación sea de dos dimensiones o más depende de las relaciones entre los objetos y de su número. Lógicamente, deben usarse las dimensiones necesarias para que la fidelidad con la que el “mapa” representa la matriz sea suficiente lo cual se decide a través de los estadísticos pertinentes. El aspecto de este mapa es el siguiente:
La representación en este espacio común no tiene porqué coincidir con la del espacio geográfico aunque en este caso no se diferencia demasiado.

Lo que hicimos en nuestro trabajo fue someter a esta técnica la totalidad de matrices de similitud florística, conectividad por vientos, etc. Como resultado obtuvimos los correspondientes mapas que, en este caso, algo más complejo, son tridimensionales. El MDS se aplicó mediante el algoritmo PROXSCAL desarrollado en la Universidad de Leiden. Si alguien quiere ver los entresijos del método puede descargar este PDF. PROXSCAL estaba incluido en la versión 11.5 de SPSS de la que disponíamos de licencia campus.
Vale, ya hemos conseguido una tonelada más de ficheros con coordenadas ¿y ahora qué?

El uso del MDS se debió a que habíamos encontrado una técnica idónea para comparar el ajuste entre los distintos mapas obtenidos. Esta técnica, llamada transformación de Procrustes, superpone dos mapas e intenta, mediante giros, traslaciones y cambios de escala, ajustarlos lo mejor posible. Siguiendo con el ejemplo de las ciudades, supongamos que hemos hecho otra matriz pero de tiempos de acceso en vez de distancias. La sometemos al MDS y luego las superponemos en un espacio común rotando, escalando y desplazando la segunda sobre la primera hasta reducir al mínimo los desajustes. El resultado gráfico sería algo así como lo siguiente:

Donde los vectores de color naranja son los errores del ajuste (normalmente el ajuste no es perfecto). Estos vectores o residuos nos permiten calcular un estadístico que nos expresa el éxito de la operación y que puede usarse como estimadores del grado de asociación entre las matrices que dieron origen a los mapas.

Podrán suponer lo que sigue: la transformación de Procrustes se aplicó a todos los pares de mapas de similitud florística con la conectividad máxima, distancia geográfica y tiempos de separación geológica. Y los resultados del proceso fueron los valores de ajuste entre las matrices así como su significación estadística. Como en el caso de PopTools, tuvimos la suerte de que hay gente generosa por ahí afuera y los análisis fueron realizados con un programita llamado PROTEST gracias a que Donald A. Jackson tuvo a bien ponerlo en internet a libre disposición. PROTEST no sólo realiza la transformación y calcula el ajuste sino que nos da la significación del mismo mediante técnicas de aleatorización. El resultado es un estadístico de ajuste llamado m2 y su valor de significación P.
La significación estadística se expresa mediante valores de P, un símbolo que representa la probabilidad de que los ajustes observados se deban al azar, es decir, no reflejen relaciones reales entre las matrices originales. Por tanto, si P es pequeño nos ponemos muy contentos. Echemos por fin un vistazo a los resultados finales. Recuerden que estamos comparando entre hipótesis: el que tenga el menor valor de P gana.


Los resultados pueden resumirse de la forma siguiente: la hipótesis de la dispersión a larga distancia por el viento muestra unos valores de ajuste extremadamente significativos y siempre mucho más elevados que las hipótesis alternativas. Sólo en el caso de los helechos la distancia geográfica tiene una significación estadística equivalente.
La vicarianza aparece como una hipótesis claramente insuficiente para explicar la similitud actual de los tres primeros grupos taxonómicos estudiados. No hemos podido incluir a los helechos en este análisis. El motivo es que el número de localidades que pertenecieron a Gondwana y donde este grupo está presente en la actualidad es muy reducido, ya que por motivos climáticos no crecen en la Antártida ni en las islas subantárticas. Al no poder incluir estas localidades en los análisis, el tamaño de la muestra se reduce excesivamente. Insistiremos aquí en que una parte de las islas actuales es de origen volcánico y relativamente reciente, por lo que la vicarianza en versión "dura" nunca podría explicar la presencia de las especies en la actualidad: estas islas nunca formaron parte de Gondwana.
La hipótesis geodésica, basada en la distancia actual, se ajusta bien sólo en el caso de los helechos. En el resto, la significación estadística es siempre mucho peor que la correspondiente a la dispersión eólica.
Como conclusión, los análisis aportan una evidencia sólida a favor de la dispersión eólica a larga distancia como factor determinante de la similitud florística en los grupos que hemos analizado. Paralelamente, se muestra que la vicarianza no es un mecanismo que explique la presencia o ausencia de las especies actuales, aunque tal vez pueda serlo a niveles taxonómicos más generales. Y además, todo se hace con datos objetivos, públicos e independientes.

Una cosa en la que quiero insistir es en el coste económico de este trabajo: cero. Esto quiere decir que no hemos tenido financiación y una buena parte del trabajo se ha hecho con datos y software gratuitos. Incluso el análisis de coste anisotrópico podría hacerse hoy con una excelente aplicación libre llamada SEXTANTE.
Finalmente, también es bueno comentar que a lo largo de este trabajo hubo que estudiar. Y mucho. Nunca habíamos usado las técnicas que finalmente se utilizaron por lo que la bibliografía revisada buscando soluciones a los problemas que iban surgiendo fue grande. Y no se trata sólo de encontrar las técnicas sino de aprender a usarlas con la mínima solvencia como para estar seguros de no cometer errores básicos, siempre posibles cuando uno se aventura en terrenos desconocidos.
Y como se dice en las charlas: quedo a su disposición para lo que quieran preguntar, el culebrón ha terminado.
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