España en la ciencia mundial: síntesis "h"

En SCImago se presentan estadísticas globales sobre la ciencia en el mundo que son difíciles de extraer de otras fuentes. Con los datos que nos dan es posible ubicar a todos los países en una escala de influencia científica y no sólo de producción. ¿Cómo se miden ambas cosas? La producción es un parámetro simple: número de artículos publicados en revistas científicas.
La mayor novedad de SCImago es que también valora la influencia de dichos artículos ya que cabría la posibilidad de que un país publique mucho pero luego esos trabajos no sean tenidos en cuenta por el resto de la comunidad científica; por ejemplo, lo que se publica en chino difícilmente llegará más allá de sus propias fronteras. También es posible que una producción alta sea irrelevante por dedicarse a temas de interés local o por tratarse de "ciencia oscura" (ver referencia abajo).
SCImago usa el índice h para valorar esa influencia, algo que ya se había aplicado anteriormente a los investigadores de forma individual. El índice h valora la cantidad de artículos que alcanzan un número determinado de citas mediante un convenio curioso: si h = 100 significa que ese país tiene 100 artículos que han llegado a las 100 citas cada uno; si h = 185, ese país tiene 185 artículos con al menos 185 citas cada uno. Con este índice es inútil publicar mucho si no te cita nadie y, por otra parte, subir su valor es cada vez más exigente ya que pasar de 100 a 101 exige un artículo nuevo con 101 citas y que los que antes tenían 100 (uno al menos) recoja una cita más.
¿Dónde está España con este criterio? Abajo tienen unas cifras mínimas pero hay que hacer la salvedad de que deben tomarse con precaución ya que h no es un índice aséptico a la hora de comparar países porque está correlacionado con el tamaño de la población científica. Lógicamente,  Les recomiendo que jueguen un poco con la página para ver si su disciplina favorita está mejor colocada que la media y cómo a evolucionado en el tiempo. Les hago un mínimo resumen con datos para el periodo 1996-2008:

• España está a nivel general en el duodécimo puesto mundial, con h = 338; por número de publicaciones estamos en el noveno puesto, con 448240, lo que es indicador de una cantidad excesiva de artículos poco relevantes.
• Por disciplinas, mejoran la situación general en más de un puesto las siguientes (entre paréntesis figura el puesto): ingeniería química (7), matemática (8), artes y humanidades (9), ciencias ambientales (10), física y astronomía (10), veterinaria (10).
• Y empeoran la situación media: negocios y gestión (19), ingeniería (17), energía (16), salud (15), ciencias de los materiales (14).

Para realizar una comparación teniendo en cuenta el tamaño del país habría que considerar también el número medio de citas por artículo. Aunque aquí salen cosas muy raras con los países muy pequeños, en la lista de los grandes España desciende al vigésimo puesto más o menos, por detrás del resto de países europeos con las excepciones de Portugal, Grecia e Irlanda en cuanto a la Europa de los 15.
O sea, que ya sabemos qué disciplinas hay que cuidar para que no pierdan su puesto privilegiado, ganado a costa de trabajo y no necesariamente de inversión. No las machaquemos porque, por ejemplo, tengan pocos alumnos. El resto deberíamos dedicarnos a hacer investigación de calidad y no cantidad, aunque la meritocracia científica en este país aún no se basa en índice h ni en número de citas sino en el montón de artículos que tengas, aunque luego sólo sean citados por el propio autor.
Artículos relacionados: Ciencia oscura.
¿Quieren saber cuánto invierte cada país en ciencia? Miren aquí y tendrán una idea.

Aplicando el índice h a las revistas no hay sorpresas: Nature gana(599) seguida de cerca por Science (583) y, algo más alejadas, New England Journal of Medicine (497) y Cell (431).

[Foto] Callistemon

Callistemon, pulsar encima para ampliar.

Callistemon es el nombre de un género de arbustos originarios de Australia de los cuales se cultivan en España una docena de especies. En climas como este son un recurso interesante ya que soportan bien el calor estival y tienen una floración duradera y muy llamativas. De unos pequeños pétalos verdes que se ven en el centro de la inflorescencia surgen los estambres rojos con anteras amarillas.

Las 7000 láminas de la Real Expedición Botánica al Nuevo Reino de Granada

En 1783 comenzó la Real Expedición Botánica al Nuevo Reino de Granada, una aventura que duró 34 años. Dirigida por el sacerdote y botánico José Celestino Mutis, abarcó unos 8.000 km2 de territorio colombiano en la cuenca del río Magdalena. Fue la expedición más duradera de las que organizó la Corona española durante los siglos XVIII y XIX y formó a toda una generación de naturalistas y botánicos como Eloy Valenzuela, Sinforoso Mutis, Francisco Antonio Zea, Juan Bautista Aguilar, Jorge Tadeo Lozano y Francisco José Caldas.
La expedición tuvo dos sedes: entre 1783 y 1791 la base se localizó en Mariquita, cerca del Real de Minas de Santa Ana, hasta que en 1792 se trasladó a Santa Fe, donde a la muerte de su director en 1808, contaba con una nómina de treinta y cinco personas. Las labores expedicionarias siguieron hasta 1816 y al año siguiente los materiales de la expedición fueron trasladados a España.

La noticia es que el Real Jardín Botánico de Madrid acaba de publicar en internet los más de 7000 dibujos que se conservan en esta institución, espléndidamente digitalizados.
Disfruten de la obra de Francisco Javier Matís, Salvador Rizo, Antonio, Nicolás y Javier Cortés y Alcocer, Vicente Sánchez, José Manuel Martínez... sólo una muestra de hasta cuarenta dibujantes que la expedición tuvo durante su trayectoria.
Enlace a Los dibujos de la Real Expedición Botánica al Nuevo Reino de Granada.
La mala noticia es que no está permitido ni siquiera poner una miniatura de una imagen en este blog (ni en ninguno) porque la licencia es "mirar y no tocar". Una pena. El Arum italicum de la figura de arriba está tomado del Museo de Historia Natural de Londres.

Oremos por Cajasur

Hoy se junta todo. Se veía venir pero también es mala suerte que no hayan pasado un par de meses entre unas cosas y otras, aunque sólo sea para diluirlas. Por eso les pido indulgencia por decidirme hoy a escribir movido por una pataleta.
Por un lado me bajarán el sueldo el mes que viene. Un 7% dicen. Insisto en que no me quejo porque gasto menos de lo que gano, pero claro, esperaba algún gesto complementario.
El gesto ha llegado: Cajasur está en quiebra. No por la crisis exactamente sino porque durante años ha tenido unos administradores que se aliaron con constructores y promotores urbanísticos concediéndoles créditos sin ton ni son. Los créditos no han sido devueltos y Cajasur perdió, sólo en los tres primeros meses de este año, 114 millones de euros a añadir a los 600 del año anterior.
Cualquier persona sin conocimientos de economía, como yo, pensaría que esa entidad declararía quiebra, que los culpables de la catastrófica administración irían a juicio y que los propietarios pagarían el desaguisado mediante embargo de sus propiedades. Pero claro, como no se de economía me ha sorprendido la reacción del Banco de España: a Cajasur se le "inyectan" de forma inmediata 550 millones de euros, en una buena parte (un 70% he oído hoy) procedentes del erario público. Como curiosidad, es lo que yo ganaría con mi sueldo actual en los próximos 20000 años (más o menos) y un tercio de lo que no se pagará a los jubilados el próximo año.
El problema es que, además, no será suficiente. La magnitud del agujero no se hace pública pero se oyen cifras entre los 1500 y 3000 millones de euros. Eso para una caja de ahorros que supone apenas el 0.6% de la banca española.
A los administradores se les abre un expediente (me da la risa) y la Iglesia Católica sigue siendo la propietaria de la Caja porque lo único que ha perdido es la capacidad de gestión. Para lo que hacían igual les viene hasta bien, ahora les administran gratis y sin duda mejor. Eso sí, los nuevos no llevan sotana ni actúan "movidos por la ética que brota del Evangelio" (Demetrio Fernández, obispo de Córdoba).
¿Dónde está el dinero prestado a manos llenas? Porque el dinero no se destruye, sólo cambia de manos y, ya que no se ha devuelto, alguien lo tiene fraudulentamente. ¿Se les buscará para pedirles cuentas? No se molesten, es una pregunta retórica.
Según don Demetrio, obispo, los administradores eran perfectamente competentes (!) y "los mejores curas que tenía de diócesis". Al menos propone la solución: "nos queda rezar y pedir al Señor que la situación se resuelva bien y lo antes posible". Muy propio.
Mientras tanto, creo recordar que por el mero hecho de ser parlamentario durante 7 años tiene usted una pensión vitaliciada asegurada. Si se llega a los 11 años de parlamentario se garantiza el cobro de la pensión máxima. El resto deberíamos cotizar 35 años y los últimos 15 con la base máxima. Eso no lo han tocado todavía. Tampoco los impuestos a las rentas más altas (lo harán "en el momento oportuno" dicen). Tampoco las subvenciones a los partidos, sindicatos y patronal. Tampoco la pensión del anterior director de Cajasur, Miguel Castillejo, sacerdote, que cobrará durante el resto de su vida y algo más unos 250000 euros anuales. El obispo, con mucha razón, sonríe y sigue sin pagar el IBI.

Nota: esta entrada no tiene comentarios porque es solo un improperio. Será más eficaz que tomemos medidas en las próximas elecciones (si es que hay alguien a quien votar).

¿Vida artificial? Claramente no

Craig Venter es como el rey Midas ya que todo lo que toca se convierte en oro. O al menos en espectáculo. El titular no puede ser más desafortunado: Creada vida artificial. Pues no, eso no es cierto.

Hay que recordar que hace dos años Venter y compañía saltaban (otra vez) a la fama mediática con  un artículo titulado Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome
En aquél momento ya se habló de vida artificial cuando en realidad se trataba de un logro tecnológico de ensamblado de un cromosoma a partir de sus componentes básicos. Lo comenté en el post
¿Cerca de crear vida artificial? donde, para variar, me mostré crítico con el tratamiento de la noticia.
Hoy hay que mostrarse de nuevo crítico (según escribo esto oigo en la radio "la célula creada en laboratorios químicos" porque la noticia es inexacta.

El artículo se titula Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome, es de acceso libre y no imposible de entender para los que no somos especialistas en nada. ¿De qué va todo esto? Intentaré explicarlo dentro mis limitaciones.

Fragmento de genoma de M. mycoides

Craig Venter tiene un proyecto (entre otros también muy rompedores) que consiste en llegar a construir un genoma que sea capaz de generar propiedades nuevas en una célula. Este paso es uno más en ese camino pero la meta parece aún lejana como comentaré al final. Les pongo el resumen original y traducido:

We report the design, synthesis and assembly of the 1.08-Mbp Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 genome starting from digitized genome sequence information and its transplantation into a Mycoplasma capricolum recipient cell to create new Mycoplasma mycoides cells that are controlled only by the synthetic chromosome. The only DNA in the cells is the designed synthetic DNA sequence, including “watermark” sequences and other designed gene deletions and polymorphisms, and mutations acquired during the building process. The new cells have expected phenotypic properties and are capable of continuous self-replication. 
Comunicamos el diseño, síntesis y ensamblaje del genoma de 1,08 Mbp de Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 a partir de una secuencia genómica digitalizada y su transplante en el interior de una célula receptora de Mycoplasma capricolum para así crear nuevas células de Mycoplasma mycoides controladas exclusivamente por el cromosoma sintético. El único DNA en el interior de las células es la secuencia del DNA sintético diseñado, que incluye secuencias que actúan como una "marca de agua" y otras modificaciones diseñadas como deleciones, polimorfismos y mutaciones, adquiridas durante el proceso de construcción. Las nuevas células tienen las propiedades fenotípicas esperadas y son capaces de autorreplicarse continuadamente.

Les hago un resumen de lo que he entendido del artículo y comentarios que he leído en otros lugares:

• Mycoplasma es un género de bacterias que contienen genomas mínimos, los más pequeños de los seres vivos autónomos (descarten virus y parásitos) que se conocen. Son por tanto, un buen sujeto de experimentación.
• La célula de Mycoplasma mycoides contiene un único cromosoma circular de ADN formado por 1 millón de pares de bases, los componentes básicos del ADN.
• Comienzan con una célula que está viva y tiene todos sus mecanismos celulares intactos.
• Se le extrae el cromosoma y se le secuencia para "leer" la secuencia exacta de bases que forma ese cromosoma. 
• Con esa secuencia almacenada en un ordenador, se pone la cocina a funcionar y se van ensamblando bases. Primero en trozos pequeños, de unos 1000 pares de bases (1 kpb). Luego estos se ensamblan para formar cadenas (109) de unos 10 kpb y con estos se vuelve a hacer lo mismo para lograr 11 trozos de 100 kbp. Finalmente, la unión de estos consigue formar un cromosoma igual químicamente al original.
• No todos los pasos de ensamblaje se hacen in vitro , sólo los de los trozos más pequeños; el resto se ensamblan en el interior de células vivas (de levaduras en este caso mientras que en su trabajo del 2008 lo habían hecho tanto en bacterias, Escherichia, como en levaduras, Saccharomyces).
• El nuevo cromosoma se implanta en una célula de otra especie: Mycoplasma capricolum, previamente desposeída del suyo. 
• La "nueva" célula (maquinaria celular de Mycoplasma capricolum y cromosoma copia de Mycoplasma mycoides) funciona sin problemas y consigue dividirse y formar colonias de  Mycoplasma mycoides.

Lo cual sugiere que el cromosoma "sintético" es igual de funcional que el "natural", algo que no debería ser una sorpresa para nadie ya que se trata, al final, de una molécula donde no importa la vía de síntesis sino la corrección en la secuencia.
¿Dónde está el logro? Pues en haber depurado la técnica de ensamblaje de bases para conseguir el cromosoma completo. Eso es un logro enorme. Lo demás es muy atractivo pero, insisto, no sorprendente.
¿Ha conseguido el equipo de Venter algo que tenga remotamente que ver con una célula artificial? No. La maquinaria celular sigue siendo la "natural" ya que su complejidad está fuera de nuestro alcance tecnológico por el momento. ¿Han "creado" un genoma nuevo? No. El genoma es casi idéntico al natural, no tiene ningún gen diseñado ni aporta ninguna función nueva a la célula. Las diferencias son que han insertado un gen llamado lacZ para que las colonias tengan un elegante color azul y que han quitado 14 genes para eliminar la capacidad patógena del original.

¿Qué sería realmente "vida artificial"?
Desde luego no sería mezclar genomas de organismos diferentes para generar un cóctel genético, aunque este sea viable, ya que estaríamos solamente jugando al ensayo y error con piezas ya existentes. Algo más ajustado a la expresión sería, por ejemplo, crear una bacteria para degradar cierto tipo de hidrocarburos y luego morirse sin dejar rastro. Para ello deberíamos planificar qué nuevas rutas metabólicas serían necesarias (no existirían en la naturaleza), qué nuevas enzimas deberían ser sintetizadas (no existirían en la naturaleza) y cómo programar el reloj biológico que garantizara la desaparición de los organismos sin efectos secundarios en el ecosistema. Todo esto debería ser trascrito a código genético (en una especie de ingeniería inversa) y esos genes serían sintetizados a partir de los nucleótidos básicos junto con todos los necesarios para la funcionalidad de la célula. A partir de ahí tal vez sería posible hablar de "organismo de síntesis artificial" aunque seguramente sería necesario acudir a células ya existentes para aprovechar su complejidad, fruto, a fin de cuentas, de unos pocos miles de millones de años de evolución.
No tengo duda de que esa meta se alcanzará pero aún nos queda un poco lejos.

Reliquias laicas (revisitadas)

El transbordador espacial llevará en su próxima misión "un trozo de la corteza del árbol donde Newton descansaba cuando vió caer la manzana".

De BBC News.

No había caído yo en esto de las reliquias laicas. Antes de comentar un par de ellas les diré que creo que la veneración de reliquias es un fenómeno casi inevitable porque da cohesión a la comunidad. Este no es un enfoque moral sino, si me permiten, sociobiológico. La reliquia actúa como punto focal donde se refleja la imagen exterior sin dar lugar a ninguna diversidad de interpretaciones. Es un totem para la tribu, una imagen de su "espíritu". Por ese motivo, el hecho de que las reliquias sean o no verdaderas es irrelevante, el caso es que cumplan con su función. La cosa encuentra campo abonado en las religiones pero se extiende más allá, donde fuera necesario o ventajoso unir alrededor de un símbolo.

Un caso reciente de reliquia religiosa venida a menos es el de los restos de la normanda Juana de Arco, santificada en 1920 por el anterior Benedicto. Es un caso de santa nacionalista que guió una guerra y que es la actual santa patrona de la laica Francia. Las reliquias, supuestamente extraidas de la pira de Rouen donde un tribunal eclesiático ordenó quemarla viva en 1431, fueron localizadas en 1867 en una farmacia parisina. Los restos fueron reconocidos por la Iglesia católica en 1909 (año de su beatificación) y alojados en un museo de la archidiócesis de Tours. Hace un par de años fue autorizado un estudio que desacreditó sin sombra de duda su autenticidad ya que los restos resultaron ser de una momia egipcia.

La caja con las reliquias de Juana de Arco; el fémur de gato sí era auténtico.

El caso local, más laico y enormemente tonto, es el de una espada. Se trata de la Tizona de Rodrigo Díaz de Vivar, alias el Cid, que fue comprada por la Junta de Castilla y León y un consorcio de empresarios a un particular por unos módicos 1.6 millones de euros.

El Ministerio de Cultura la había declarado Bien de Interés Cultural en el año 2002 (Real Decreto 1414/2002) y aunque cuatro estudios posteriores (Patrimonio Nacional, Museo Arqueológico, Real Academia de la Historia y el historiador medievalista José Godoy) habían coincidido en la escala de dudosa-falsa y la Junta de Calificación del Ministerio de Cultura la calificó como "falso histórico" , no fue causa suficiente para que se descatalogara o, al menos, se matizara su descripción, que dice:

Sobre esta espada existe una tradición historiográfica muy amplia que identifica la misma como la famosa espada de don Rodrigo Díaz de Vivar. La tradición asegura haber sido regalada por Fernando el Católico al primer Marqués de Falces. Una parte de la hoja fue forjada en un centro andaluz en la primera mitad del siglo XI. Fue objeto durante el último tercio del siglo XV de una severa intervención consistente en la adición del recazo y de grabarle la tosca inscripción acreditativa que ahora se aprecia.

Aparte de la autenticidad del mortal instrumento, la espada fue esgrimida de nuevo (dialécticamente) en una batalla política, donde la Junta de Castilla y León la compró a poco de las elecciones autonómicas y el Ministerio (del partido contrario) no tardó ni diez minutos en airear los informes a modo de contrapropaganda.
La presunta Tizona hace de reliquia laica para la cohesión de los que la interpretan como signo patrio, en este caso más local, más politizado y también discutible porque el "héroe de Castilla" fue mercenario cuando le tocó, sin distinguir demasiado entre moros y cristianos. Pero eso no importa para lo que es la reliquia, que formó parte de la exposición "El Cid, del hombre a la leyenda" y ejerció su función totémica ante la tribu moderna.

¿Caemos nosotros, los que vamos de científicos y de espíritu crítico, en un efecto similar ante la bobería del árbol de Newton, una anécdota que ni siquiera está confirmada? "No es lo mismo" dirán algunos, supongo. En cambio yo no veo diferencias sustanciales y espero que la reacción general en la comunidad científica sea la de una absoluta indiferencia. Sin embargo, como cabía esperar, el presidente de la Real Sociedad británica, Martin John Rees confirmó que el trozo de corteza formará parte de una exhibición permanente sobre la historia de la Real Sociedad, que se inaugurará este año 2010.