Paquete de estadística circular en R

Hace unos años comencé a trabajar con datos circulares, vectores en los que debía analizarse no sólo su módulo sino su acimut. Es largo el camino, especialmente porque mi formación estadística es muy precaria (aunque a veces tenga epifanías) pero una de las etapas acaba de cumplirse: hemos subido un paquete específico al repositorio de R. Ya había alguno pero se nos antojaba corto en la parte gráfica con lo que este tiene bastante valor añadido en ese aspecto.
Yo no estoy de coautor porque apenas he trabajado en el proyecto pero me cabe el placer de haber sido el que comenzó en enredar en este tema en su aplicación a los errores en los datos espaciales y de haber dirigido una tesis al respecto. Luego otros tomaron las riendas, como debe ser.
El paquete se llama VecStatsGraph2D (la denominacion suele ser así de rarita) y podeis encontrarlo en la página que enlaza su nombre. El enlace directo al manual es este. La licencia es GPL3.
Como ya sabrán casi todos R es un entorno de código abierto para análisis estadísticos. Hay cientos de paquetes, algunos muy fáciles de usar, otros directamente diabólicos. El caso es que, en conjunto, es una solución magnífica para analizar datos científicos. Hay que currársela un poco pero ¿quién da más por menos? Abajo les pongo dos de los gráficos que permite hacer la aplicación.

Anticipándome un poco a los acontecimientos les comento que estamos preparando un paquete de análisis equivalente pero para vectores en tres dimensiones. Se llamará, en un arrebato de creatividad, VecStatsGraph3D. Será dentro de un par de meses.

Por qué no iré a la huelga mañana

Un montón de despropósitos

Mañana está convocada huelga del sector público. La convocatoria no me ha llegado a pesar de lo fácil que es en mi universidad enviar correos colectivos. Lo que sí me ha llegado ha sido un correo pintoresco, donde la dirección de mi Centro me dice que es obligatorio que les diga si voy o no a la huelga. Lo curioso es que en dicho Centro hay profesores que ya han desaparecido con el fin de las clases hace una semana. Ellos no darán señales de vida y nadie mirará si están o no porque no hay inspecciones ni siquiera durante el curso. Ante la ausencia de inspección, la dirección del Centro pretende que le hagamos el trabajo.

Por otra parte, los sindicatos convocan esta huelga para los funcionarios pero no para los demás. Otro día convocarán una huelga general que se espera que apoyemos también. Dos días de huelga, cada uno con su sanción ecónomica que es bastante más de lo que cobramos en un día. Dicho de otro modo, se espera que el único colectivo al que se le rebaja el sueldo pierda además el sueldo de esas dos jornadas.
En el día de mañana estamos solos y a los de sanidad, por poner un ejemplo, la gente se les echará encima por cancelar sus citas. En el segundo día, la huelga general será por un cambio en condiciones de contratación o despido laboral. La diferencia está en que nadie nos secundará mañana mientras que si nosotros ignoramos la huelga general seremos unos esquiroles insolidarios. Si hay que hacer huelga ¿qué costaba convocar en una jornada única por toda la pérdida de derechos y remuneraciones incluyendo a los funcionarios, a la congelación de las pensiones y a las nuevas condiciones en los contratos laborales?
Mientras tanto, la universidad no ha definido a quienes implican los servicios mínimos y probablemente algún piquete sindical aparezca mañana en mi despacho para convencerme de lo equivocado de mi decisión. Tendré que explicarles que ellos firmaron un acuerdo con el gobierno a finales del año pasado sobre nuestras condiciones laborales y que aún no han llevado su incumplimiento a los tribunales. Tal vez tendré que decirles que sí, que estoy en huelga, pero a la japonesa, que es más difícil.
Para acabar de aderezar este festival de despropósitos se entera uno que a los jugadores de la selección española de fútbol no solo no les bajan el sueldo sino que las darán más de medio millón de euros a cada uno en el caso de ganar el campeonato. Quinientos cincuenta mil euros es lo que yo ganaré en los próximos veinte años (si no siguen bajándome el sueldo, claro). Quinientos cincuenta mil euros de dinero público (?) además de su sueldo, que no será escaso. ¿Quién ha decidido que eso es lo que debe hacerse con la que está cayendo?

Postdata 1:
Una entrada más sobre el tema: Huelga general, democracia y matemáticas en Ciencia en el XXI.

Postdata 2:
Bien se acabó la cosa, sea a la japonesa o a la latina. Todo me recuerda al estrambote de Cervantes:

Y luego, incontinente,
caló el chapeo, requirió la espada
miró al soslayo, fuese y no hubo nada.

 Ahora vendrá la tontísima guerra de cifras como si eso fuera lo que salva la cara de unos o de otros. Como si la cara de los dos (y de algún convidado de piedra) no debiera estar ya roja de vergüenza.

[Foto] Fractalius, prescindible pero interesante

Ya saben que Photoshop tiene una enorme cantidad de complementos, filtros o plugins, como quieran llamarlos. El 90% de ellos hacen la misma media docena de funciones: cambios de contraste o de saturación, equilibrio de color, filtros de paso alto o bajo... Algunos son necesarios para un retoque básico, otros son completamente prescindibles pero a veces alguno de ellos genera efectos poco corrientes que merece la pena comentar.  
Al que les traigo hoy le han bautizado Fractalius porque dicen que analiza la "dimensión fractal oculta" de las imágenes. Cualquiera sabe, a lo mejor es cuántico también.
Aunque no se trata de cogerle cariño a Fractalius porque cansa con rapidez, los resultados son suficientemente interesantes como para ponerles unos ejemplos abajo.

La fotografía original (pulsar encima para ampliar)

Efecto "crayon"

Efecto "rounded", me gusta especialmente porque me recuerda a las vidrieras pintadas del modernismo.

Efecto "staggy"

Efecto "skecth"

Todos los filtros se aplican con una configuración por defecto pero pueden configurarse en una docena de parámetros. Lamentablemente no existe explicación del papel de cada uno de ellos o sea que quien tenga tiempo tendrá que investigar. Fractalius sólo existe para Windows (trabaja bien en W7 x64) y para Photoshop de 32 bits, un problema que dicen que resolverán este año. Falta hace porque el cálculo es intensivo y en imágenes grandes puede necesitar un minuto o algo más, demasiado para hacer pruebas ágilmente. Las imágenes de arriba están hechas con la versión de prueba de 30 días.

¿Dinosaurios en el siglo XIX?

Desmontando mitos

Hay fotos que apuntan a que algunos dinosaurios estaban vivos en el siglo XIX. Por ejemplo, la que les pongo abajo está tomada hacia 1862 y en ella aparece un grupo de soldados durante la Guerra Civil de los EE.UU. con un extraño trofeo de caza. Con solo verla ya deberíamos plantearnos algunas dudas, por ejemplo ¿un triceratops en medio de un campamento? ¿lo abatieron allí mismo mientras rebuscaba en los restos del rancho o lo trasladaron en una carreta de varios ejes?

Ese periodo fue pródigo en hallazgos sorprendentes como puede verse en la foto inferior, de un pterodáctilo fiambre y su cazador en pose mayestática:

¿Prueban esas fotos lo que se supone que prueban? Ya sabemos que al día de hoy ninguna foto prueba nada pero, si además encontramos la de abajo, ya me contarán. Ahí aparece la foto original del campamento con una ausencia estrepitosa ¿dónde está el pobre triceratops? Pues sólo en la imaginación de algunos crédulos que se creen a pies juntillas cualquier cosa con la única condición de que sea lo más rara posible.

¿Y la foto del pterodáctilo? Pues esa, fíjense, no es un montaje. Pero no lancen vítores aún los criptozoófilos ya que se trató de un video de promoción de una serie de televisión llamada Freaky Links, una especie de Expediente X que comenzó a emitirse en el año 2000 en los EE.UU. La foto circula desde entonces por internet con el títuto "1860s soldiers with the remains of a pterodactyl". Dicho pterodáctilo aparece en el episodio 4 de la serie, titulado Coelacanth This!
¿Recuerdan la expedición del anterior post en busca de pterodáctilos? Los creacionistas usan la foto de Freaky Links como prueba de su existencia. Se nota que su única fuente de documentación es algo limitada.

Pterodáctilos en una pajarera

En busca del ninki-nanka, o del orang-pendek... Toda una caterva de personajes se ha dedicado durante años a la búsqueda de bichos inexistentes. A veces se trató de gente honrada como Percy Harrison Fawcett cuya vida fue una continua aventura con final poco feliz.
Lo de hoy es de otro pelaje porque me acabo de enterar de una expedición en busca de pterodáctilos vivitos y colenado. La gente que la organiza ha utilizado sofisticados métodos de análisis que les han permitido trazar las rutas migratorias de los pteros desde un lugar originario en Oriente Medio hasta recónditos lugares africanos. ¿Por qué Oriente Medio? Fácil: porque allí atracó el Arca de Noé. Los pterodáctilos desembarcaron del Arca en el Monte Ararat e iniciaron una migración que les llevó, con toda probabilidad, hasta las faldas del Kilimanjaro. ¿No se lo creen? Echen un vistazo al mapa:

Para la gente del Proyecto Pterosaurio el hecho de que no haya ni una sola evidencia de la existencia de estos animales les trae al fresco porque a ellos los ilumina un objetivo superior:  llevar pterodáctilos vivos a una pajarera del Museo de la Creación (como en Parque Jurásico 3, en efecto):

The goal of Project Pterosaur is to mount an expedition to locate and bring back to the United States living specimens of pterosaurs or their fertile eggs, which will be displayed in a Pterosaur Rookery that will be the center piece of the planned Fellowship Creation Science Museum and Research Institute (FCSMRI).

Aunque la cosa se va poniendo un tanto delirante aún hay más. Por ejemplo, en su perfil en Facebook comunican que han conseguido el apoyo de un activista cristiano de peso, nada menos que Chuck Norris:

We have recently procured the services of Christian activist, handsome beast, and kung-fu fighter Chuck Norris!

Supongo que bastará que semejante personaje diga "pitas pitas" para que los pterodácticos bajen a comer en sus manos. Pero hay más. Por ejemplo, el director de la expedición es un científico de "reconocido prestigio": Richard Paley, que en su curriculum dice ser doctor y docente en Divinidad y Teobiología en la Fellowship University.
Sin embargo, esta panda de chiflados aún no está completa y dicen que tienen lugar en su expedición para más gente. Algunos puestos están ocupados, como el ya mencionado de teobiólogo o un hallazgo nuevo, el de baraminólogo. Otros, en cambio, están aún libres, como el de pterosaurólogo. En este último caso, explican las razones de buscar uno: ayudar a identificar los especímenes vivos y relacionarlos con el Diluvio y la Biblia (?).
Pero no saquen aún sus billetes porque tienen malas experiencias y no les dejarán apuntarse al sarao con facilidad, no sea que les salga rana:

To avoid problems from past expeditions, background checks will be performed on all expedition members to ensure that they are good, upstanding Christians.

Bueno, venga, les cuento que es eso de baraminólogo. Si quieren poner eso en su tarjeta de visita tendrán que especializarse en taxonomía "no evolucionista", es decir, donde los taxones son los originales de la Biblia, creados tal cual y subidos al Arca para sobrevivir al Diluvio y reproducirse (con escasa diversidad génetica, pero ese es otro de los detalles que a esta gente les importa un bledo). Lamentablemente no he podido encontrar una relación de taxones baraminológica. Hubiera sido aún más divertida que la propia expedición.

 Conste que ya me gustaría pero va a ser que no.

España en la ciencia mundial: síntesis "h"

En SCImago se presentan estadísticas globales sobre la ciencia en el mundo que son difíciles de extraer de otras fuentes. Con los datos que nos dan es posible ubicar a todos los países en una escala de influencia científica y no sólo de producción. ¿Cómo se miden ambas cosas? La producción es un parámetro simple: número de artículos publicados en revistas científicas.
La mayor novedad de SCImago es que también valora la influencia de dichos artículos ya que cabría la posibilidad de que un país publique mucho pero luego esos trabajos no sean tenidos en cuenta por el resto de la comunidad científica; por ejemplo, lo que se publica en chino difícilmente llegará más allá de sus propias fronteras. También es posible que una producción alta sea irrelevante por dedicarse a temas de interés local o por tratarse de "ciencia oscura" (ver referencia abajo).
SCImago usa el índice h para valorar esa influencia, algo que ya se había aplicado anteriormente a los investigadores de forma individual. El índice h valora la cantidad de artículos que alcanzan un número determinado de citas mediante un convenio curioso: si h = 100 significa que ese país tiene 100 artículos que han llegado a las 100 citas cada uno; si h = 185, ese país tiene 185 artículos con al menos 185 citas cada uno. Con este índice es inútil publicar mucho si no te cita nadie y, por otra parte, subir su valor es cada vez más exigente ya que pasar de 100 a 101 exige un artículo nuevo con 101 citas y que los que antes tenían 100 (uno al menos) recoja una cita más.
¿Dónde está España con este criterio? Abajo tienen unas cifras mínimas pero hay que hacer la salvedad de que deben tomarse con precaución ya que h no es un índice aséptico a la hora de comparar países porque está correlacionado con el tamaño de la población científica. Lógicamente,  Les recomiendo que jueguen un poco con la página para ver si su disciplina favorita está mejor colocada que la media y cómo a evolucionado en el tiempo. Les hago un mínimo resumen con datos para el periodo 1996-2008:

• España está a nivel general en el duodécimo puesto mundial, con h = 338; por número de publicaciones estamos en el noveno puesto, con 448240, lo que es indicador de una cantidad excesiva de artículos poco relevantes.
• Por disciplinas, mejoran la situación general en más de un puesto las siguientes (entre paréntesis figura el puesto): ingeniería química (7), matemática (8), artes y humanidades (9), ciencias ambientales (10), física y astronomía (10), veterinaria (10).
• Y empeoran la situación media: negocios y gestión (19), ingeniería (17), energía (16), salud (15), ciencias de los materiales (14).

Para realizar una comparación teniendo en cuenta el tamaño del país habría que considerar también el número medio de citas por artículo. Aunque aquí salen cosas muy raras con los países muy pequeños, en la lista de los grandes España desciende al vigésimo puesto más o menos, por detrás del resto de países europeos con las excepciones de Portugal, Grecia e Irlanda en cuanto a la Europa de los 15.
O sea, que ya sabemos qué disciplinas hay que cuidar para que no pierdan su puesto privilegiado, ganado a costa de trabajo y no necesariamente de inversión. No las machaquemos porque, por ejemplo, tengan pocos alumnos. El resto deberíamos dedicarnos a hacer investigación de calidad y no cantidad, aunque la meritocracia científica en este país aún no se basa en índice h ni en número de citas sino en el montón de artículos que tengas, aunque luego sólo sean citados por el propio autor.
Artículos relacionados: Ciencia oscura.
¿Quieren saber cuánto invierte cada país en ciencia? Miren aquí y tendrán una idea.

Aplicando el índice h a las revistas no hay sorpresas: Nature gana(599) seguida de cerca por Science (583) y, algo más alejadas, New England Journal of Medicine (497) y Cell (431).