23 marzo 2012

Supongamos que en una universidad...

Supongamos que en una universidad cualquiera, porque esto es sólo un suponer, convocan unas ayudas para la mejora, por ejemplo, de la calidad docente. Supongamos que en la convocatoria hay un apartado de presupuesto donde especificas qué ayuda pides y una casilla que se puede marcar para solicitar una beca asociada al proyecto. Sigamos con la suposición de que hay varios grupos de profesores que presentan propuestas y que rellenan el formulario con un exigua cantidad (hay muy poco dinero para el total de la convocatoria) y marcan la casilla de la beca. Pasa el tiempo y a algunos de esos profesores les llega un correo que, en un alarde de imaginación, suponemos así:
Estimado/a profesor/a, tenemos el placer de comunicarle que su proyecto ha sido aprobado con una ayuda económica de 0,00 € (CERO EUROS) y que la beca solicitada ha sido DENEGADA.
Imaginemos la cara de gilipollas que se te puede quedar según vas leyendo.
Yo, si se me hubiera ocurrido presentarme a la convocatoria, me daría con un canto en los dientes porque mi proyecto, todo es un suponer, habría sido denegado por omisión (no habría recibido noticia alguna) y no tendría que pasar por el alucinógeno momento de recibir un correo similar.

Imagen tomada de #clases de salsa

10 marzo 2012

"Breve" historia de un artículo, un revisor y un editor

Y cuando desperté, el editor seguía ahí, dormido.

Hoy he amanecido con dos correos que nos comunicaban la publicación de dos artículos. Con uno de ellos se cierra un culebrón cuya cronología es muy educativa. Las cosas ocurrieron de la forma siguiente:
En septiembre de 2007 enviamos un artículo titulado Mapping landslide hazard with MLR, MARS and CART methods: a comparative study a la revista Geomorphology. Las revisiones de los referees se dilataban indefinidamente y enviamos varios correos al editor. Este nos contestaba más o menos diligentemente que insistiría a los revisores y que en unas semanas más nos enviaría las respuestas. Finalmente éstas llegaron en marzo de 2009, 17 meses después. ¿Por qué no retiramos el artículo al cabo de unos meses en vez de esperar tanto? La respuesta es complicada pero baste saber que había una circunstancia que nos aconsejaba tener un poco de paciencia. Verán que fue un error.
Las revisiones eran de dos personas que firmaban con sus nombres y ocupaban apenas una página. El primer revisor, JK indicaba que se hacía poco énfasis en la parte geológica del artículo y demasiado en la estadística y recomendaba reenfocar el asunto desde una perspectiva más geomorfológica. El segundo revisor, CJC, fue mucho más duro y solicitaba "major revisions" en dos aspectos: un cambio en la estrategia de muestreo y otro sobre el control del ajuste de los modelos. En el primer caso tenía razón y en el segundo era discutible. En cualquier caso, la revisión del muestreo mejoraría el trabajo y la segunda corrección no lo perjudicaba.
Recuerdo que me pasé las vacaciones de 2009 rehaciendo absolutamente todos los análisis, figuras, tablas, resultados, bibliografía... Incluso añadí un nuevo método de modelización que no estaba en el artículo original. El nuevo artículo fue enviado en septiembre de 2009.

Una de las figuras del artículo (mapa de riesgo de deslizamientos).
En este punto éramos optimistas ya que no sólo habíamos tenido en cuenta todo lo que los revisores nos habían dicho sino que habíamos añadido material valioso e incluso ampliado notablemente la muestra original de deslizamientos. 
En enero de 2010 envié un correo al coautor que mantenía la correspondencia con el editor: 
¿Sabemos algo de nuestros queridos revisores? Si la cosa sigue en el limbo creo que deberíamos plantearnos enviarla a otro lugar porque se nos pasa el arroz ¿cómo lo ves?  
En septiembre de 2010, un año después de enviar el artículo revisado, recibimos por fin un correo del editor:
En función de los informes de los revisores (adjuntos) el artículo no es aceptable en Geomorphology en la forma actual pero podría ser aceptable si se realizan modificaciones profundas. El Dr. CJC ha revisado de nuevo su artículo y recomienda "major revision" una vez más. 
Como podrían suponer, el correo nos dejó perplejos. En esta nueva revisión, CJC ponía impedimentos en cuestiones completamente nuevas, que no había mencionado en su revisión anterior. Lo interesante es que la primera vez hacía críticas aceptables (bueno, en una tenía toda la razón, la otra era discutible) pero en esta no tenían sentido. Planteaba, por ejemplo, reducir el artículo a 8 páginas mientras simultáneamente pedía ampliar algunas secciones. También decía que debíamos eliminar todos los mapas (resultados esenciales) y dejar sólo una tabla (difícil pero, además, irrelevante) o que incluyéramos una comparación con otro artículo (ya citado en las referencias pero que usaba métodos de control diferentes). 
En este momento nos convencimos de que CJC estaba obstaculizando deliberadamente la publicación ya que no solo tardaba muchos meses en responder sino que se sacaba de la manga problemas nuevos cada vez. Decidimos que el editor debía tomar una decisión y decir si nos aceptaba el artículo o no, que ya habíamos invertido mucho tiempo en ello. Modificamos algunas cuestiones y dentro del mismo mes (septiembre de 2010) le enviamos el correo siguiente (pongo el original):
After reading the comments of Dr. CJC we cannot agree with the suggestion to make a new major revision of the paper by the following reasons. Dr. CJC pointed out two main concerns in his 2009 revision of the paper, and recommended a major revision to address them, which at that time and according to his review, were the problems impeding its publication. Those two issues were addressed as requested in two months, when the manuscript, greatly modified and improved thanks to his review, was returned to the journal. As requested by Dr. CJC, the new manuscript was greatly different from the original one (the analyses were carried out again), and a new statistical method was included. Obviously, the modifications also consider the suggestions made by the other referee. More than a year after, Dr. CJC recently sent his new review, in which he does not acknowledge the changes done according to his previous review, and worst, raise totally new concerns, not exposed previously to the same paper, and again he recommends a new "major revision"; it seems as he did not realize that he had already reviewed this manuscript. We cannot agree with his decision, as some of the problems he raises are incorrect or irrelevant for the scientific value of the paper, and others are personal opinions, sometimes contradictory, again unrelated to the scientific value of the paper. We have been discussing the problems he mentions in his review (by crossing several telephone calls and e-mails) but we have reached deadlock. This month it is 3 years since the original manuscript was sent to Geomorphology. It has been improved substantially, thanks especially to Cr. CJC review, but this paper is a clear example of that it is impossible that authors and reviewers agreed at 100% in every detail of a manuscript. Papers must be evaluated with regard the scientific value of their findings, and if they are methodologically sound, but it is not fair that their publication is delayed indefinitely by worthless, idiosyncratic details regarding the scientific value of the manuscript. Consequently, and after doing every modification requested by the reviewers, completely rewrite the paper, answer the last comments by Dr. CJC (see below), and include the Editor's modifications, we would like to ask you for a decision about the publication of the paper, or if it would be finally rejected. 
Dos semanas más tarde, a finales de septiembre, el editor nos contesta y nos dice que está revisando él mismo el trabajo y que nos enviará en breve su opinión. En noviembre le requerimos la respuesta y no contesta. En febrero de 2011 insistimos con el mismo resultado. Finalmente, el octubre de 2011 nos envía un correo diciendo que es necesario que hagamos una profunda revisión del inglés y que enviemos el artículo de nuevo. Finaliza con:
Please note that if the English is at the current level even in the next revision, it will be rejected.
Notarán que 1) el asunto del buen o mal inglés no había sido mencionado por nadie hasta el momento, 2) el problema principal sigue sin ser contestado y 3) no hay garantía de que incluso, con un inglés perfecto, el artículo no sea sometido a otra nueva revisión.
Tras hablar con los coautores, el artículo fue enviado el 31 de octubre de 2011 a Landslides, otra revista del área, señalando que el Dr. CJC era considerado por nosotros un "revisor hostil". Al día siguiente, 1 de noviembre, le envié un correo al editor de Geomorphology:
Dear Dr. Editor. Thank you for your kind email. After four years of review I do not see the end of the tunnel and I decided to withdraw the article and essay to send it to another journal. Please be aware of this fact and erase our article of the Geomorphology archives. 
En este caso el editor contestó en apenas un par de horas diciendo que podíamos eliminar el artículo nosotros mismos y que "there is no need to explain something to me".
En Landslides, la secuencia no tiene más historia que la normal. Recibido el 31 de octubre de 2011, revisado, aceptado el 13 de febrero de 2012, publicado online hoy, 10 de marzo. Apenas 4 meses con un nuevo proceso de revisión por el medio.
Su título final y enlace es Mapping landslide susceptibility with logistic regression, multiple adaptive regression splines, classification and regression trees, and maximum entropy methods: a comparative study.

Tal vez se pregunten por qué tardamos tanto en retirar el artículo dado el revisor hostil y, sobre todo, el editor incompetente (es la explicación más suave que se me ocurre). En este caso nuestro trabajo estaba relacionado con una invitación previa a presentar una comunicación a un congreso y había relaciones personales con el editor y el revisor de marras, lo que enfangó la toma de decisiones. Les prometo que no volverá a pasar. Menos mal que en Landslides consideraron que aún era de interés.

05 marzo 2012

Vacunas y autismo, una relación inventada

Estos días vuelve a la escena el supuesto problema de las vacunas y sus consecuencias para la salud infantil. Traigo un post de hace dos años, modificado y completado, que escribí cuando la revista The Lancet retiró el artículo que había dado origen a todo, publicado nada menos que en 1998 y titulado Ileal-lymphoid-nodular hyperplasia, non-specific colitis, and pervasive developmental disorder in children. En ese artículo se relacionaba (o no, veremos después) la vacuna triple vírica con el autismo. Diez de los trece firmantes ya se habían desvinculado del trabajo años atrás (¿por qué habían firmado?) y los tres restantes fueron sometidos a una investigación.

Sus problemas comenzaron cuando en el año 2004 un periodista se puso a rebuscar y denunció que los niños participantes en el estudio habían sido seleccionados por los abogados de una pareja que quería demandar a los fabricantes de la vacuna triple vírica. Estos mismos abogados también habían contratado al autor principal, Andrew Wakefield, para confirmar la relación entre la vacuna y la enfermedad.

A raíz de esas denuncias, el General Medical Council de Gran Bretaña inició una investigación cuyas conclusiones se hicieron públicas muy tarde, a finales de 2010. Se verificaron problemas de tipo diverso que llevaron a concluir que la conducta de Wakefield había sido "deshonesta e irresponsable". El artículo original aún puede encontrarse, por si alguien tiene curiosidad, aquí sin figuras o aquí completo en formato PDF.

The Lancet es una de las revistas médicas más importantes del mundo, con un factor de impacto de 28, y también una de las más antiguas ya que fue fundada en 1823.
Leyendo el artículo me llama la atención la enorme repercusión que tuvo (motivó un fuerte descenso en la vacunación en Gran Bretaña y sirvió de argumento para grupos antivacunación en los EE.UU. donde este movimiento es bastante potente). El motivo de mi asombro es, sobre todo, porque el artículo presenta problemas de fiabilidad enormes. Por ejemplo, el número de niños que fueron examinados: doce. Sí, doce, once de ellos varones y una chica, con edades entre los 3 y los 11 años. Se supone que estos chicos aparecieron por el servicio de gastroenterología con una historia similar: habían tenido un desarrollo normal inicial y una fuerte regresión posterior (que incluía la pérdida del lenguaje) junto con diarrea y dolores abdominales. Los niños fueron sometidos a un montón de pruebas: colonoscopias, biopsias, resonancias magnéticas, electroencefalografías, punciones lumbares... A partir de eso, los autores concluyeron en su artículo (ahorro un par de párrafos no relacionados con el autismo; los enlaces y las cursivas son míos):
La aparición de los síntomas de comportamiento estuvo asociado, según los padres, con la vacuna del sarampión, paperas y rubeola en ocho de los doce niños, con una infección de sarampión en uno más y con una otitis en otro. Los desórdenes de comportamiento incluyen autismo (en nueve de los niños), psicosis desintegrativa (en uno) y una encefalitis, posiblemente postviral o postvacunación. 
Y en la discusión se dice lo siguiente:
No podemos probar la asociación entre la vacuna y el síndrome descrito. Hay estudios virológicos en marcha que pueden ayudar a resolver este asunto. Si hay una relación causal entre la vacuna y el síndrome podría constatarse una creciente incidencia de este tras la introducción de la vacuna en UK en 1988. Las publicaciones existentes son insuficientes para demostrar cambios en la incidencia o en una relación con la vacuna.
Y ya está. Eso es todo. Visto hoy es incomprensible el impacto del artículo en la sociedad por varios motivos. El primero es que el estudio se hace con una muestra minúscula desde cualquier punto de vista y además claramente sesgada, no aleatoria. El segundo es que en el artículo no aparece ninguna evidencia de asociación entre la vacuna y los síntomas infantiles. El tercero es que la sospecha de la relación causal vacuna-autismo viene exclusivamente de "impresiones" de los padres.
¿Por qué publicó una revista como The Lancet un trabajo que, a todas, luces, era deficiente?

En la investigación tras la denuncia del periodista aparecieron otros detalles inquietantes. Por ejemplo, en el artículo se afirma que los problemas de los niños comenzaron unos días después de recibir la vacuna, pero una revisión de los archivos del hospital reveló que varias de las familias habían comunicado los problemas antes de la fecha de vacunación. También se encontró que parte de los fondos fueron utilizados para fines diferentes de los declarados (aunque no para lucro personal), motivo por el cual la conducta de Wakefield se declaró "dishonest" y "misleading". Finalmente, se confirmó que los niños fueron sometidos a pruebas invasivas cuya justificación era dudosa y para algunas de las cuales Wakefield carecía del preceptivo permiso de la comisión de ética de su institución. Lamentablemente, la comisión investigadora también llegó a la conclusión de que Wakefield manifestó una "total indiferencia por el sufrimiento y el dolor que sabía o debería haber sabido que los niños podían sufrir" con ese pruebas.

Acabemos, mucho más brevemente, con una segunda noticia sobre otro trabajo titulado Independent and dependent contributions of advanced maternal and paternal ages to autism risk. Aquí han utilizado una muestra "algo" más amplia: 4 947 935 casos. Teniendo en cuenta que la prevalencia del autismo es baja, esta muestra parece algo más adecuada que la anterior. Los autores, de la Universidad de California, hicieron un seguimiento de esos casi 5 millones de niños desde su nacimiento encontrando con algo más de doce mil manifestaron síntomas de autismo. Los resultados más importantes fueron que se encontró una relación entre las edades de los padres y la prevalencia del trastorno. En concreto, la edad materna está asociada con el riesgo de tener un niño autista, mientras que la edad del padre lo está solamente cuando la madre es mayor de 30 años. El riesgo crece rápidamente, un 18% por cada cinco años de edad materna.

El autismo sigue siendo un trastorno de causa desconocida y además hay una discusión sobre si su incidencia está o no creciendo o, en su caso, hasta qué punto. Algunos estudios afirman que la prevalencia del trastorno se ha multiplicado por diez en la última década en EE.UU. Otros indican que este crecimiento es un efecto de que el diagnóstico no se hace siempre con criterios coherentes, que estos no son fáciles de aplicar y que actualmente se incluyen bajo dicha denominación cuadros que antes no se consideraban. A falta de mejores cifras, me quedo con las de la OMS:
La prevalencia del autismo varía considerablemente en función del método de identificación de los casos, oscilando entre 0,7 y 21,1 por 10 000 niños (mediana de 5,2 por 10 000), mientras que la prevalencia de trastornos del espectro autístico se calcula que es del orden de 1 a 6 por 1000.
Lamentablemente, la desidia y la resistencia a la vacunación dejan ver sus efectos en España, donde vacunarse es un derecho y no una obligación. El resultado es el resurgimiento de algunas infecciones víricas como el sarampión, perfectamente prevenibles. Como argumento gráfico les dejo la evolución del sarampión en los EE.UU. en las últimas décadas.

La vacuna contra el sarampión comenzó a administrarse en 1964 en EE.UU (la licencia se obtuvo en 1963).
El número de casos está expresado en miles.
La viruela se declaró erradicada del mundo en 1980. El sarampión podría también ser erradicado ya que los humanos somos el único reservorio del virus. Lamentablemente habrá que esperar a que un grupo de irresponsables se entere del daño que está haciendo. Sobre su dimensiones, la OMS comenta que en el año 2008 el sarampión provocó unas 164000 muertes, la mayoría de niños:
En los países en desarrollo, entre el 1% y el 5% de los niños con sarampión mueren a causa de las complicaciones provocadas por la enfermedad. Esta tasa de mortalidad puede ascender hasta el 25% entre las poblaciones desplazadas, malnutridas y con acceso deficiente a la atención de salud. El sarampión puede ocasionar también graves complicaciones de salud como neumonía, encefalitis, diarrea aguda y ceguera.

02 marzo 2012

Comentárido: el conocimiento es mi debillidad

Entre los comentarios recibidos al post de la Tierra Hueca destaco uno reciente al que prometí dedicar un pequeño esfuerzo específico por su interés y poder inspirador. Lo escribe un tal Muharank. Juzguen ustedes según voy comentando.
Angel, veo que tienes mucho conocimiento, ese es tu punto débil, tu ego...
Aparte de confundir conocimiento (gracias de todas formas) con ego (sea lo que sea tal cosa), el que yo sea o no un creído no me da ni me quita razón. Pero lo malo no es eso sino atreverse a decir que el conocimiento es debilidad. ¿Debo, Muharank, renunciar a estudiar, a pensar, a leer para aprender y comprender? Lo malo (para tí) es que eso es precisamente lo que nos hace humanos y lo que nos ha salvado a lo largo de la historia: el impulso de conocer. O sea que, no, lo siento, no voy a convertirme a estas alturas en alguien como el descrito en una novela cuyo título he olvidado: "era una persona que se había mantenido impermeable al conocimiento toda su vida".
Haces mal en basarte en datos que no tienen valor...yo no creo que la tierra sea hueca y tampoco que no lo sea...creo en la investigación y eso no se ha hecho...
Estimado, no se trata de que "creas" o "no creas" que la Tierra es hueca. Eso no es una creencia, es un hecho verificable. Dices que crees en la investigación, algo dudoso cuando has dicho una línea más arriba que el conocimiento crea debilidad. Pero, incluso obviando tus contradicciones, lamento comunicarte que la investigación se ha hecho aunque tú no te hayas enterado. Tanto es así que hay una base permanente en el Polo Sur, nada menos. ¿Cambiará esto tu manera de pensar? ¿Admitirás lo falso de tu afirmación? Sospecho que no.
No me muestres fotos de satelites sofisticados de diversos y distintos paises ( ES RIDICULO PENSAR QUE HAY MUCHAS NACIONES, Bro la tierra es liderada por un unico imperio )
Lo que es gracioso es pensar que miles (decenas de miles) de personas que trabajan en las distintas (más de 20) agencias espaciales, algunas enfrentadas, están bajo una "ley del silencio mundial" que abarca desde los ingenieros aeronáuticos hasta los informáticos. ¿A qué esperas para hackear sus ordenadores y descubrir su contenido al mundo? ¿A qué esperas para introducirte en alguna de esas agencias y luego destapar sus secretos? ¡Ah! ¡Que hay que estudiar una ingeniería! No, entonces no, que es demasiado esfuerzo.
Pero incluso eso, bro, no tiene nada que ver con el asunto: no aceptas imágenes de satélites, sean ópticas, de radar, medidas de gravedad... pero lamentablemente para tí, el que las rechaces no cambia un ápice que están ahí. ¿Qué hay, en cambio, de los presuntos agujeros polares? Te lo digo: la más absoluta nada. 
Muestrame una foto de algun individuo colocando una bandera en el centro del polo sur, asi como las hay del Everest o el k2...y q no este rodeada de alguna conspiración...
¡Ah! Ahora sí valen las fotos ¿pero no decías que no? Venga, pues te muestro una para que no creas que quiero abrumar: la base Amundsen-Scott está el puto Polo Sur, tan cerca que lo tienen marcado con un jalón:

The South Pole geographic marker in January 2010 (de Wikimedia Commons)
El mundo es mas simple bro...Sal de la salita de clases es hora de conocer el mundo...tu conocimiento no es rival para la sabiduria...bajate de tu pedestal y liberate y si no quieres simplemente calla...
Perdona pero ¿qué sabes tú de mi conocimiento del mundo? ¿Qué sabes de mi vida? Nada. Dices que salga a conocer y dos palabras después dices que el conocimiento no vale ¿no te das cuenta de que tienes problemas? Sinceramente, no sé de qué pedestal debo bajarme pero sí tengo claro que ese "simplemente calla" es la mejor pista, el mejor indicio de tu despreciable actitud ante el conocimiento en general y la ciencia en particular. ¿Perteneces a esa gente que quiere a todos callados? ¿Que sólo tolera una Verdad que extraen de sus fantasías? ¿Pretendes que me someta a semejante estupidez?
Ya estudiaste las auroras boreales? No te llama la atención que brillan de noche...por que los exiliados del paraiso terrenal decian que no se acostumbraban a un mundo sin luz...( No soy religioso, pero la biblia es un buen libro de historia si lo lees con sabiduria )...No separes los grupos debemos unirnos y averiguar la verdad, que en realidad nadie conoce...
Bueno, llegamos al inevitable final, cuando las frases muestran ya desvaríos profundos. Las auroras boreales son fenómenos bien estudiados, los "exiliados del paraíso terrenal", en cambio, sólo existen en tu imaginación.
Un abrazo bro y por favor no escribas respuestas tontas mi intención no es debatir tu GRAN PROYECTO sino decirte deja de jactarte de algo que no saben ni los unos ni los otros...
Escribiré y contestaré lo que me apetezca. Es más, soy tan atrevido que lo haré sin tu permiso. Del resto no entiendo nada ¿Gran proyecto? ¿De verdad has ido al psiquiatra? En fin, que mejore tu salud.

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