15 marzo 2007

Pescando genomas

Nos aguardan muchas sorpresas. Un barco de vela de apenas 30 m de eslora y 6 personas de tripulación, el Sorcerer II, se da un paseo por la costa Este de Norteamérica, cruza el canal de Panamá, y llega a las islas Galápagos. Por el camino, cada 200 millas (320 km) toma muestras de microorganismos marinos. Los resultados se han publicado en varias revistas como, por ejemplo, PloS Biology, de acceso abierto (DOI:10.1371/journal.pbio.0050077) donde firman 40 autores de 12 instituciones diferentes. El titular del resumen de prensa dice ya lo suficiente:
Más de 6 millones de nuevos genes, cientos de nuevas familias de proteínas y una increíble diversidad microbiana descubiertas en la primera fase de la expedición oceánica del Sorcerer II.
La iniciativa es de J. Craig Venter, uno de los pioneros en la secuenciación del genoma humano cuando fundó Celera Genomics Group. Después creó el J. Craig Venter Institute, una institución sin ánimo de lucro que se dedica a la investigación genómica.

En una primera expedición en el mar de los Sargazos (Science, DOI: 10.1126/science.1093857) se secuenció un millón de genes y se determinaron unas 1800 especies de bacterias planctónicas de las cuales unas 150 eran nuevas para la ciencia. Actualmente se planea una expedición alrededor del mundo con el objetivo final de elaborar un “catálogo genómico” de la inmensa diversidad de microorganismos marinos. Los datos de la expedición de los Sargazos pueden descargarse libremente (uns cientos de Mb) en la página de la expedición del Sorcerer II.

Lógicamente, este trabajo no está libre de críticas y en muchos lugares se ha acusado a Venter de biopiratería o cosas peores. Estas posturas están alimentadas por las claras implicaciones éticas de algunos proyectos pasados y tal vez presentes como el de crear vida artificial mediante la construcción de un genoma mínimo, suficiente para codificar una forma de vida. ¿Cuántos genes hacen falta para eso? No muchos: Mycoplasma genitalium, una bacteria que vive en nuestro tracto urinario se arregla con sólo 517 genes, codificados con 580070 nucleótidos. No son muchos y tal vez no todos son imprescindibles. En el próximo post ampliaremos información.

Mycoplasma genitalium, su libro de instrucciones apenas tiene un par de cientos de páginas

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