20 agosto 2008

Cómo se hizo "Las pardelas tienen GPS pero no le hacen caso" (3): el tiempo

Saludos desde las Azores, aqui va la última entrada de la serie


Los ángulos de vuelo

Durante la realización del trabajo encontramos otros datos menos espectaculares pero también interesantes. Por ejemplo, que las pardelas vuelan preferentemente a 45º respecto a la dirección del viento. No les gusta volar con viento de cola, posiblemente por falta de sustentación. Para llegar a este resultado (en realidad, lo primero que hicimos) se realizó lo siguiente:

  • se individualizaron todas las trayectorias de las pardelas día a día.
  • en cada posición diaria se calculó el coste de volar en todas direcciones con el viento que hubo ese día concreto.
  • se calculó el ángulo entre la trayectoria de vuelo real y la de mínimo coste

El cálculo individual de cada ángulo puede representarse gráficamente como en el figura de abajo donde ese ángulo es de unos infrecuentes 90º.

TDT

Fig. 1. Cálculo de los ángulos de vuelo respecto a la dirección de mínimo coste. Los tonos representan el coste de viajar estando en el punto central azul en ese día concreto. Lo más económico en este caso sería viajar hacia el Oeste (penacho claro).

De aquí, por cierto, viene la expresión "surfear" sobre el viento ya que el movimiento de los surferos es similar: la ola avanza en una dirección y ellos se mueven lateralmente sobre su frente. Si su velocidad es similar a la del frente de la ola la resultante es también de unos 45º.

Puertas temporales

Durante sus viajes hacia el Sur, las pardelas cruzan una zona tan especial como el triángulo de las Bermudas, sólo que ésta existe. Se llama Zona de Convergencia Intertropical (ITCZ en inglés). Se trata de un cinturón de bajas presiones que las aves deben atravesar en su primer movimiento desde África al NE de Brasil.

Encontramos que en la ITCZ Atlántica hay una zona donde se producen unos vientos del Oeste estacionales que suelen llamarse westerlies. En la figura de abajo aparecen justo por debajo de la zona azul (vientos flojos y calmas).

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Fig. 2. Época de westerlies en la ITCZ.

Las calmas y los westerlies pueden suponer una barrera al tránsito de estas aves. Las primeras porque su forma de vuelo se beneficia de vientos moderados y los segundos porque se oponen frontalmente a su dirección de desplazamiento.

En algún momento en los meses de otoño estos vientos desaparecen y las calmas dejan huecos por donde las aves pueden pasar.

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Fig. 3. Un par de semanas más tarde los westerlies han desaparecido y las calmas se fragmentan.

¿Qué ocurre en ese momento? Abajo tienen la respuesta. Las barras negras son la frecuencia de westerlies y las rojas las de paso de las pardelas por la ITCZ.

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Fig. 4. Histograma donde se superponen los westerlies y los pasos de las pardelas por la ITCZ.

Observarán que las pardelas comienzan a pasar justo cuando los westerlies se debilitan y desaparecen. Ese gráfico es de sólo un año y ahora estamos analizando todos los disponibles (desde 1999) y todo encaja aunque, lamentablemente, no hay datos de paso de pardelas en todos los años.

Por este motivo hemos hablado de "puertas temporales", una expresión tan periodística como la de "autopistas del viento" pero que tienen una sólida realidad detrás.

¿Y ahora qué?

Bueno, pues ahora estamos redactando dos trabajos de ampliación. Uno ha sido presentado en un congreso que se celebra estos días en Sudáfrica. El otro lo terminaremos en septiembre y va dirigido a una revista que quiere sacar un monográfico sobre migración pajaril. Nuestra intención es seguir con este tema afinando los modelos que, aunque funcionan bien, no contemplan variables que penalizan el vieja como el tiempo o la distancia.

Tareas de difusión

El trabajo ha sido ampliamente recogido en los medios de prensa, tanto digital como convencional, el miércoles pasado. También nos han hecho una docena de entrevistas de radio. Todo es efímero y, por supuesto, no contribuye a nuestro curriculum académico. Creemos, sin embargo, que la traducción de este trabajo para su difusión en medios no científicos es importante y por eso invertimos cierto esfuerzo en ello ayudados por los gabinetes de difusión del CSIC. Las conclusiones a las que llegamos son que un trabajo como este puede interesar como tema periodístico y tal vez contribuir a mejorar eso que hemos llamado ya alguna vez percepción social de la ciencia.

15 agosto 2008

[NC] Hongos y Parkinson

NC significará "noticias de ciencia" que pretendo salgan periódicamente a partir de ahora. Traduciré/adaptaré brevemente noticias que considero de relevancia para darles, en mis minúsculas posibilidades, algo más de eco y difusión.

El artículo de hoy se publica en el Journal of Clinical Investigation del 14 de agosto y habla de algo muy importante: la enfermedad de Parkinson (EP) y su tratamiento.

Se comprueba que una proteína exclusiva de los hongos elimina los agregados proteicos propios de la enfermedad de Parkinson en ratas.

La EP es una afección neurodegenerativa y letal que actualmente no tiene cura. Se produce por una pérdida progresiva de células nerviosas productoras de dopamina y se caracteriza por la aparición de agregados de una proteína llamada alfa-syn en el interior de esas células. En otros trabajos previos se ha planteado que estos agregados proteicos contribuyen al desarrollo de la EP por lo que un producto que inhibiera o revirtiera su formación podría hacerlo con la propia enfermedad.

Un grupo de investigadores de la Escuela Politécnica Federal de Lausanne y la Universidad de Pennsylvania ha encontrado que una proteína exclusiva de los hongos, la Hsp104, reduce espectacularmente tanto la formación de agregados alfa-syn como la degeneración neuronal. Esta proteína no tiene equivalente en otros organismos y los autores consideran que puede ser un buen candidato para el tratamiento de la EP y otros trastornos similares en humanos. Lógicamente será necesario aún realizar los estudios clínicos que garanticen que su introducción en el cerebro no tiene riesgos sanitarios secundarios a largo plazo.

Las perspectivas son buenas ya que la Hsp104 se tolera excepcionalmente bien tanto en cultivos in vitro de neuronas como en los cerebros de las ratas transgénicas usadas en los estudios.

El trabajo original está disponible en PDF:

Lo Bianco, C. et al., 2008, Hsp104 antagonizes alfa-synuclein aggregation and reduces dopaminaergic aggregation in a rat model of Parkinson disease. The Journal of Clinical Investigation, 11 p.

13 agosto 2008

Cómo se hizo "Las pardelas tienen GPS pero no le hacen caso": el espacio.

El artículo en PLoS ONE ya está disponible: Ocean surface winds drive dynamics of transoceanic aerial movements. PLoS ONE 3(8): e2928. Su contenido puede separarse en dos partes, una relativa al espacio (esta) y otra relativa al tiempo (para dentro de unos días).
Otra cosa que quiero comentarles es que este tipo de trabajo lo realizamos como "especialistas en temas generales", valga la ironía. No somos especialistas en esto porque "esto" no es una especialidad. Se trata de trabajos donde hay que montar un puzzle de disciplinas diversas: zoología, satélites, meteorología, estadística, simulaciones... y eso nos gusta mucho. El riesgo es que podemos meter la pata con más facilidad que si nos dedicáramos a una fracción minúscula de alguna disciplina que domináramos a la perfección. La ventaja es que nos lo pasamos estupendamente y a veces, sólo a veces, salen resultados interesantes que merece la pena contar.

Los comienzos

En verano de 2003 terminaba una clase sobre modelos y sistemas de información geográfica en un máster en Barcelona. Había hablado sobre vientos medidos desde satélites y sobre dispersión de plantas sobre los océanos del hemisferio Sur, un trabajo aún sin publicar en aquel momento. El auditorio estaba más formado que yo en bastantes cosas: físicos, biólogos, geógrafos..., muchos ya profesionales y trabajando en sus campos respectivos. Al finalizar, Jacob se acercó y me comentó que trabajaba con aves migratorias y que se le había ocurrido una idea.

Pardelas, albatros y demás parientes

Hay un grupo de aves que son estrictamente oceánicas. Tanto que pueden pasarse semanas en el aire y en el agua y sólo se posan en tierra cuando llega la hora de anidar, que ahí ya no les queda más remedio. En inglés se les llama ocean wanderers, vagabundos del océano. Los albatros son un buen ejemplo: dos o más metros de envergadura y un magnífico dominio del vuelo aprovechando los vientos a baja altura, como haciendo surf sobre las olas.

Fig. 1. Pardela cenicienta aka Calonectris diomedea.

Las pardelas son algo más pequeñas pero como voladores tampoco se les da mal. Tanto es así que a mediados de otoño abandonan sus cuarteles de verano en Baleares, Azores, Cabo Verde o Canarias e inician un viaje de varios miles de kilómetros para llegar a su refugio invernal en las costas de Sudáfrica donde un afloramiento de aguas frías les garantiza alimento. A finales del invierno retornan Atlántico arriba llegando a vagabundear por los límites septentrionales del Mar del Norte.

¿Dónde están las pardelas?

El periodo de cría es la única época en la que estos bichos pueden ser capturados. Los biólogos que se dedican a esto los trincan en sus nidos (lazo al cuello y guantes gordos por si acaso) y les ponen unos artilugios llamados geolocalizadores (bird loggers en guiri). Un geolocalizador es un pequeño aparato electrónico impermeable formado por una batería, una célula fotoeléctrica, un reloj, una memoria, un sensor de agua y un chip que gobierna el conjunto. Los geolocalizadores se fabrican bajo pedido en el Antarctic & Marine Engineering Department y, cómo no, tienen modelos a elegir. El llamado Mk13 mide 20x9x6.5 mm, pesa 1.8 gramos y la duración de su batería llega a los 3 años. Si nos vamos hasta los 3.6 g de peso encontramos modelos con 6 años de batería más un sensor de temperatura.


Fig. 2. Arriba: geolocalizador con la anilla de fijación, abajo: colocado en la pata de un albatros (fotos tomadas de aquí).

Lamentablemente más de un tercio de los geolocalizadores se pierden cada año y es necesario reponerlos continuamente. Cada año, en la época de cría, nuestros biólogos preferidos se van a las islas donde están las colonias de cría y sustituyen los artilugios. Luego, ya con más tranquilidad, los datos se descargan en un ordenador y se procesan.

¿Cómo se puede saber donde ha estado un pájaro? El geolocalizador proporciona un registro casi continuo de la luz ambiental similar al de la figura inferior, sólo que de todos los días de un año. Cada minuto se toma una medida aunque sólo se almacena la lectura máxima de luz por periodos de 10 minutos.

Fig. 3. Ejemplo de los datos registrados por un geolocalizador.

En esos tres días del ejemplo tenemos la duración del día y la noche y las horas GMT del orto y del ocaso registradas con el reloj del geolocalizador. Pueden aparecer efectos como en el primer día, donde ha habido dos episodios de nubes que hacen bajar el nivel de luz. Ocasionalmente aparecen luces en la noche que se producen cuando el pájaro se acerca a las pesquerías que usan focos para atraer a los peces. Otras veces la luz oscila en los minutos crepusculares debido a que el pájaro vuela a ras de las olas que ocultan el Sol, muy bajo sobre el horizonte.

Dado que conocemos fechas, horas y luz, tenemos todo lo necesario: la latitud se estima por la duración del día y la longitud por las diferencias entre la hora del reloj (TMG) y la hora local (el mediodía local coincide con el punto medio del periodo de luz).

Una consecuencia de este método de medida es que la fiabilidad de las estimaciones es muy baja en los periodos próximos a los equinoccios, cuando el día dura más o menos lo mismo en cualquier latitud y pequeños cambios en la duración del día representan latitudes muy diferentes. Los datos de estos periodos suelen ser descartados. La longitud, en cambio, es bastante más fiable en todo el año ya que depende esencialmente de la exactitud del reloj interno.

El resultado final tiene una incertidumbre muy variable pero por dar una cifra, puede estar entre 80 y 150 km. Esto puede parecer algo poco exacto pero es suficiente dada la escala del estudio y se mejora en el postproceso de los datos que, no lo olvidemos, forman una trayectoria que debe ser coherente en tiempo y espacio.
Ya de paso contesto a una posible y razonable pregunta: ¿por qué no se usan GPS para marcar las pardelas? Pues por dos razones: son muy caros y pesan demasiado. Los GPS activos o pasivos son mucho más precisos (unas decenas de metros) pero sólo pueden montarse sobre aves grandes, como buitres o albatros. Un peso excesivo puede tener una influencia negativa en la supervivencia del pájaro, algo que lógicamente debe evitarse.

Una ruta extraña

En nuestro trabajo analizamos las rutas migratorias de pardelas que "bajan" desde las Islas Canarias y Azores hasta Sudáfrica y Namibia. La ruta más corta sería hacer un primer tramo hacia el Sur ante las costas de Mauritania y Senegal y, una vez ante el Golfo de Guinea, doblar hacia el Sudeste para ir directamente a las costas de Sudáfrica.
Según los datos de los geolocalizadores, las pardelas no hacen esto sino que, pasada Mauritania, atraviesan al Atlántico hacia el Nordeste de Brasil, siguen las costas de este país y a unos 20-25º de latitud Sur giran al Este para volver a atravesar el Atlántico y llegar por fin a su destino. La figura siguiente representa esa ruta.

Fig. 4. Las zonas en blanco representan las rutas migratorias desde Azores y Canarias hasta Sudáfrica. La tono más o menos claro representa la concentración de rutas individuales en cada lugar. Las líneas horizontales son el Ecuador y los Trópicos de Cáncer y Capricornio.Esta ruta amplía el viaje desde unos 7600 km hasta unos 11800. Aunque la ruta se completa con rapidez, a una media de más de 800 km/día, es difícil justificar ese 55% de más, ya que teóricamente debería usarse la vía más económica en términos de energía.

Resumiendo: las pardelas saben dónde van pero eligen un camino mucho más largo de lo aparentemente necesario.

¿Explica el viento la ruta migratoria?

Suponer que el viaje directo es la solución más económica sólo es correcto en ausencia de viento. En ese caso, el esfuerzo de moverse es igual en todos los lugares y en todas direcciones. En cambio, cualquiera que haya usado una bicicleta sabe que cuando hay viento las cosas cambian en función no sólo de si nos sopla de frente, de lado o de espaldas, sino también de su velocidad.

Y sobre el océano hay viento, claro. Por suerte, como ya comenté en otro momento, hay un satélite que lo mide diariamente y cuyos datos son gratuitos y pueden descargarse vía internet. El QuikSCAT toma, entre otras variables, la velocidad y acimut del viento con una resolución de 25 km (12.5 más recientemente). Son cifras y más cifras con las que pueden hacerse mapas como el de la figura inferior.


Fig. 5. Viento sobre el Atlántico Sur en el día 261 del año 2002. Las flechas indican el acimut (pulsar encima para ampliar) y la escala de colores la velocidad, creciente desde el violeta (calmas) hasta el rojo (más de 90 km/h).

Buscando respuestas

Si se fijan bien en la figura anterior verán que el viaje directo desde las costas de Senegal hasta Sudáfrica se realizaría con vientos de frente. Estos vientos son constantes y supusieron un obstáculo muy serio a los viajes de los navíos portugueses en su exploración de la costa occidental de África a partir del siglo XV. Los viajes se hacían siempre a la vista de la costa (cabotaje) ya que la navegación de altura era imposible.
La hipótesis que nos planteamos comprobar es si los pájaros siguen la ruta de mínimo coste sobre el viento y eso les lleva a elegir rutas aparentemente no óptimas por su gran longitud pero tal vez adecuadas para "surfear" sobre el viento.
Para comprobar esto, seguimos los siguientes pasos:
  1. Individualizar la ruta de cada pardela y etiquetar cada punto con su localización y su fecha.
  2. A partir de los datos del QuikSCAT se extraen los vientos para toda la zona para cada día implicado en las trayectorias.
  3. Se calculan los caminos de mínimo coste matemático para llegar desde Canarias a Sudáfrica en cada día en que los diferentes pájaros están de viaje.
  4. Se construye un mapa equivalente al mostrado más arriba (Fig. 4) con la concentración de rutas óptimas.
  5. ¿Se parecen los dos grupos de rutas? Hay que responder a esta pregunta estimando de alguna forma la significación estadística de su similitud (o su diferencia, como se quiera).

Las tareas 1 y 2 son rutinarias y se realizan con programas de SIG (sistemas de información geográfica) y proceso de imágenes. La lectura de los datos QuikSCAT es tediosa porque usan un formato para su distribución que no es fácil de leer (HDF, Hierarchical Data Format) y debe ser transformado dos veces para su proceso con el SIG.

La tarea 3 se realiza en dos pasos. El primero es calcular el coste de llegar desde el punto de salida a cada uno de los demás presentes en la zona de estudio. Estos modelos de coste anisotrópico tienen en cuenta la velocidad y acimut del viento y permiten, en un segundo paso, trazar la ruta óptima entre el punto de salida y el de llegada.
Calculadas las rutas óptimas para cada día de viaje (casi un centenar) se construye el mapa general (Tarea 4) mediante una función que usa la densidad de líneas (rutas) en cada punto del mapa. El resultado lo vemos abajo.

Fig. 6. Representación de las rutas óptimas para viajar desde Canarias a Sudáfrica sobre los campos de viento. Hay zonas donde hay caminos equivalentes más o menos dispersos; al contrario, en la costa SE de Brasil las rutas se agrupan.

Es bastante evidente que las rutas de las figuras 4 y 6 se parecen mucho pero este tipo de percepciones no suele ser aceptada sin algo de estadística que lo justifique. La tarea 5 consistió en desarrollar un test que nos diera una idea de esta que punto la coincidencia en el trazado de las rutas puede deberse al azar.
Este test, en principio, no existe, pero estamos llenos de buenas ideas :-)
La cosa se resolvió de la siguiente manera (estadísticos, afilen sus navajas):
  1. Las zonas que representan las rutas reales (Canarias) y las alternativas se convierten en sendas líneas trazadas siguiendo las zonas de máxima densidad. Lógicamente, los puntos inicial y final son los mismos.
  2. Se calcula el área entre estas dos líneas, S(0); este área sería nula si ambas líneas coincidieran lo cual no es el caso.
  3. Se trazan 10000 rutas alternativas de forma más o menos aleatoria (ver más abajo).
  4. Se calculan las áreas entre cada una de estas rutas y la ruta óptima, S(1) a S(10000).
  5. Se ordenan las 10001 áreas de menor a mayor y se localiza la posición de S(0) en el conjunto.
  6. Esa posición nos da el valor de P y, en nuestro caso, P=0.001. lo que significa que sólo en un caso por cada mil se encontraría por azar una trayectoria real tan cercana o más a la óptima.
¿Qué significa eso de "más o menos aleatoria" del punto 3? Recordemos que esta prueba compara posibles rutas que hubieran podido seguir las aves en su migración. Estas rutas no pueden construirse de forma completamente aleatoria porque los bichos no se mueven así sino que hay una coherencia en los caminos que siguen. Por ejemplo, no el lógico dar por buena una ruta que salte de Brasil a Angola y luego a Uruguay ya que un pájaro no hace eso. Tampoco están permitidas las rutas sobre tierra por lo que hay que introducir una serie de restricciones para que las rutas alternativas sean biológicamente posibles, al menos en teoría. La forma de generarlas está en el artículo en inglés aunque si alguien quiere que lo explique en español que lo diga en los comentarios y la haré. En cualquier caso, si estas restricciones distorsionan la prueba y el valor de P, lo hacen en contra de nuestra hipótesis por lo que consideramos que el resultado es robusto.

Divagaciones

Estos resultados nos están diciendo que las pardelas, que saben a dónde deben llegar, eligen una ruta globalmente óptima, es decir, sin dejarse engañar por las condiciones locales del viento, que en ocasiones podrían animarlas a ir por otro lado. En efecto, otros análisis que no he contado aquí para no alargar la cosa excesivamente muestran que en el día a día, las pardelas no toman necesariamente el camino local óptimo.
¿Cómo saben las pardelas dónde está su meta? ¿Cómo saben que no deben ir por un camino muy diferente al del óptimo global? ¿Cómo está "almacenada" la ruta adecuada en sus pequeños cerebros? ¿La aprenden? No tengo ni idea. El caso es que aquí se pueden plantear esos interrogantes y algunos más y, ya de paso, elucubrar como nos pedía uno de los revisores. A mí me gusta la idea de que los puntos de referencia de las pardelas en sus viajes no son fenómenos orográficos o la vista de la costa sino el propio viento, un sistema de referencia dinámico y flexible. Una prueba circunstancial de esto es que no siguen siempre el mismo camino (por ejemplo, no siempre llegan a las costas de Brasil sino que a veces atajan por alta mar) sino que parecen improvisar dentro de un patrón general. Posiblemente esta flexibilidad pueda deberse a que el viento, aunque sigue patrones generales similares, no es e mismo nunca sino que varía día a día y de un año a a otro.
Actualmente estamos comenzando a introducir nuevas variables en la definición de "ruta óptima". Consideramos que las diferencias entre las rutas reales y las supuestamente óptimas se deben a que los pájaros integran también el tiempo de viaje y/o la distancia. Así, hay que buscar una solución de compromiso donde al tiempo empleado y la distancia total penalicen a partir de ciertos umbrales, cosa que ahora no hacemos. Para comprobar este refinamiento de los modelos estamos analizando rutas diferentes de otras especies y pronto empezaremos a trabajar con bichos que atraviesan el Océano Pacífico.

Historia de un fracaso

Desde el 2003 ha pasado ya mucho tiempo. Una parte se invirtió en el análisis de las trayectorias del albatros gigante en el Atlántico Sur. Este gran pájaro anida en Georgia del Sur y se hace unos centenares de km o más para ir a comer de vez en cuando. Nos planteamos la hipótesis de que la selección del lugar de forrajeo estaría condicionada por el viento en esos días. No fue así. El albatros gigante, el maestro del vuelo, hace lo que quiere y cuando quiere. El viento no parece importarle lo más mínimo y aprender eso nos llevó un año de trabajo.

En el siguiente post les daré una posible respuesta a la pregunta ¿cómo eligen las pardelas el momento de comenzar su gran viaje? Continuará...

Otros posts sobre vientos:

10 agosto 2008

La razón estrangulada

Acabo de leer el libro de Carlos Elías publicado en Debate (1). Es imposible hacer un comentario de un libro de 450 páginas en un post sin dejárselo uno casi todo en el tintero. Por ese motivo voy a dar hoy mis impresiones generales sin querer entrar en el debate de las ideas que considero, y ya empiezo a confesar, muy discutibles. El libro es entretenido, provocador e "incorrecto" pero eso no significa que todos sus argumentos se sostengan (empezando por el propio título porque la "razón" es esencial en la ciencia pero no es de su exclusivo patrimonio).

La tesis de don Carlos es que la ciencia en nuestro mundo occidental está en declive y que los mayores responsables son los medios de comunicación que transmiten una idea sesgada de la misma que la hace menos popular y atractiva, así como estereotipos nocivos. La causa es, dice, que los profesionales de la información son "de letras", no saben nada de ciencia y su incompetencia o su hostilidad se traduce en un sesgo pernicioso cada vez que hablan de ciencia y de científicos. Es una tesis atractiva para el complejo de Calimero de algunos "de ciencias" y rentable por lo polémica.

Seguramente me anime a hacer un post sobre los capítulos que más me interesan pero no va a ser este mes. Por lo tanto, doy sólo mi impresión general a través de unas pocas cuestiones.

La primera es respecto a la tesis básica ¿está la ciencia en declive? Creo que esa afirmación, que es uno de los pilares del libro, es muy discutible y que Elías, en su intento de justificarla, mezcla la ciencia con la percepción social de la ciencia. Podría haber usado indicadores más directos, globales, completos y fáciles de obtener. Dos podrían ser, por ejemplo, la evolución de la cantidad de científicos o de la propia producción científica. Pero creo que ahí las cifras no apoyarían la afirmación básica del libro.

La segunda cuestión es respecto al método usado para justificar las sucesivas afirmaciones. Elías acusa a los "de letras" de no usar el método científico por desconocimiento pero creo sinceramente que él, conociendo ese método, tampoco lo hace. Justifica sus afirmaciones con casos específicos y muy rara vez con datos suficientes (al menos según mi criterio), completos y de interpretación clara. Usa muchos casos anecdóticos o parciales como prueba pero eso tiene dos problemas: no sirven como tal (son anecdatos) y no son objetivos ya que están expresamente elegidos para apoyar la tesis que se defiende. Creo que eso se hace sistemáticamente a lo largo del libro.

La tercera es sobre la interpretación interesada de los casos que saca a colación. Aquí sí voy a poner un ejemplo porque es breve e ilustra una tendencia general a ver las cosas a través de un cristal coloreado que me ha parecido general en todos los capítulos. Elías dedica el capítulo 4 a mostrar cómo el cine y la televisión denigran o, al menos, dan una imagen sesgada y siempre negativa de la ciencia. Creo que es un capítulo donde casi todo es prescindible: se busca la película y dentro de esta el momento adecuado para apoyar la tesis. Otras películas y otros momentos no se mencionan nunca. Frecuentemente la interpretación es discutible y algo forzada. En algunos casos es algo más que eso: la serie de Harry Potter es anticientífica porque al tratar de magia pretende ponerla por encima de la razón y lo mismo pasa con la Guerra de las Galaxias porque se centra en la "fuerza", algo místico. Elías obvia, no sé por qué, que mucha gente es perfectamente capaz de distinguir la ficción de la realidad aunque no sea de ciencias (/ironía).

La cuarta es que hay partes contradictorias. El autor parece ser capaz de criticar una cosa y la contraria con pocas páginas de separación. Por poner un ejemplo rápido: arremete contra el periodismo científico en general por superficial e inepto pero después también critica al departamento de prensa de Nature, que hace un periodismo de calidad por el puro hecho de dar las noticias bien elaboradas a los medios de comunicación y ejercer (según él) un monopolio informativo sobre las noticias de ciencia (que, por cierto, es falso).

En fin, ya comentaré algo más detallado a la vuelta de septiembre pero, por el momento, la impresión que me queda es que el fenómeno que se denuncia en el libro, de ser real, puede tener explicaciones alternativas o complementarias. Personalmente estoy de acuerdo con que vivimos una época donde la enseñanza básica y secundaria es débil pero creo que lo es tanto en ciencias como en letras. También estoy de acuerdo en que las noticias de ciencias se dan a veces buscando el espectáculo pero creo que eso se hace también con otros temas. Sería cosa de asegurarse de que esa animadversión a la ciencia no sea un rechazo al pensamiento en general.

En fin, que afirmar que los "de letras" y en concreto los periodistas odian la ciencia y son los principales responsables de su presunto declive es una provocación absurda. O tal vez interesada.

Nota 1. Este asunto me ha recordado una entrevista que le hicieron a Rosendo, el rockero, hace unos años. El hombre se sinceró cuando le preguntaron cómo elaboraba sus letras: "yo le canto al público 'alguien te está jodiendo' y así sé que ya tengo a la mayoría de mi parte" (la cita no es literal). El libro de Elías tendrá una parte de su apoyo en algunos sectores de ciencias poco reflexivos porque representa una postura en la que resulta cómodo refugiarse.

Nota 2: en el blog del Topo ha habido una discusión sobre este libro. Yo insisto en que el fallo, en mi opinión, no es en presentar hechos (el descenso de matrículas en ciencias, por ejemplo) sino en justificar su causalidad y su significado. El Topo lo explica bien, sobre todo en los comentarios, y yo estoy de acuerdo con él (ver 1 y 2). Lamentablemente algunos de sus comentaristas han ido por el camino fácil del descrédito ad hominem, estrategia catalogada entre las falacias desde hace siglos.

(1) Carlos Elías, 2008, La razón estrangulada. La crisis de la ciencia en la sociedad contemporánea. Debate. Barcelona, 479 p.

09 agosto 2008

Stonehenge y el LHC

El LHC (Large Hadron Collider, no confundir con La Hora Chanante) se pondrá en marcha el próximo 10 de septiembre con un lavado de ciclo corto y baja temperatura. Sólo para probar. Sobre su coste y su significado viene a cuento una nota que encontré hace un tiempo (traducción libre):

Acabo de caer en la cuenta de que Stonehenge es el super-colisionador de la época predruídica. Se finalizó en el 2000 a.C. y representa una habilidad, imaginación y convicción similares a los que permiten construir su equivalente del año 2000 d.C. Su coste fue de 8 mil millones de dólares (corregida la inflación).

Leon Lederman (Fermilab), carta (irónica) en Science el 30 de octubre de 1992.

El LHC ha costado unos 2300 millones de euros (unos 3450 M$), equivalentes a algo más 18 IWD (Iraq War Day, que mide el coste de un día de guerra en Iraq para los EE.UU.; 1 IWD = 190 M$)

03 agosto 2008

Cómo se hizo "Las pardelas tienen GPS pero no le hacen caso": introducción.

Donde debatimos sobre el acceso abierto y sus circunstancias

Tenemos ya en prensa un artículo en PLoS One que hemos titulado "Ocean surface winds drive dynamics of transoceanic aerial movements". Este trabajo trata de las relaciones entre los "ocean wanderers" (aves que realizan migraciones de miles de km sobre los océanos) y los vientos marinos.

El artículo se publicará en internet el miércoles 13 de agosto y será de libre acceso. Hasta esa fecha estamos "embargados", es decir, no podemos dar detalles del asunto. Por ese motivo hoy les comento algunas cuestiones sobre esta revista, su modelo de publicación científica y nuestros motivos para intentar publicar en ella. Para el 13 tendré preparado un par de posts donde ya les contaré la historia del artículo, las técnicas que usamos, los resultados y los entresijos, fracasos y éxitos, de este trabajo que nos ha llevado unos tres años ver finalizado.

PLoS ONE es una de las revistas de la Public Library of Science, una iniciativa de publicación científica con tres novedades interesantes: a) se trata de una asociación sin ánimo de lucro (y, consecuentemente, sus cuentas son públicas), b) todos los artículos que publican son de acceso abierto y c) el acceso abierto se financia por parte de los autores que deben pagar una cuota por artículo. Todo, incluyendo las publicaciones, se acoge a una licencia Creative Commons que permite

...unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Nota para los suspicaces: el pago se negocia después del proceso de revisión y se puede solicitar una reducción o incluso la exención de la cuota si no puedes pagarla.

La aventura PLoS comenzó en el año 2002 y, aunque aún no ha conseguido la autofinanciación y depende parcialmente de donaciones, sí ha logrado dos cosas. La primera es conseguir que se perciba el acceso abierto a los artículos científicos como algo normal en vez de extravagante o anecdótico. La segunda ha sido demostrar que el acceso abierto no es incompatible con revistas de alto impacto (ver más abajo) ni con artículos de alta calidad.

PLoS no ha sido necesariamente bien recibida por otras revistas con el modelo de negocio clásico basado en acceso cerrado, suscripciones y pago por descargar artículos. Un ejemplo de estas reacciones fue un comentario publicado en Nature hace un mes en la sección de News y firmado por Declan Butler (ligado al Nature Publishing Group desde 1993) donde arremete contra el modelo económico de PLoS y afirma que han tenido que acudir a bajar el nivel de calidad para recaudar más. Basta con leer el título para hacerse una idea:

PLoS stays afloat with bulk publishing, algo así como "PLoS se mantiene a flote con publicación a granel".

Lamentablemente no es posible leerlo completo porque es de acceso cerrado :-P

Butler acusa a PLoS de dos cosas: de mantener un modelo económico insostenible y de publicar artículos mediocres("sub-standard") precisamente en PLoS One, nacida apenas hace un año y medio (diciembre de 2006). Dice que se trata de una revista donde se aplica un ’light’ peer-review y donde cuela todo lo que no sea manifiestamente erróneo o impresentable. Se trataría de artículos que se aceptan sólo por recaudar la cuota del autor.

La afirmación de Butler ha sido fuertemente contestada en los comentarios a su artículo. En general, se considera que el artículo es sesgado y tendencioso. Otros van más lejos indicando que el hecho de utilizar a uno de sus rottweilers (sic) contra PLoS es indicador de la preocupación de Nature por proteger su propio negocio. Otros son breves y sintéticos jugando con la terminología de Butler:

Maybe "Nature" should be more careful not to publish sub-standard commentary...
Tal vez Nature debería poner más cuidado en no publicar comentarios sub-standard.

Aunque Butler no parece el más adecuado para abrir la boca al tener intereses en Nature, su opinión puede ser acertada. O no. Sólo hay una forma clara de rebatirla o confirmarla.

Lo que se debate en el fondo es la viabilidad del modelo económico del acceso abierto. PLoS aspira a autofinanciarse en unos pocos años aunque sigue necesitando el apoyo filantrópico que le dan dos fundaciones privadas (9 M$ de la Gordon and Betty Moore Foundation y 4 M$ de la Sandler Family Supporting Foundation).

Para llegar a su objetivo PLoS necesita convencer a los científicos de que deben publicar en sus revistas. Eso sólo se consigue mediante factores de impacto altos y una buena política de difusión. Los primeros valen para nosotros, los que necesitamos consolidar un currículum de buena calidad. Lo segundo atrae a las "vacas sagradas", aquellos investigadores consolidados que lo que quieren es la máxima difusión de sus trabajos, independientemente del medio en el que se publiquen.

Algunas cosas están bien conseguidas: PLoS One es una revista conocida por todo el mundillo científico y tampoco se ha descuidado el marketing social. En España, un país con medios no muy acostumbrados a la difusión científica, han salido en los diarios nacionales una docena de estudios publicados en los últimos meses.

Respecto al factor de impacto, PLoS tiene 6 revistas en los índices de JCR (todas las que, por tiempo de vida, puede tener). Con apenas de cinco años de existencia (algunas revistas aún menos) ha obtenido lo siguiente:

PLoS Biology llegó al 13.9 el primer año que tuvo factor de impacto (2004) y se ha mantenido estable. PLoS Medicine tiene el siguiente registro: 8.4 en 2005, 13.8 en 2006 y 12.6 en 2007.

PLoS Neglected Tropical Diseases o el mismo PLoS ONE no tiene FI debido a que éste se calcula con las citas de los dos últimos años y aún no han cumplido ese tiempo de existencia. Cabe señalar que PLoS ONE no va a tener FI espectaculares debido a que publica una cantidad elevada de artículos que luego figuran en el denominador de la ecuación (núm. de citas / número de artículos). Esto no es algo inusual y, por ponerles un ejemplo diferente, los PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA) han publicado nada menos que 3494 artículos en el año 2007. En el bienio 2005-2006 publicaron 6506 que acumularon más 62000 citas lo que ha generado un FI de 9.8.

PLoS conseguirá cerrarle la boca a Butler si consigue que la comunidad científica la respete. Y eso se demostrará citando sus trabajos pero tendremos que esperar a mediados de 2009 para saberlo.

Respecto al debate Butler, uno de los comentaristas llama la atención sobre la curiosa circunstancia de que en el mismo número de Nature, tres de los diez artículos destacados de la semana son de PLoS y dos de ellos del "sub-standard" PLoS ONE (!).

Respecto al "light peer review", Butler afirma lo siguiente:

... referees only check for serious methodological flaws, and not the importance of the result.

... los revisores sólo comprueban defectos metodológicos serios y no la importancia del resultado.

Sería muy bueno que Butler hubiera justificado la afirmación anterior (cosa que no hace) porque entra en conflicto con los criterios de PLoS ONE:

  • Content must report on original research (in any scientific discipline).
  • Results reported have not been published elsewhere.
  • Experiments, statistics, and other analyses are performed to a high technical standard.
  • Conclusions are presented in an appropriate fashionand supported by the text.
  • Techniques used have been documented in sufficient detail to allow replication.
  • Reports are presented in an intelligible fashion and written in standard English.
  • Research meets all applicable standards, including the Helsinki Declaration, with regard to the ethics of human and animal experimentation, consent, and research integrity.
  • Report adheres to the relevant community standards for research, reporting, and deposition of data.

Es decir, se exige lo mismo (y no es poco) que en cualquier otra revista científica.

Respecto a nuestra experiencia particular, el artículo pasó por un editor asociado y por tres revisores. La historia, en breve, ha sido:

  • 31-3-2008 Enviamos el trabajo a PLoS ONE.
  • 24-5-2007 Recibimos un correo de la revista donde nos piden una lista de posibles revisores de nuestro artículo.
  • 26-5-2008 Enviamos la lista con seis revisores que consideramos adecuados (nota: no conocemos personalmente a ninguno).
  • 27-6-2008 Recibimos los informes de los tres referees y las condiciones del editor para que revisemos el artículo.
  • 15-7-2008 Enviamos el artículo revisado y una carta al editor donde justificamos nuestra reacción a cada una de las observaciones de los revisores.
  • 20-7-2008 Recibimos la confirmación de que el artículo ha sido aceptado.
  • 29-7-2008 Nos piden una versión periodística para difundir en webs de novedades científicas.
  • 02-8-2008 Nos comunican la fecha de publicación: 13-8-2008.

Pero, claro, esta es sólo la historia de la publicación porque la del trabajo comenzó bastante antes, un verano del año 2003. Estaba dando un curso en Barcelona y conté el trabajo que estábamos haciendo sobre dispersión de plantas por el viento y que aún no había sido publicado (ver Cómo se hizo "A los musgos se los lleva el viento" en cinco partes: 1, 2, 3, 4 y 5). Jacob, uno de los asistentes y hoy coautor del artículo, ató cabos y se dio cuenta que podíamos unir esfuerzos. Me propuso realizar un análisis similar pero cambiando de sujetos: de elementos pasivos (trozos de musgos, esporas...) pasaríamos a gente de vuelo activo: aves migradoras oceánicas. Estas aves realizan migraciones a enormes distancias pero sus rutas son aparentemente extrañas ya que no siguen seguir la opción de menor distancia posible. ¿Tendrían que ver los vientos con esta conducta? Jacob tenía los datos y nosotros las técnicas de análisis.

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