Ciencia oscura

No es oro todo lo que reluce. Cada mes se publican decenas de miles de artículos científicos. Sólo en la ISI Web of Knowledge dicen que tienen indexadas 22000 revistas periódicas cuyo ritmo de publicación es variable pero cuya media podría ser un número mensual. Hay mucha ciencia por ahí fuera, en efecto ¿pero tanta?

Y la respuesta es que posiblemente no, que hay una inflación de artículos realmente agobiante y que una mayoría de los trabajos que se publican son irrelevantes.
La mitad de las publicaciones científicas apenas llega a obtener media docena de citas a lo largo de los años. Desbrozar la ingente cantidad de publicaciones que nos inunda retrasa la localización de los trabajos realmente valiosos.
Si esto fuera así tendría al menos dos consecuencias negativas: que la ingente cantidad de artículos oculta los interesantes luego resulta fácil que algunos imprescindibles pasen desapercibidos al menos durante un tiempo y que cada vez es necesario invertir una mayor cantidad de tiempo en mantenerse al día en la revisión bibliográfica.

¿Cómo podemos comprobar si es cierto eso de que sobran artículos? Una forma razonable es estimando el impacto de los artículos en la comunidad científica donde el estadístico más razonable es el número de citas: a más citas, más relevante es el trabajo, más te han tenido en cuenta.

Empecemos un análisis simple. ¿Cuál es el número medio de citas por artículo? Lógicamente depende del año de publicación porque los artículos van acumulando citas con el tiempo y por la dinámica de la publicación es prácticamente imposible, por ejemplo, que algo publicado hace un mes tenga citas este año.

En la web mencionada hay estadísticas que iluminan este asunto y les reproduzco algunas básicas referidas a la última década (publicaciones desde 1997).

Para empezar, nuestra esperanza general de citas no es especialmente alta: de media, un trabajo es citado 8.8 veces al cabo de 10 años. Esta cifra, sin embargo, no es representativa por sí sola porque las citas varían mucho según el campo de conocimiento y es interesante ver que en cabeza están la biología molecular y genética (23.6 citas/artículo), la inmunología (19.1), la neurociencia (16.3) y la biología y bioquímica (15.1). A la cola están las ciencias sociales (3.5), la ingeniería (3.3), la matemática (2.6) y la informática (2.5).

¿Dan estas cifras una idea de lo dinámico del campo en cuestión? Lo dejo a su opinión.

El siguiente paso es que la media aritmética no es aquí un buen estadístico porque la distribución de citas está muy fuertemente sesgada. Veremos a continuación que podemos distinguir entre lo que podríamos llamar una ciencia influyente, poderosa, sexy, que muchos tienen en cuenta, y una ciencia oscura, muy oscura, muy oscura...
En la primera están, lógicamente los artículos más citados. Por ejemplo, un artículo titulado "Gapped blast and psi-blast: a new generation of protein database search programs" ha recibido 17567 citas en los últimos 10 años. Es el record porque en otros campos "apenas" llegan a las dos mil o tres mil. Y claro, para compensar esta minoría es necesario que haya algo en el otro extremo.

Para verlo mostraremos los percentiles que no son otra cosa que el número de citas que alcanza un cierto porcentaje de artículos. Aquí merece la pena centrarse en un año concreto, por ejemplo, el 2000, para el cual ya ha habido tiempo suficiente para que las aportaciones sean conocidas y se pueda hacer referencia a ellas.

A nivel general (todos los campos juntos, ver abajo) y para un trabajo publicado en el año 2000, sólo un 1% de los trabajos llega a las 115 citas y un privilegiado trabajo de cada mil llegará a las 328. Por campos la cosa varía, como es lógico. Aquí tienen una tabla resumen.

Más que fijarme en el orden de los campos me gustaría llamar la atención sobre que el 50% de los trabajos dificilmente será citado más de media docena de veces en su gris existencia impresa. En un muestreo más o menos aleatorio me salió que un 40% de los trabajos no son citados nunca. A lo cual hay que añadir que los que están a continuación probablemente lo deben en buena parte a autocitas, que no están descontadas de la estadística anterior.

No es difícil aceptar que la media docena de campos que están en cabeza son extremadamente activos en la ciencia del momento. Pero ¿alguien tiene alguna interpretación para la situación de la matemática como farolillo rojo en la lista? ¿O para el posible significado de la lista en sí?

Por una universidad moderna

La Comisión de Financiación Universitaria (Consejo de Coordinación Universitaria) acaba de dar a luz. Después de casi 3 años ha tenido un informe de 120 páginas que analiza los problemas de financiación universitaria y propone los nuevos caminos que los estos tiempos de hoy deben hacernos recorrer.
Eliminemos la financiación de las carreras minoritarias, introduzcamos politicos de "perfil bajo" en los órganos de dirección, penalicemos la investigación con "escasa demanda de los sectores productivos". Sugerencias para una universidad moderna del Consejo de Coordinación Universitaria.
O más exactamente "los cambios que debe de abordar para mejorar su nivel de excelencia y su rentabilidad social". Me hubiera gustado que definieran ese concepto (rentabilidad social) pero eso quedará para otra ocasión.
He recorrido con paciencia el informe la noche pasada y les comento con brevedad mis primeras impresiones. Una es que el que enfoque me parece peculiar. Creo que se me leyendo este párrafo (pág. 8):

En conclusión, deseamos emular el comportamiento y los rasgos de los sistemas universitarios que han contribuido al desarrollo social, cultural y económico de sus respectivos países y han logrado resolver con éxito su posición competitiva en la economía globalizada; especialmente los de algunos sistemas de países que comparten, en el contexto europeo, nuestro modelo social: Finlandia, Suecia, Holanda, Dinamarca o Reino Unido. También deseamos emular rasgos de otros sistemas universitarios que, aunque pertenecen a países con sistemas sociales y de regulación muy diferentes al nuestro, han logrado un elevado nivel de calidad y de eficiencia.

Se podría enmendar la mayor: tengo claro que nuestra universidad ha "contribuido al desarrollo social, cultural y económico" del país (las cifras que se barajan en el informe no lo contradicen en absoluto) y, simultáneamente, no creo que sea una meta especialmente trascendente "resolver con éxito su posición competitiva en la economía globalizada", suponiendo que entendiera qué significa eso.

Pero si de emuladores vamos, creo que la hipótesis es muy arriesgada: emulando ciertas cosas llegaremos a las mismas metas. Y eso no tiene que ser así necesariamente. Tanto más porque se emulan cosas concretas y no el contexto social, histórico y económico que ha guiado o acompañado a esas universidades en su trayectoria.

¿Y qué vamos a emular? Pues algunas medidas y algo de dinero. Todo ello se sugiere en varios lugares por el texto, mezclado con estadísticas, consideraciones y recomendaciones. Espulgando por las páginas encontramos algunas de ellas. Para no alargarme les he seleccionado tres.

1. Sobre la organización. Dicen:

"la mayoría de los países europeos que hemos citado como de referencia han emprendido reformas en sus sistemas de gobierno, caracterizadas por los siguientes elementos" (p. 12):

• reducción del peso de los colectivos académicos en la elección de los responsables ejecutivos principales de la universidad
• participación creciente de directivos externos a las universidades, de bajo perfil político (sic), en los máximos órganos de dirección
• designación directa de los decanos y los directores de departamento por el rector

He elegido sólo los tres "elementos" que más me llaman la atención. Creo que no hacen falta comentarios aquí.

2. Sobre la financiación (pág. 37).Las administraciones públicas y el sector privado tendrán que aumentar sus aportaciones a la financiación de las universidades. Las aportaciones privadas vendrían de:

• el incremento de la formación no reglada
• el incremento de la "provisión de servicios" a la empresas

Esta parte nos lleva a buscar dinero mediante la oferta de cursos de verano, de especialización y otras variantes de docencia espuria que, de hecho, ya se utilizan actualmente como recurso gastronómico. No estoy nada seguro de cómo se organizaría esto sin más profesorado pero, en cualquier caso, se configura una enseñanza de segunda que incentiva la carrera de acumular diplomas y donde, por cierto, no es bueno suspender a nadie.

Sobre la oferta de servicios (se supone que son sólo de I+D+I) puede llevarnos a priorizar la investigación aplicada y sólo en temas que se consideren económicamente interesantes para las empresas que se metan en el fregado. La investigación básica, bajo este enfoque economicista, sobrevivirá con las migajas.

3. Sobre la docencia e investigación. El modelo de financiación futuro no debe "financiar ineficiencia" entendiendo como tal, entre otras cosas (p. 51):

• servicios docentes demandados por debajo del umbral que el financiador considera que justifica la existencia de la oferta
• oferta de I+D+I adicional a la estructural con escasa demanda de los sectores productivos

La primera frase es antológica en su retorcimiento pero lo aclaran despues: "es difícil comprender, salvo por razones estratégicas, de interés general o de existencia de capacidad docente estructural no reducible, ofertas de titulaciones de grado con un número de nuevos entrantes anuales por debajo de 75 alumnos". Entiendo que aquí se avisa de la eliminación de titulaciones aunque no se especifican los mecanismos de erradicación parece que vendrían por estrangulamiento económico ya se considera necesario:

"ajustar la intensidad con la que se vienen ofertando determinadas enseñanzas universitarias que muestran reiteradamente una reducida demanda"

En el segundo punto (oferta de I+D+I) entiendo que se supedita la investigación, desarrollo e innovación a la demanda empresarial coyuntural, coherentemente con lo expuesto en el apartado 2.

A mí me hubiera gustado otra cosa. Ya contarán su opinión.

Frases en el V Congreso de Universidades

Si queremos conseguir resultados factibles en poco tiempo se necesitan nuevos centros y ‘fichar’ científicos como si se tratara de jugadores de fútbol.

José Barluenga Mur
Catedrático de Química Orgánica de la Universidad de Oviedo

Sería un experimento apasionante dar a los asistentes a esta reunión 90 segundos para expresar sus ideas sobre lo que es y debe ser la universidad. ¡Qué tiempos en los que los equipos de fútbol tenían "cantera"!

Una silenciosa catástrofe

Se han descrito algo más de 5700 especies de anfibios en el mundo. Un tercio de ellas está amenazado. Como ocurre con otros grupos, la desaparición del hábitat es un factor clave en el progresivo retroceso de estos animales, muy ligados a su entorno y extremadamente frágiles ante sus variaciones. Pero hay más.
Malos tiempos para las ranas. Un hongo parásito, enfermedades víricas y la destrucción del hábitat hacen que un tercio de las especies de anfibios esté amenazada y más de un centenar se hayan entinguido en los últimos años.
Desde hace unos 20 años las poblaciones de anfibios están decayendo lenta pero rápida y constantemente. Rheobatrachus silus fue descubierta en 1973 en las cordilleras de Queensland, en Australia. Durante los años siguientes, los biólogos asistieron al espectáculo de la progresiva desaparición de las abundantes poblaciones iniciales sin motivo aparente. Actualmente esta rana, que incubaba sus huevos en el estómago, está en la categoría de extinta en las listas de la UICN (ficha aquí) No se ha encontrado ningún ejemplar desde 1981. Pero no fue un caso aislado: al menos otras 13 especies de ranas de los bosques húmedos de montaña de esta zona de Australia corrieron la misma suerte en los mismos años.
Se sospecha que al menos 122 especies se han extinguido desde 1980 y muchas más han visto mermadas sus poblaciones. Y se sospecha también que la escasa atención que se le presta a este grupo hace que una parte importante del desastre no sea evidente. Por ejemplo, según el trabajo de La Marca et al. publicado en Biotropica en el año 2004 (enlace) el género Atelopus contaba con 113 especies descritas de las cuales 30 no han sido observadas en los últimos 8 años, otras 42 han visto reducidas sus poblaciones a menos de la mitad y sólo 10 especies mantienen poblaciones estables. Del resto no hay datos.
Cuando saltaron las alarmas también se vió que el fenómeno era general, no sólo de unas zonas concretas o de un continente. Y que muchas de las especies vivían en zonas que aparentemente no habían sufrido alteraciones importantes o, como en el caso de Australia, estaban incluso declaradas Parque Nacional.

En 1998 se publicó un trabajo (Berger et al., 1998, PNAS, 95:9031-9036) donde se destapó la posible causa: en la piel de los cadáveres recogidos en Australia y Panamá durante los periodos de mortandad masiva se encontró un hongo hasta entonces desconocido. Datos experimentales corroboraron que la infección era frecuentemente mortal, según las especies.
Este tipo de hongos (grupo Chytridiomycota) es ubicuo en habitats acuáticos y suelos húmedos, donde degradan celulosa, quitina y queratina. Los parásitos conocidos lo eran de plantas, algas, protozoos e invertebrados y, al final, los anfibios tuvieron el dudoso honor de constituirse en el primer caso conocido de parasitismo de vertebrados por un hongo de este grupo que fue bautizado Batrachochytrium dendrobatidis. Aparece sólo en los tejidos queratinizados por lo que puede suponerse que usan la queratina de la piel como alimento. El mecanismo por el cual produce la muerte de los ejemplares infectados no se conoce con seguridad aunque se ha propuesto que la reacción de hiperplasia ante la infección impide el normal intercambio gaseoso a través de la piel. Recordemos que en los anfibios son especialmente sensible a problemas de este tipo debido a que el intercambio de agua y gases a través de su piel es vital (literalmente) en ambas fases de su ciclo de vida.
Un trabajo del año pasado (enlace) ha logrado documentar el efecto devastador de la infección por B. dendrobatidis en poblaciones de El Copé, en un Parque Nacional de Panamá. La aparición del hongo se detectó en septiembre de 2004 y en los 6 meses siguientes fueron recogiéndose cientos de cadáveres según el parásito se expandió afectando al 57% de las especies de ranas y salamandras y con una prevalencia superior al 50%.
En otra publicación del año 2004 (enlace) nos muestran una figura que resume lo conocido del proceso señalando además que el declive no es aleatorio y afecta preferentemente a especies de la montaña neotropical asociadas a cursos fluviales.

Causas y porcentajes del declive de especies de anfibios clasificadas por familias (fuente)

La micosis surgió más o menos simultáneamente en Australia y América. La causa no se conoce aunque se ha sugerido que el patrón de infección y su avance coincide con el de un patógeno introducido en poblaciones antes libres. El hongo aparece en especies de zonas más bajas y secas (incluyendo larvas) sin que se manifiesten síntomas de enfermedad por lo que se plantea una introducción accidental debido a la suelta, tráfico o comercio de ejemplares infectados fuera de sus habitats nativos.
Los problemas de los anfibios no acaban ahí ya que se han descubierto muertes masivas debidas a varias enfermedades víricas que parecen estar en expansión por causas que tampoco se conocen.

En resumen: está en marcha un proceso de extinción del cual sólo sabemos la causa inmediata pero no las circunstancias que permitirían proponer soluciones (si las hubiera). El proceso es rápido por lo que tampoco hay mucho tiempo para actuar, de hecho, más de un centenar de especies ya se han extinguido. Y aún así, otros procesos siguen su imparable marcha: deforestación, desecamiento de Zonas húmedas, contaminación de los cursos fluviales, lagos y embalses.
The Amphibian Ark es un proyecto que ha surgido para intentar paliar este desastre ganando tiempo mediante el "rescate" de individuos, su conservación en habitats artificiales y, se supone, su reintroducción cuando sea más oportuno. Una iniciativa desesperada de la cual no he conseguido muchos detalles pero que necesita unos 2.5 IWD de financiación (1 IWD, o Iraq War Day = 190 millones de dólares).

Por la boca muere el pez

Don Miguel Ángel Quintanilla Fisac, Secretario de Estado de Universidades e Investigación, debería tener asesores para quedarse mudo de vez en cuando. Me entero a través de Assembleia de Filosofía, que en el V Congreso de Universidades, celebrado en Toledo hace unos días dijo, hablando de las relaciones universidad-empresa:

"Se trata de ofrecer a las empresas lo mejor de la universidad, la mejor mercancia"

Con lo cual ya lo ha dicho todo y yo no voy a comentar nada que son las 0:01 y a estas horas puede uno soltar más de una impertinencia. Las declaraciones aquí, los comentarios de la asamblea de estudiantes de filosofía de la Universidad de Santiago de Compostela aquí.
Hace unos meses comenté algo sobre sus intervenciones y singular capacidad para molestar y crear problemas, en vez de solucionarlos. Se nota que necesitaba un poco de protagonismo.

5 directrices con estrambote para tu tesis doctoral

Hace más de un año toqué este mismo tema pero tan vez de forma demasiado prolija. Les traigo un remake breve pero (espero) intenso para que esa tesis doctoral tenga un planteamiento adecuado, un nudo no traumático y un desenlace feliz. No hay misterios pero sí algunas normas simples que hacen bueno el refrán: más vale prevenir que lamentar. A ello:

• Empieza por elegir bien a tu director de tesis. Sí, elígelo tú, adelántate. Es una decisión importante porque un director que no ejerza de tal, en el mejor de los casos no te ayudará, y en el peor hará que la tesis fracase. La acción profiláctica es vital porque además hay doctores que se prestan a ser directores pero luego no ejercen, bien por falta de tiempo, de dedicación o por simple incompetencia. ¿Cómo distinguir un buen director de un director “virtual”? Pues enterándose:
  

• investiga las circunstancias del "candidato". Comprueba cuantas tesis está dirigiendo y mira que no sea ni ninguna ni muchas. Si aparece una docena lo más recomendable es una retirada a tiempo porque no cabe posibilidad alguna de atender a esa cantidad de tesis simultáneamente: esos doctorandos estarán abandonados a su suerte y quien los acompañe estará en idéntica condición.
  
• asegúrate de cuantas tesis dirigidas por el candidato a director han sido defendidas con éxito en los últimos años. Ese dato nos dará una idea de nuestra expectativa de éxito ya que los pupilos de los directores virtuales rara vez acaban.
  
• comprueba que tu candidato sea realmente un investigador y capaz de dirigir la investigación de otras personas. Mira qué publicaciones tiene y confirma que sabe lo que se trae entre manos, si trabaja en equipo y cual es la productividad científica de su grupo de trabajo.
  
• habla con los otros doctorandos, pregúntales cómo van, qué problemas tienen, cuánto tiempo llevan en ello y qué tal es su director. Habrá gente discreta que no dirá gran cosa pero a poco observador que seas notarás si hay problemas.
  
• si el candidato supera los pasos anteriores habla con él y confirma que el trato es bueno y que es y está normalmente accesible. El director de tesis puede ser cualquier doctor, aunque resida en otro país. Sin embargo, no recomiendo elegir un director con el que no puedan hacerse reuniones, como mínimo, mensuales. En mi experiencia, la dirección de tesis “a distancia” no funciona.

• Elige bien tu tema. Bueno, aquí me temo que no te toca a tí. Defiendo que son los directores los que deben decidir el tema de tesis de sus doctorandos ofreciendo tres o cuatro opciones. Esto parece una conducta dictatorial pero tiene una justificación práctica: todo investigador normal tiene una o dos líneas de investigación sobre las que está al día en bibliografía y conocimientos, así como de los problemas pendientes que pueden ser objeto de tesis. De esta forma, tendrás garantizadas varias cosas: que el problema planteado es real y está pendiente de solución (es un buen tema, en consecuencia), que el director tiene experiencia y conoce el asunto (y por lo tanto podrá asesorarte con solvencia) y, finalmente, que tendrá ya recopilada la bibliografía básica. Lo ideal sería que las nuevas tesis se apoyaran en las ya finalizadas avanzando poco a poco en una línea de investigación coherente. Si cada doctorando planteara su tema preferido, el director debería dirigir, asesorar y solucionar problemas de temas sin relación entre sí y que, además no tendrían relación con sus propias líneas: lo haría mal.
  

• Define el camino. Las tesis en las que no se sabe muy bien qué hay que hacer no se finalizarán. Frecuentemente no sobrevivirán más de unos meses por pura desorientación y desánimo. Para comenzar con buen pie, el problema a solucionar debe estar completamente claro y una forma de conseguirlo es empezar elaborando el índice. Definido el tema y título de la tesis, el director y el doctorando deberán reunirse y de esa reunión debe salir un índice preliminar de la tesis. Este índice debe especificar el flujo de trabajo en la medida de lo posible para que actúe de guía. Es seguro que el índice cambiará en cierta medida pero será una referencia valiosa para comenzar. En esta etapa, el director proporcionará la bibliografía fundamental que debes leer. No será una bibliografía exhaustiva, que sólo valdría para confundir, sino unos pocos trabajos bien elegidos que servirán para comprender y acotar bien el problema que la tesis debe resolver. El resto de la lectura vendrá en una etapa más avanzada.

• Mide tu esfuerzo. Las tesis no deben ser eternas y que sus objetivos deben ser alcanzables en un plazo razonable y sin alta probabilidad de contratiempos serios. Hay proyectos de tesis donde se propone resolver media docena de problemas, cada uno de los cuales podría ser objeto de una tesis por sí mismo. Esto es típico de una mala planificación y debe evitarse. ¿Qué es un plazo razonable? Pues no más de tres años (la realidad suele encargarse de alargar ese tiempo). No te plantees nada para lo que sea necesario tener datos, instrumentos o métodos que no sean fáciles de obtener aunque sería mucho mejor tenerlos ya al principio. Por supuesto, la extensión de la tesis (medida en número de páginas) es irrelevante pero asegúrate de que eso lo entiende tu director. Lo que importa es que aportemos algo original al conocimiento, y eso no es función de la extensión del documento. Ya hay muchas tesis de menos de cien páginas, mientras que otras son volumétricamente infumables. Por poner un ejemplo conocido, la tesis de John Nash (el matemático protagonista de la película “Una mente maravillosa”) se presentó en la Universidad de Princeton en 1950 y tenía 27 páginas.

• Márcate un ritmo y un calendario. Sí, el trabajo debe ser intenso: la expresión “voy a empezar la tesis pero la voy a hacer con calma, porque no tengo prisa” significa en el 99% de los casos que esa tesis no se acabará (incluso no se empezará). La realización de una tesis se beneficia de un ambiente especial de intensidad, no de relajación. Una cuestión más a tener en cuenta: cuando el director de la tesis nos asigna un tema estamos aceptando una responsabilidad porque, a partir de ese momento, ese tema ya no puede dárselo a otras personas. Si no trabajamos en la tesis estamos actuando irresponsablemente y perjudicando al director y a otros posibles doctorandos.

• otras pequeñas cosas:

• si es posible, los datos deben estar disponibles desde el principio. Existe una ingente cantidad de datos ya recogidos y disponibles por lo que si somos capaces de planificar una tesis que los use tendremos mucho camino avanzado. Si nuestra tesis necesita una toma de datos específica, esta no debe suponer más del 15-20% del tiempo total.
• la bibliografía debe estar a nuestro alcance no sólo por tener acceso a ella sino por saber leerla: mal asunto plantearse una tesis sobre Kant y no saber alemán, o una tesis de ciencias (cualquiera) y no saber inglés.
• seamos ordenados y usemos aplicaciones adecuadas para la gestión de la tesis; por ejemplo, la bibliografía debe estar integrada en una base de datos. Programas como EndNote son extraordinariamente útiles para gestionar las referencias en el texto de la tesis. Otros, como SigmaPlot, nos permitirán realizar gráficos de buena calidad. Los procesadores de textos del MS Office o de OpenOffice.org tienen características que si se utilizan nos ahorrarán mucho tiempo y prevendrán errores: referencias cruzadas, uso de estilos, inserción automática de tablas de contenidos...
• no elijamos un tema de tesis que dependa totalmente de resultados que se obtendrán en una etapa tardía de la elaboración. Si esa etapa fracasa habremos perdido una enorme cantidad de tiempo.
• se supone que debemos conocer la totalidad de la bibliografía relevante de nuestro tema de tesis, no sólo unas cuantas referencias. Al llegar el momento de la defensa pública, el doctorando debe ser el que más sabe del tema tratado y no puede correr el riesgo de haber ignorado trabajos relevantes por desidia o una mala búsqueda documental. Por cierto: hay que revisar y conocer las publicaciones de los integrantes del tribunal. Si son buenas, deberían aparecer en las referencias de la tesis. Si son malas, esa persona no debería estar en el tribunal.
• respecto a los tribunales, la norma básica es prevenir y evitar problemas innecesarios. Nuestro director de la tesis deberá evitar proponer a personas conflictivas, desequilibradas o con tendencia a intentar ser la novia en la boda y el muerto en el entierro. Estar en un tribunal da a sus miembros un poder temporal importante y hay gente que cae con facilidad en el efecto dibu.