09 junio 2008

Al principio fue el disco...

Una mañana de estas me entretuve con F haciendo fotografías a discos de ordenador, desde fijos a removibles. Las cintas (otro día vemos algunas) ya no se usan. Los discos, en cambio, siguen siendo una tecnología segura y rápida. Sólo que no siempre pudieron llevarse en el bolsillo. Comencemos...

Una unidad con tres discos de 40 cm de diámetro y un peso de una docena de kg. La pieza negra de la derecha es el motor que hace girar el eje. F ha conseguido rastrear el modelo: un Data General de 5 (cinco) Mb de capacidad (los tres platos juntos, no cada uno) y en uso desde 1982 a 1988. Motores y discos aún giran pero ya no hay ordenadores que sean capaces de manejarlos.

Detalle de una cabeza de lectura/escritura. Aquí pueden distinguirse los tres discos.



La aparición de los discos flexibles (disquettes o floppys) en los años 70 fue un gran avance para facilitar la movilidad de la información, el almacenaje y las copias de seguridad. Inicialmente se fabricaron de dos tamaños: 8 y 5 ¼ pulgadas. Ambos eran una delgada lámina de plástico con una capa magnética en un "sobre" de cartón. No se les podía pedir mucho, apenas 1.2 Mb para los grandes (ya evolucionados, al principio era menos) y 360 kb para los pequeños. Bastante después aparecieron los de 3 ½ en carcasa de plástico. Estos últimos llegaron a almacenar 1.44 Mb a finales de los 80.
Arriba pueden ver un lector para discos de 8 pulgadas. Con un peso de unos 6 kg su tamaño era de unos 40 x 25 cm (el CD de 12 cm de diámetro que hay encima permite hacerse una idea).

Cuando era necesaria una mayor movilidad se usaban discos removibles. El de la foto de arriba mide unos 35 cm de diámetro y se insertaba en el lector de forma que los cabezales entraban por la ventana rectangular para alcanzar el disco interno. Como en la unidad anterior, los discos parecen fabricados de baquelita.

Esta unidad de 4 discos de acero ya tiene dimensiones más moderadas, de unos 15x12 cm y un peso más discreto (aunque no demasiado, sorprende cuando lo levantas).

Iomega sacó a mediados de los 90 los discos ZIP que usaban el mismo material que los floppys de 3.5 pulgadas pero podían almacenar 100 Mb debido a que no había rozamiento con la carcasa ni contacto con las cabezas lectoras.

El siguiente avance dentro de los discos magnéticos removibles fue el JAZ, todo 1 Gb de información comercializado a partir de 1997. JAZ usaba dos platos internos con tecnología similar a los discos duros de la época.

¿Y en qué estamos ahora? No resisto la tentación de enseñarles el último juguete, este algo más moderno. Resulta que tenemos algunos análisis que espero contarles pronto cuya ejecución lleva bastantes horas de CPU y cuyo almacenamiento, incluso borrando resultados intermedios, puede requerir unos cientos de Gb. Para estas cosas hemos tenido que acudir a unidades como la de la foto: 4 Tb de discos extraibles en modo RAID 5.

06 junio 2008

¡Lee antes de citar!

Tenemos un trabajo publicado en el 2004 que se acerca a las ochenta citas. Es todo un aliciente hasta que empiezas a sospechar que algunas, en un porcentaje difícil de estimar, son de relleno. No es que no vengan a cuento sino que no parece que en esos trabajos tengan la más mínima repercusión en el desarrollo del artículo. Vamos, que te imaginas al tipo buscando afanosamente por internet mientras piensa “a ver si encuentro algo más para este apartado que ando corto de referencias”.

Lo anterior sólo ocurre en un pequeño conjunto de casos… O al menos eso queremos creer. Al respecto me envía J dos artículos. Uno es el último que nos cita donde, cosas de la vida, se confunden con conceptos clásicos de Barrio Sésamo (ya saben, arriba y abajo, cerca y lejos, Norte y Sur…). Comprensión lectora creo que se llama el problema: si nos han leido no se han enterado de algún pequeño detalle. Y para ilustrar me añade otro de apenas 6 páginas titulado Read before you cite! o sea ¡Lee antes de citar! (a lo que apetece añadir un improperio, no me digan que no).

La referencia es Simkin, M.V.; Roychowdhury, V.P., 2003, Complex Systems, 14: 269-274. El resumen contiene, como debe ser, la información más relevante:

Describimos un método para estimar el porcentaje de gente que realmente ha leido los artículos que cita. El método se basa en un modelo estocástico del proceso de cita ajustado a estudios empíricos de propagación de citas erróneas. Estimamos que sólo el 20% de los autores que citan leen realmente el original.

El método seguido es interesante: supongan que un autor cita un trabajo donde se cuela una errata, por ejemplo, un dígito erróneo en la página inicial o final (1204 en vez de 1604). Cuando un autor posterior acceda a ese trabajo para leerlo se dará cuenta inmediatamente de que hay un error y lo corregirá en la bibliografía. Con esta idea, se pueden revisar los trabajos donde la errata se propaga sin corregirse, indicador de que alguien se ha limitado al copia/pega de la bibliografía errónea pero no se ha molestado el localizar el original.

Lógicamente, el seguimiento sólo puede hacerse con trabajos muy citados donde además debe existir una errata, algo poco frecuente. Simkin y el otro tipo de apellido imposible han hecho ese seguimiento en la enorme base de datos del ISI Web of Knowlegde asegurándose también de que las erratas son reales y no introducidas por el ISI (una conducta prudente dado el tema del estudio).

Sus resultados, insisto, indican que sólo un 20% ha leido lo que cita. El que quiera consultar el trabajo original, donde dan más detalles del modelo, lo tiene aquí.

Debo reconocer que este trabajo parece uno de esos del autodenominado “observatorio español de internet” pero temo que sea más serio. Yo he insistido a las personas que hacen su tesis conmigo que siempre localicen el trabajo original, aunque sea antiguo (o precisamente por eso). Y puedo asegurarles que hemos tenido un par de sorpresas relativas a bulos que se han propagado a lo largo de publicaciones porque nadie se había molestado en revisar el trabajo original donde presuntamente se decía aquello.

Como consecuencia, tal vez deberíamos empezar a arriesgarnos a introducir sólo las citas de verdad, como en la tesis de John Nash (dos citas en total y una de ellas suya). Al respecto, les aseguro que leo todo lo que cito pero también debo admitir que he citado a veces trabajos que hubieran podido obviarse.

[Breves] Esto es publicidad, aviso

Pues sí, no acepto publicidad en el blog pero hoy voy a hacer una única excepción (valga la redundancia). Entre los biólogos que terminamos la carrera hace un tiempo que no quiero ni pensar la diáspora fue de órdago. Casi todos hemos acabado bien aunque a veces en lugares impensables. Una pareja de amigos, Paloma y Sergio, hartos de malvivir en los negocios medioambientales, decidieron hace un par de años dar un giro a su vida y abrir una casa rural en Asturias. Y desde aquí les hago propaganda porque, además de ser buena gente y buenos conversadores, el lugar es fantástico y han conseguido la meta de abrirla, algo nada fácil en el laberinto administrativo de este país.

Casa de Aldea Los Riegos (Belerda, Parque Natural de Caso, Asturias)

04 junio 2008

La huella

Leo en Novaciencia que se ha descubierto la huella humana más antigua del mundo. El texto no tiene desperdicio:
El lugar esta vez ha sido cerca del Lago Titicaca, una huella en un roca arenisca de un pie izquierdo de 29,5 centímetros, que habría correspondido a un humano de 1,70 metros de altura, con un peso de 70 kilos, que caminaba erguido y que pone en entredicho la teoría de la evolución y que probaría "la existencia de otras humanidades" anteriores a la actual.
Los investigadores deducen que esa huella humana es la más antigua del mundo porque se encuentra en una roca de la edad terciaria, época del mioceno (de 23 a 6 millones de años) y, a su juicio, no fue labrada posteriormente.
Esta [la huella] "tendría una antigüedad entre 5 y 15 millones" [de años], lo que probaría "la existencia de una humanidad anterior" a la actual, a la que se atribuyen como unos dos millones de años. "La teoría de la evolución entonces quedaría en una gran dificultad con la evidencia que ahora estamos mostrando", apuntaron los descubridores.


La presunta huella
¿Entre 5 y 15 millones de años? ¿En Bolivia? Como podrán suponer, cada vez que leo cosas como estas no sé si reir o llorar. Analicemos mínimamente la cosa (sigan porque les reservo una exclusiva al final que sí cambiará la ciencia).
  1. Los seres humanos modernos tienen una antigüedad de unos 200 000 años. El origen del género Homo puede retrasarse hasta unos 2.2-2.5 millones de años pero sus huellas no corresponderían con las de Sullkatiti, claramente modernas.
  2. La humanidad llegó a la actual América hace no más de 15000 años. Posiblemente esta fecha no es definitiva y pueda variar algo pero no existe ninguna evidencia de nada anterior y es coherente con lo que se sabe sobre las migraciones humanas de las últimas decenas de miles de años.
  3. La arenisca es una roca sedimentaria sobre la que no es posible dejar huellas. Es un caso que no tiene nada que ver con las improntas de Laetoli, por ejemplo, que se conservaron sobre cenizas volcánicas posteriormente cementadas y cubiertas.
  4. La roca del descubrimiento está muy expuesta a la erosión lo que hace imposible que una huella pueda conservarse como se ve en las fotos durante millones de años.
  5. La huella está aislada, sin formar parte de una traza, algo absurdo.
Tampoco está demás echarle un vistazo al equipo de “científicos”, que está formado por Freddy Arce y Jorge Miranda miembros ambos de la “Comunidad de la Sabiduría Ancestral”. Para darnos idea de la seriedad del señor Arce sepamos que no descarta que Bolivia formara parte de la Atlántida y defiende que los sumerios vivieron en Sudamérica. Del señor Miranda y de sus posibles credenciales científicas no he encontrado nada.
¡Ah! Ya se me olvidaba. Revisando y escaneando fotos de hace una larga temporada aparece esta que les pongo abajo. ¿Qué misterio oculta (o desvela, o no sé) esta huella fotografiada por mí mismo en los remotos orígenes del río Narcea? Pues afirmo con el mismo rigor que los de la huella areniscosa que ésta es la prueba de la presencia del yeti gaitero (una auténtica pesadilla para los lugareños porque toca fatal) en los recónditos montes entre Asturias y León.

02 junio 2008

¿Rezar favorece los embarazos?

Según Kwang Yul Cha, Daniel P. Wirth y Rogerio A. Lobo, la respuesta es .

El artículo

En el año 2001 el Journal of Reproductive Medicine (JRM, 46:781-797) publicó un artículo titulado "Does Prayer Influence the Success of in Vitro Fertilization-Embryo Transfer? Report of a Masked, Randomized Trial" firmado por Kwang Y. Cha, Daniel P. Wirth y Rogerio A. Lobo (resumen aquí).

Su objetivo era:

To assess the potential effect of intercessory prayer (IP) on pregnancy rates in women being treated with in vitro fertilization-embryo transfer (IVF-ET).

Evaluar el efecto potencial de las plegarias en las tasas de embarazo en mujeres sometidas a implantación de embriones fertilizados in vitro.

Cuando esto se realizó Cha estaba temporalmente en la Universidad de Columbia, donde era y es profesor don Rogerio, ambos doctores en medicina. Wirth, en cambio, no tiene formación científica y no estaba, que se sepa, en ninguna institución académica.

El trabajo técnico se realizó en Seúl, Corea del Sur, con 219 mujeres. Independientemente, tres grupos de oración (cristianos) se distribuyeron en los EE.UU., Canadá y Australia. Un grupo recibió fotografías y rezaron por el buen desenlace de la operación sólo para esas mujeres. Otro rezó por el grupo IP en general sin más referencias. El tercero rezó por los otros dos grupos de orantes (en realidad el protocolo es delirante, vean al final). Las sesiones de oración duraron tres semanas.

Los resultados fueron claros:

El grupo IP tuvo un tasa de embarazo mayor que el grupo no-IP (50% frente a 26%, P=0.0013). El grupo IP también mostró una tasa de implantacion superior (16.3% frente a 8%, P=0.0005). Los efectos observados fueron indepedientes de las clínicas o laboratorios implicados así como de las variables clínicas.

La cosa tenía tela como podrán suponer ¿deben las señoras que intentan tener un hijo ponerse a rezar una docena de rosarios diarios con toda su familia? Pues si quieren aumentar la probabilidad de éxito al doble, sí, deben hacerlo.

El artículo fue criticado por la "ciencia oficial" y se supuso que los resultados, de ser ciertos, se debían sin duda a causas más terrenales no tenidas en cuenta por los autores. Sin embargo, Rogerio A. Lobo replicaba (recuerden esto) que "se trata de un descubrimiento muy significativo" y que "podríamos haber obviado estos resultados pero entonces no hubiéramos ayudado al avance en este campo".

Trancurridos unos años, las cosas han cambiado un poco; les resumo la historia a continuación, sujétense bien.

El estudio: comienzan los problemas

Una investigación interna de la Universidad de Columbia, formada a partir de comenzar las críticas al artículo, descubrió que las potenciales madres no habían sido informadas de su participación en el estudio y no existían consentimientos firmados. Este procedimiento es algo necesario según las reglas éticas de dicha universidad. Cha justifica su conducta señalando que si las personas sabían su participación podían ponerse a rezar por y para ellas mismas sesgando el estudio.

Independientemente de que las leyes de los EE.UU. obligan al consentimiento informado, la justificación de Cha es difícilmente defendible por dos razones: a) la "autoplegaria" puede existir previamente y b) si el estudio es realmente doble ciego no hay motivo para suponer que la información introdujera un sesgo a favor o en contra de ninguna hipótesis.

Otros problemas introducían dudas sobre el procedimiento. Hay varias aunque aquí sólo mencionaré dos:

  • veinte de las iniciales 219 mujeres fueron descartadas por "fragmentary e-mail transmission", sin mayor explicación sobre esta peculiar dificultad.
  • el protocolo aparece en el artículo como innecesariamente complejo, interviniendo 3 grupos de orantes con diferentes y retorcidas instrucciones (ver al final para detalles).

Como consecuencia de estas señales de alarma, unidas a la no despreciable suposición de que un poder sobrenatural intervenga en un procedimiento médico, comienzan las sospechas sobre la limpieza del procedimiento.

Los autores: Daniel Wirth

Don Daniel firmó el artículo como segundo autor y fue el organizador de los grupos orantes. Como aval "científico" tiene un master en parapsicología y es autor de varios artículos sobre "Non-Contact Therapeutic Touch", llamado en castellano "toque terapéutico", una especie de imposición de manos, y sus interacciones con Reiki, LeShan (sic) y plegarias. Toda una garantía (ver este post para más información).

Su CV no acaba aquí: Daniel Wirth ha sido recientemente arrestado, juzgado y condenado por fraudes postales y bancarios durante los últimos 20 años. Entre otras cosas se ha demostrado que usó varios nombres ficticios o de personas muertas avalados por documentos de identidad falsos y realizó, entre una larga lista de delitos, cobros fraudulentos por valor de más de dos millones de dólares. Cha dice que vale, que su colega es un chorizo pero que todo eso no tiene relación con el artículo y que no demuestra que sea un fraude.

También dice Cha que las acusaciones de que Wirth en realidad no organizó ningún grupo orante son poco plausibles porque aunque él (Cha) no sabe nada de los grupos (para no interferir involuntariamente en los resultados, dice), Wirth estaba muy interesado en el estudio y no es creíble que haya cometido fraude.

Cosas de la vida, no piensan lo mismo los antiguos mentores de Wirth en el esotérico Wholistic Healing Research que ahora dicen que no se fían de él ni de sus artículos sobre el "toque terapéutico" (este artículo por sí mismo es una pieza de no saber si reir o llorar).

Los autores: Rogerio A. Lobo

Don Rogerio prefirió otra estrategia: cambiar de amigos y si te he visto no me acuerdo. El antes locuaz científico solucionó su conflictiva relación profesional diciendo que él, en realidad, de este trabajo no sabe nada, que no intervino y que sólo echó una mano en la edición del mismo. Consecuentemente, en el JRM pidió que lo borraran por que su nombre estaba de coautor por error. La corrección apareció en la última página del JRM de octubre de 2004 (no accesible en la web):

Erratum: In the article "Does Prayer ...", Dr. Lobo is listed as an author of the article and has requested that his name be deleted, as his name appears in error. He was not directly involved in conducting the research reported in the article; he was involved principally in redaction of the manuscript for stylistic and syntactic purposes.

¿Autor por error? ¿Y se entera a los tres años?

Un detalle más, don Rogerio formaba parte del comité editorial del JRM en el año que se publicó el trabajo.

Los autores: Kwang Yul Cha

Bueno, nos queda Cha sobre cuya integridad no puede decirse mucho salvo que uno de sus artículos, publicado en Fertility and Sterility en diciembre de 2005, ha sido retirado al demostrarse plagio (el editor de Fertility and Sterility concluyó que el artículo de Cha era una copia literal del publicado por otro autor en una revista médica de Corea, Korean Journal of Obstetrics and Gynaecology). Cha y colegas habían firmado una declaración donde juraban que el artículo era original y no había sido publicado anteriormente por lo que al plagio puede anadirse el perjurio.

Curiosamente, el Dr. Cha tiene una propensión preocupante a las demandas judiciales: metió a juicio a Bruce Flamm (Universidad de California) por criticar sus ataques basados en el trabajo del 2001 y a Alan H. DeCherney, editor de Fertility and Sterility, por concluir que había plagiado el trabajo de 2005. La primera acaba de sentenciarse a favor de Flamm; la segunda sigue su curso pero la American Society for Reproductive Medicine ya ha decidido eliminar el artículo por plagio.

Nota irrelevante: Cha tiene un blog sobre sí mismo con 4 entradas de enero y febrero del pasado 2007. Observo que el autobombo se le da estupendamente.

En resumen y para aprender

Como conclusión, tenemos unos editores y referees de una revista científica que admiten un artículo sobre la influencia de poderes sobrenaturales en un procedimiento médico. Se acaba demostrando que el artículo fue firmado por un tipo acusado de plagio, por un estafador ya condenado y por un tonto que aceptó una autoría regalada sin prever en que lío se metía.

El Journal of Reproductive Medicine que hizo oidos sordos a todo el debate durante años ha tenido que rectificar y lo ha hecho finalmente, al cabo de 7 años, con muy poca elegancia: ha retirado el artículo de su web sin mayores explicaciones. No es posible encontrar pistas del asunto en sus páginas.

A Rogerio A. Lobo le han concedido un más que merecido Premio Pigasus en el 2004.


Nota sobre el protocolo experimental

Lo dejo en inglés porque me dan ataques cuando lo leo ¿se acuerdan de aquello de la primera parte contratante...?:

Tiers 1 and 2 each consisted of 4 blocks of prayer participants.
Prayer participants in tier 1, block A, received a single sheet of paper with 5 IVF patients' pictures, called a "treatment unit." The 5-patient "unit" was apparently chosen because 5 photos fit conveniently on a single page.
Prayer participants in tier 1, block A, prayed in a directed manner with a specific intent to "increase the pregnancy rate" for patients in the assigned unit. Prayer participants had no information about the patients they were praying for except for a photograph (no name, no age, etc.) on a page with 4 other photographs.
Prayer participants in tier 2, block A, were asked to perform 2 different types of prayer. First, they prayed for the prayer participants in tier 1, block A, with the intent to "increase the efficacy of prayer intervention." In other words, they were apparently praying to increase the effectiveness of their colleagues' prayers, whatever those prayers might be.
The study design is no longer testing whether prayer works but rather testing whether prayer, when reinforced by overlapping layers of prayer participants praying for each other, works. Next, prayer participants in tier 2, block A, also prayed in a nondirected manner for the study patients with the "intent that God's will or desire be fulfilled in the life of the patient."
Similar nondirected prayers apparently took place in all of the other prayer blocks. Finally, in addition to all of the above groups, tiers, blocks, and units, a separate group of 3 individuals prayed in a general, nonspecific manner with the intent that "God's will or desire be fulfilled for the prayer participants in tiers 1 and 2." In other words, these final 3 prayer participants were apparently praying to increase the efficacy of the second tier of prayer participants, who were in turn praying to increase the efficacy of the first tier of prayer participants, who were in turn praying for increased pregnancy rates in the study patients. The authors offer no explanation for this confusing study design.

31 mayo 2008

[Breves] Firmas por un CV único

burocracia.

4. f. Administración ineficiente a causa del papeleo, la rigidez y las formalidades superfluas.

Pues eso, en la Universidad de Sevilla se les ha ocurrido pedir firmas para apoyar una solicitud razonable: que los curricula de los investigadores españoles sean únicos, un solo formato válido para todo trámite oficial. Aquí ya traté ese tema una vez aunque en mi post iba por otro lado, pidiendo que los CV fueran, además, públicos.

En cualquier caso, la situación actual es delirante. Yo acabo de rehacer mi CV en un formato peculiar para solicitar un complemento autonómico por investigación (formato a). Previamente lo había introducido muy trabajosamente en una aplicación de la universidad para que el grupo estuviera visible en la web institucional (formato b). Pero antes lo había hecho en otra aplicación distinta de la Junta de Extremadura (formato c), casi simultáneamente a un proyecto que presenté a la CYTED (formato d) y distinto al que pedí al Ministerio en la convocatoria nacional del mismo año (formato e).

Ahora que los investigadores podemos tener nuestro identificador único es el momento en que el Ministerio tome las riendas de algo y lleve adelante esta iniciativa. Por lo tanto, los que lean esto pueden acceder a la web en cuestión donde explican más detalladamente qué se pide. Y firmar, claro.

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