21 mayo 2008

Software libre, según para quién

Google Code es un servicio de Google para alojar código y proyectos de aplicaciones. Muchas de estas se acogen a licencias Open Source como GNU General Public License (una entre muchas otras).

En la sección Open Source Definition de la Open Source Initiative se señala, en su cláusula quinta:

  • The license must not discriminate against any person or group of persons.
  • La licencia no debe ejercer discriminación sobre ninguna persona o grupos de personas.

El problema surgió con un programa llamado Sextante, desarrollado en la Universidad de Extremadura. Sextante es un Sistema de Información Geográfica acogido a una licencia GNU/GPL y que se ha integrado en otro sistema llamado gvSIG (también GNU/GPL).

En uno de los correos del foro, un colega comentaba que no podia usar Sextante ya que a la hora de descargar el código le aparecía este mensaje:

You are accessing this page from a forbidden country.

El mencionado colega es cubano.

Y la explicación es que mientras la web de Sextante está alojada en España, el código lo está en el mencionado Google Code que está sujeto a la normativa de los EE.UU. que es donde Google tiene sus servidores. Dicha normativa mantiene la prohibición de acceso a países malignos entre los cuales está Cuba.

Revisando correos y comentarios me he encontrado con que estas restricciones afectan a software que todos apreciamos como la quintaesencia de la "libertad" y/o de la innovación; por poner sólo dos ejemplos:

En fin, que el software libre lo es pero no tanto, aún falta voluntad y convicción. Por cierto, que las listas de destinos prohibidos son monumentales, no sólo figuran países sino empresas y personas con sus nombres y direcciones. Una auténtica lista negra.

18 mayo 2008

Sea doctor sin esfuerzo (o casi)

¿Pasándolas canutas con la tesis? ¿Se le han muerto todas las Drosophila en el corte de luz del fin de semana? ¿Le ha entrado un virus simultáneamente a su ordenador y a las copias de seguridad? ¿Que no tenía usted copias de seguridad, dice?

Pues no se preocupe, el mundo no se ha terminado: puede usted ser doctor (Ph. D. de los buenos) en un año por la Open International University for Alternative Medicine. Aunque en realidad, como esa universidad parece tener dificultades con sus títulos, lo será por otra que mola mucho más, la New Age International University. Y de los EE.UU. además, que son más prestigiosas.

¿Cuáles son los requisitos? Pues para ser admitido basta con haber cursado un grado en cualquier "institución auténtica". Qué sea eso de auténtica lo desconozco pero dense cuenta de que, al menos en España, se ahorran los enojosos, caros y frecuentemente inútiles cursos de doctorado y el tiempo que suponen.

Luego llega la hora de la verdad: debe usted enviar un trabajo de investigación "original y auténtico" (de nuevo) que servirá de Tesis siempre que tenga 300 páginas como mínimo. El tema será cualquiera relacionado con medicinas alternativas y deberá estar visado por una "persona competente". Una tesis como la de John Nash y algunas otras no serían admitidas por aquí pero bueno, ellos no tenían problemas.

Luego ya sólo queda el papeleo: pagar 850 dólares (ahora, tal como está el euro, para los europeos esto es una ganga). Eso sí, por adelantado. ¿No se lo creen? Miren aquí. Ahora me explico tanto doctor esotérico suelto.

Nota: la pista de estos jetas me la dió M. A. Sabadell en su artículo de esta semana en Público: los mensajes de agua. Léanlo que merece la pena.

16 mayo 2008

Dino, Rufus y la Tierra joven

Dibujo saqueado de "Grouñidos en el desierto"
Pulsa encima para ampliar

14 mayo 2008

Se construye la primera enzima artificial

Hace apenas tres meses en ¿Cerca de crear vida artificial? comentaba que el trabajo de Gibson y colegas había sido exageradamente tratado y "vendido" como lo que no era. Hoy les comentaré que acaba de producirse un avance espectacular en la síntesis de productos biológicos realmente artificiales y que ha pasado desapercibido, tal vez porque no está Craig Venter por el medio.

Donde un grupo de gente diseña por ordenador y construye mediante ADN sintético la primera enzima capaz de catalizar una reacción no biológica

Recordemos que las enzimas son catalizadores de reacciones químicas exclusivamente biológicas. Son proteínas extremadamente específicas que facilitan esas reacciones en minúsculas cantidades y sin ser consumidas en el proceso. Las enzimas actúan reduciendo la energía de activación necesaria para que la reacción química se produzca y esto lo realizan porque su estructura espacial facilita la reacción (ver explicación del plegamiento de las proteínas en el segundo post De los males de una dieta exótica). En una enzima funcional, este plegamiento proporciona un región llamada "sitio activo" donde las moléculas implicadas se fijan de una forma específica que permite la reacción en condiciones más favorables.

Dado que las enzimas pueden catalizar sólo reacciones biológicas muy específicas y en condiciones ambientales normalmente limitadas (a fin de cuentas funcionan en organismos vivos) sería relevante poder diseñar y construir enzimas artificiales, inexistentes en la naturaleza, pero capaces de catalizar reacciones de interés industrial o ambiental, desde la farmacología hasta la limpieza de contaminantes.

Pues la noticia es que se han construido las primeras enzimas artificiales. El proceso seguido me parece impresionante, pasen y vean.

Daniela Röthlisberger y colegas (14 firmantes) lo cuentan en un trabajo titulado Kemp elimination catalysts by computational enzyme design.

Röth y compañía eligieron dos reacciones químicas conocidas para construir una proteína con un sitio activo "de diseño". El diseño se realizó mediante computación masiva ya que era necesario definir una secuencia de aminoácidos que luego se plegara de la forma deseada, algo realmente complicado. Citan, por ejemplo, que para una proteína de 100 aminoácidos existen unas 10130 secuencias posibles, cada una de las cuales adoptará una forma plegada diferente que debe ser calculada.

Para esta ingente tarea se creó un proyecto de computación distribuida al estilo de SETI@home pero que en este caso se llama Rosetta@home. El proyecto debía deterinar qué secuencia era la apropiada para conseguir los "sitios activos" diseñados teóricamente por tres de los coautores y que se suponía podrían funcionar dadas las estructuras de las moléculas intervinientes.

Encontradas esas estructuras virtuales candidatas a ejercer de enzimas, se crearon genes artificiales que codificaran la secuencia de aminoácidos deseada. Este ADN sintético se insertó en la bacteria Escherichia coli que fabricó por primera vez una proteína que nunca existió en la naturaleza.

La primera sorpresa fue que las enzimas funcionaban. Y la segunda que funcionaban bien, multiplicando la tasa de reacción unas decenas de miles de veces. Sin embargo no se quedaron aquí y el siguiente paso es también sorprendente: los científicos mutaron el ADN artificialmente (buscando una especie de evolución in vitro) para probar los resultados que se obtenían con esas variaciones aleatorias. Poco a poco consiguieron multiplicar por 200 las velocidades de las reacciones catalizadas en primera instancia llegando a tasas de reacción de un millón de veces respecto a las no catalizadas.

Esto sí es diseño inteligente. Literalmente.

Por fin el descubrimiento de la NASA

El tan esperado por anunciado notición de la NASA es interesante pero reconozco me ha dejado algo frío, esperaba más. Se trata de la localización de una supernova en nuestra propia galaxia que estalló hace sólo 140 años. La explosión no pudo ser vista al estar cerca del centro de la galaxia y quedar oculta por densas masas de gas y polvo.
La noticia original aquí.

12 mayo 2008

¿Informaron los marcianos a Jonathan Swift?

El misterio misterioso está servido ¿cómo pudo Jonathan Swift saber con "escalofriante" exactitud los parámetros orbitales de los dos satélites de Marte 150 años antes de que se descubrieran?

Hay bastantes referencias en internet sobre esta cuestión por lo que les pondré sólo una, la de Manuel Capella que en su web (impagable) firma un artículo donde nos pone en antecedentes (las cursivas son mías):
A veces basta con contar con los dedos para desmontar una fantasía: Jonathan Swift no sabía nada de los satélites de Marte por mucho que algunos se empeñen en afirmarlo


¿Quién no ha leído (o visto en película) en un momento u otro de su vida, los famosos "Viajes de Gulliver", de Jonathan Swift? Pues bien, esta obra mordaz y profunda de la "literatura infantil", quizás encierre unas informaciones científicas asombrosas. Pero vayamos por partes: oficialmente, los dos satélites del planeta Marte, Deimos y Fobos, fueron descubiertos por el astrónomo norteamericano Asaph Hall en el año 1877. [...] Pero a poco que analicemos, veremos que son descritos en la obra de Jonathan Swift, con sus parámetros exactos, y esto en 1726, o sea, 15O años antes de su "descubrimiento".

En la tercera parte de los "Viajes de Gulliver", se describe los dos satélites de Marte, por boca de su personaje, y da sus coordenadas con una precisión escalofriante: Leemos en el texto de Swift: "Han descubierto (se refiere a los astronautas tripulantes del gigantesco "disco" o "ciudad volante" que secuestraron a Gulliver), dos estrellas interiores o satélites, que giran alrededor de Marte, del que el más próximo se encuentra de su centro a tres veces exactamente de su diámetro y el más alejado a una distancia de cinco veces el mismo diámetro". Diana total. Estas medidas son completamente exactas. Gulliver proporciona muchos más datos, que por falta de espacio vamos a omitir, pero que son tan correctos y precisos como los anteriores. Pero la pregunta que hay que hacerse es ¿cómo llegaron esos datos a Swift?

¿Cómo se resuelve este misterio? ¿Cómo sabía Swift los detalles de las dos lunas de Marte antes de que la ciencia los descubriera? Vamos a confirmar algunos datos a ver si lo del escalofrío se sustenta.

Respecto a los datos que da Swift tenemos suerte porque son explícitos y claros: en el capítulo III de la tercera parte, A voyage to Laputa, Balnibarbi, Luggnagg, Glubbdubdrib, and Japan, se encuentra el párrafo en cuestión que traducido es algo así:

Asimismo han descubierto dos estrellas menores o satélites que giran alrededor de Marte, de las cuales la interior dista del centro del planeta primario exactamente tres diámetros de éste y la exterior, cinco; la primera hace una revolución cada diez horas y la última cada veintiuna y media; así que los cuadrados de sus periodos están casi en igual proporción que los cubos de su distancia al centro de Marte; lo cual muestra que están gobernados por la misma ley de gravitación de influye sobre los otros cuerpos celestes.

Los "muchos más datos" que menciona la web de don Manuel se refieren a dos: los respectivos periodos de rotación alrededor de Marte. Tenemos, por tanto, 4 datos para contrastar y escalofriarnos (o no): radio de las órbitas y periodos de rotación. Así podremos valorar si a Swift le dieron el chivatazo los marcianos tal como sugiere don Manuel:

Pues bien: las informaciones sobre los satélites de Marte fueron dadas a Gulliver por sus amigos, los tripulantes de la "Isla Voladora". ¿Tripulantes de un Ovni? Y éstos ¿cómo lo sabían? Y por si fuera poco le dijeron a Gulliver que ellos eran marcianos, que venían del "Planeta Rojo". Gulliver (Swift en este caso) tuvo información que "alguien" le hizo llegar. Informaciones que han resultado ser ciertas. La única duda que subsiste es saber quién era ese alguien. ¿Extraterrestres?. ¿Marcianos?

Afirmaciones de Swift (dato necesario: Marte tiene un diámetro de 6794 km):
  • Fobos. La distancia de la órbita a Marte sería de tres veces al diámetro de este: 20382 km. El periodo orbital sería de 10,0 h.
  • Deimos. La distancia de la órbita a Marte sería de cinco veces al diámetro de este: 33970 km. El periodo orbital sería de 21,5 h.
Datos reales:
  • Fobos. La distancia de la órbita a Marte es de 9377 km (46% del "dato" de Swift, DS). El periodo orbital es de 7,6 h (76% del DS).
  • Deimos. La distancia de la órbita a Marte es de 23460 km (69% del DS). El periodo orbital sería de 30,3 h (141% del DS).
Ahora ya podemos responder a la pregunta inicial de ¿cómo pudo Jonathan Swift saber con "escalofriante" exactitud los parámetros orbitales de los dos satélites de Marte 150 años antes de que se descubrieran? Respuesta: no pudo. No lo hizo, ni con "escalofriante" exactitud ni con una razonable aproximación.

Swift acertó, en efecto, en el número lunas (obviemos piadosamente lo de "estrellas menores") pero ni siquiera fue el primero que lo dijo ya que Kepler lo había propuesto un siglo antes. Cierto es que lo hizo basándose en un razonamiento irreal (aunque no descabellado para la época). No se sabe Swift estaba enterado de esto o acertó por casualidad pero cualquiera de estas dos opciones es mucho más verosímil que un ET chivato.

A Swift podemos concederle, por tanto, el mérito de la imaginación y de la crítica social pero no el de tener acceso a misteriosa información privilegiada. Lamentablemente, en un mundo donde la información está al alcance de unos "clicks", los estusiastas de la marcianidad ni siquiera han tenido la curiosidad de buscar los datos reales y contar con los dedos. Pero así funcionan estas cosas.

Nota:

El que quiera curiosear en la publicación original del descubrimiento de ambos satélites marcianos por Asaph Hall puede ver un facsímil aquí (The Observatory, 1(6): 181-185, 1877.

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